在R中,mean()和median()是标准函数,它们执行您所期望的功能。Mode()告诉您对象的内部存储模式,而不是参数中出现次数最多的值。但是是否存在一个标准库函数来实现向量(或列表)的统计模式?
在r邮件列表中发现了这个,希望对你有帮助。我也是这么想的。您将希望table()数据,排序,然后选择第一个名称。这有点粗俗,但应该有用。
names(sort(-table(x)))[1]
R有如此多的附加包,其中一些可以很好地提供数字列表/系列/向量的[统计]模式。
然而,R的标准库本身似乎没有这样一个内置的方法!解决这个问题的一种方法是使用一些像下面这样的结构(如果你经常使用…则将其转换为函数):
mySamples <- c(19, 4, 5, 7, 29, 19, 29, 13, 25, 19)
tabSmpl<-tabulate(mySamples)
SmplMode<-which(tabSmpl== max(tabSmpl))
if(sum(tabSmpl == max(tabSmpl))>1) SmplMode<-NA
> SmplMode
[1] 19
对于更大的示例列表,应该考虑使用一个临时变量max(tabSmpl)值(我不知道R会自动优化这个)
参考:参见KickStarting R课程中的“How about median and mode? 这似乎证实了(至少在写这节课的时候)R中没有模态函数(嗯…你会发现Mode()用于断言变量的类型)。
有一个包谦和提供单变量单模态(有时是多模态)数据的模态估计和通常概率分布的模态值。
mySamples <- c(19, 4, 5, 7, 29, 19, 29, 13, 25, 19)
library(modeest)
mlv(mySamples, method = "mfv")
Mode (most likely value): 19
Bickel's modal skewness: -0.1
Call: mlv.default(x = mySamples, method = "mfv")
欲了解更多信息,请参阅本页
你也可以在CRAN任务视图:概率分布中寻找“模式估计”。已经提出了两个新的一揽子计划。
这里有另一个解决方案:
freq <- tapply(mySamples,mySamples,length)
#or freq <- table(mySamples)
as.numeric(names(freq)[which.max(freq)])
为了生成模式,我写了下面的代码。
MODE <- function(dataframe){
DF <- as.data.frame(dataframe)
MODE2 <- function(x){
if (is.numeric(x) == FALSE){
df <- as.data.frame(table(x))
df <- df[order(df$Freq), ]
m <- max(df$Freq)
MODE1 <- as.vector(as.character(subset(df, Freq == m)[, 1]))
if (sum(df$Freq)/length(df$Freq)==1){
warning("No Mode: Frequency of all values is 1", call. = FALSE)
}else{
return(MODE1)
}
}else{
df <- as.data.frame(table(x))
df <- df[order(df$Freq), ]
m <- max(df$Freq)
MODE1 <- as.vector(as.numeric(as.character(subset(df, Freq == m)[, 1])))
if (sum(df$Freq)/length(df$Freq)==1){
warning("No Mode: Frequency of all values is 1", call. = FALSE)
}else{
return(MODE1)
}
}
}
return(as.vector(lapply(DF, MODE2)))
}
让我们试试吧:
MODE(mtcars)
MODE(CO2)
MODE(ToothGrowth)
MODE(InsectSprays)
还有一个解决方案,适用于数字和字符/因子数据:
Mode <- function(x) {
ux <- unique(x)
ux[which.max(tabulate(match(x, ux)))]
}
在我的小机器上,它可以在大约半秒内生成并找到一个10m整数向量的模式。
如果您的数据集可能有多种模式,上述解决方案采用与which相同的方法。Max,并返回模式集中第一个出现的值。要返回所有模式,使用这个变体(来自评论中的@digEmAll):
Modes <- function(x) {
ux <- unique(x)
tab <- tabulate(match(x, ux))
ux[tab == max(tab)]
}
另一个简单的选项是使用rle来给出所有按频率排序的值:
df = as.data.frame(unclass(rle(sort(mySamples))))
df = df[order(-df$lengths),]
head(df)
估计来自连续单变量分布(例如正态分布)的数字向量的模式的一种快速而肮脏的方法是定义并使用以下函数:
estimate_mode <- function(x) {
d <- density(x)
d$x[which.max(d$y)]
}
然后得到模态估计:
x <- c(5.8, 5.6, 6.2, 4.1, 4.9, 2.4, 3.9, 1.8, 5.7, 3.2)
estimate_mode(x)
## 5.439788
下面的函数有三种形式:
method = "mode"[默认值]:计算单模态向量的模式,否则返回NA Method = "nmodes":计算vector中模式的个数 Method = "modes":列出单模态或多模态向量的所有模态
modeav <- function (x, method = "mode", na.rm = FALSE)
{
x <- unlist(x)
if (na.rm)
x <- x[!is.na(x)]
u <- unique(x)
n <- length(u)
#get frequencies of each of the unique values in the vector
frequencies <- rep(0, n)
for (i in seq_len(n)) {
if (is.na(u[i])) {
frequencies[i] <- sum(is.na(x))
}
else {
frequencies[i] <- sum(x == u[i], na.rm = TRUE)
}
}
#mode if a unimodal vector, else NA
if (method == "mode" | is.na(method) | method == "")
{return(ifelse(length(frequencies[frequencies==max(frequencies)])>1,NA,u[which.max(frequencies)]))}
#number of modes
if(method == "nmode" | method == "nmodes")
{return(length(frequencies[frequencies==max(frequencies)]))}
#list of all modes
if (method == "modes" | method == "modevalues")
{return(u[which(frequencies==max(frequencies), arr.ind = FALSE, useNames = FALSE)])}
#error trap the method
warning("Warning: method not recognised. Valid methods are 'mode' [default], 'nmodes' and 'modes'")
return()
}
抱歉,我可能把它理解得太简单了,但这不是可以工作的吗?(我的机器上的1E6值在1.3秒内):
t0 <- Sys.time()
summary(as.factor(round(rnorm(1e6), 2)))[1]
Sys.time()-t0
你只需要用你的向量替换“round(rnorm(1e6),2)”。
我还不能投票,但Rasmus Bååth的答案是我一直在寻找的。 但是,我将稍微修改一下,允许将分布限制在0到1之间。
estimate_mode <- function(x,from=min(x), to=max(x)) {
d <- density(x, from=from, to=to)
d$x[which.max(d$y)]
}
我们知道你可能根本不想约束你的分布,那么设置from=-"BIG NUMBER", to="BIG NUMBER"
您还可以计算一个实例在您的集合中出现的次数,并找到最大次数。如。
> temp <- table(as.vector(x))
> names (temp)[temp==max(temp)]
[1] "1"
> as.data.frame(table(x))
r5050 Freq
1 0 13
2 1 15
3 2 6
>
可以尝试以下功能:
将数值转换为因子 使用summary()获取频率表 返回模式为频率最大的索引 转换因子回到数字,即使有超过1个模式,这个函数工作得很好!
mode <- function(x){
y <- as.factor(x)
freq <- summary(y)
mode <- names(freq)[freq[names(freq)] == max(freq)]
as.numeric(mode)
}
我将使用density()函数来确定一个(可能是连续的)分布的平滑最大值:
function(x) density(x, 2)$x[density(x, 2)$y == max(density(x, 2)$y)]
其中x是数据集合。注意调节平滑的密度函数的调节参数。
我发现Ken Williams上面的帖子很棒,我添加了几行来解释NA值,并使其成为一个函数。
Mode <- function(x, na.rm = FALSE) {
if(na.rm){
x = x[!is.na(x)]
}
ux <- unique(x)
return(ux[which.max(tabulate(match(x, ux)))])
}
虽然我喜欢肯威廉姆斯简单的功能,我想检索多种模式,如果他们存在。考虑到这一点,我使用下面的函数,它返回多个模式或单个模式的列表。
rmode <- function(x) {
x <- sort(x)
u <- unique(x)
y <- lapply(u, function(y) length(x[x==y]))
u[which( unlist(y) == max(unlist(y)) )]
}
下面是一个查找模式的函数:
mode <- function(x) {
unique_val <- unique(x)
counts <- vector()
for (i in 1:length(unique_val)) {
counts[i] <- length(which(x==unique_val[i]))
}
position <- c(which(counts==max(counts)))
if (mean(counts)==max(counts))
mode_x <- 'Mode does not exist'
else
mode_x <- unique_val[position]
return(mode_x)
}
另一个可能的解决方案:
Mode <- function(x) {
if (is.numeric(x)) {
x_table <- table(x)
return(as.numeric(names(x_table)[which.max(x_table)]))
}
}
用法:
set.seed(100)
v <- sample(x = 1:100, size = 1000000, replace = TRUE)
system.time(Mode(v))
输出:
user system elapsed
0.32 0.00 0.31
我浏览了所有这些选项,开始想知道它们的相对特性和性能,所以我做了一些测试。如果其他人也好奇,我在这里分享我的结果。
我不想为这里发布的所有函数而烦恼,我选择了一个基于一些标准的示例:函数应该对字符、因子、逻辑和数字向量都有效,它应该适当地处理na和其他有问题的值,输出应该是“合理的”,即没有数字作为字符或其他类似的愚蠢行为。
我还添加了一个我自己的函数,它是基于与chrispy相同的想法,除了适应更一般的用途:
library(magrittr)
Aksel <- function(x, freq=FALSE) {
z <- 2
if (freq) z <- 1:2
run <- x %>% as.vector %>% sort %>% rle %>% unclass %>% data.frame
colnames(run) <- c("freq", "value")
run[which(run$freq==max(run$freq)), z] %>% as.vector
}
set.seed(2)
F <- sample(c("yes", "no", "maybe", NA), 10, replace=TRUE) %>% factor
Aksel(F)
# [1] maybe yes
C <- sample(c("Steve", "Jane", "Jonas", "Petra"), 20, replace=TRUE)
Aksel(C, freq=TRUE)
# freq value
# 7 Steve
最后,我通过微基准测试在两组测试数据上运行了五个函数。函数名指的是它们各自的作者:
Chris的函数被设置为method="modes"和na。rm=TRUE默认值,以使其更具可比性,但除此之外,这里使用的函数是由它们的作者提供的。
In matter of speed alone Kens version wins handily, but it is also the only one of these that will only report one mode, no matter how many there really are. As is often the case, there's a trade-off between speed and versatility. In method="mode", Chris' version will return a value iff there is one mode, else NA. I think that's a nice touch. I also think it's interesting how some of the functions are affected by an increased number of unique values, while others aren't nearly as much. I haven't studied the code in detail to figure out why that is, apart from eliminating logical/numeric as a the cause.
基于@Chris的函数来计算模态或相关指标,但是使用Ken Williams的方法来计算频率。这个方法修复了根本没有模式(所有元素频率相等)的情况,并提供了一些更易读的方法名。
Mode <- function(x, method = "one", na.rm = FALSE) {
x <- unlist(x)
if (na.rm) {
x <- x[!is.na(x)]
}
# Get unique values
ux <- unique(x)
n <- length(ux)
# Get frequencies of all unique values
frequencies <- tabulate(match(x, ux))
modes <- frequencies == max(frequencies)
# Determine number of modes
nmodes <- sum(modes)
nmodes <- ifelse(nmodes==n, 0L, nmodes)
if (method %in% c("one", "mode", "") | is.na(method)) {
# Return NA if not exactly one mode, else return the mode
if (nmodes != 1) {
return(NA)
} else {
return(ux[which(modes)])
}
} else if (method %in% c("n", "nmodes")) {
# Return the number of modes
return(nmodes)
} else if (method %in% c("all", "modes")) {
# Return NA if no modes exist, else return all modes
if (nmodes > 0) {
return(ux[which(modes)])
} else {
return(NA)
}
}
warning("Warning: method not recognised. Valid methods are 'one'/'mode' [default], 'n'/'nmodes' and 'all'/'modes'")
}
由于它使用Ken的方法来计算频率,性能也得到了优化,使用AkselA的帖子,我对之前的一些答案进行了基准测试,以显示我的函数在性能上是如何接近Ken的,各种输出选项的条件只导致很小的开销:
这个黑客应该工作良好。给你的值以及模式的计数:
Mode <- function(x){
a = table(x) # x is a vector
return(a[which.max(a)])
}
计算模式大多是在有因素变量的情况下才可以使用
labels(table(HouseVotes84$V1)[as.numeric(labels(max(table(HouseVotes84$V1))))])
HouseVotes84是在“mlbench”包中可用的数据集。
它会给出最大标签值。它更容易由内置函数本身使用,而无需编写函数。
对Ken Williams的回答做了一个小修改,增加了可选的params na。Rm和return_multiple。
与依赖names()的答案不同,此答案在返回值中维护x的数据类型。
stat_mode <- function(x, return_multiple = TRUE, na.rm = FALSE) {
if(na.rm){
x <- na.omit(x)
}
ux <- unique(x)
freq <- tabulate(match(x, ux))
mode_loc <- if(return_multiple) which(freq==max(freq)) else which.max(freq)
return(ux[mode_loc])
}
要显示它与可选参数一起工作并维护数据类型:
foo <- c(2L, 2L, 3L, 4L, 4L, 5L, NA, NA)
bar <- c('mouse','mouse','dog','cat','cat','bird',NA,NA)
str(stat_mode(foo)) # int [1:3] 2 4 NA
str(stat_mode(bar)) # chr [1:3] "mouse" "cat" NA
str(stat_mode(bar, na.rm=T)) # chr [1:2] "mouse" "cat"
str(stat_mode(bar, return_mult=F, na.rm=T)) # chr "mouse"
感谢@Frank的简化。
对此有多种解决方案。我检查了第一个,然后写了我自己的。把它贴在这里,如果它能帮助到任何人:
Mode <- function(x){
y <- data.frame(table(x))
y[y$Freq == max(y$Freq),1]
}
让我们用几个例子来测试一下。我正在取虹膜数据集。让我们用数值数据进行测试
> Mode(iris$Sepal.Length)
[1] 5
你可以验证这是正确的。
现在虹膜数据集中唯一的非数字字段(Species)没有模式。让我们用我们自己的例子进行测试
> test <- c("red","red","green","blue","red")
> Mode(test)
[1] red
EDIT
正如注释中提到的,用户可能希望保留输入类型。在这种情况下,mode函数可以修改为:
Mode <- function(x){
y <- data.frame(table(x))
z <- y[y$Freq == max(y$Freq),1]
as(as.character(z),class(x))
}
函数的最后一行只是将最终的模式值强制为原始输入的类型。
模式并不是在所有情况下都有用。所以函数应该处理这种情况。试试下面的函数。
Mode <- function(v) {
# checking unique numbers in the input
uniqv <- unique(v)
# frquency of most occured value in the input data
m1 <- max(tabulate(match(v, uniqv)))
n <- length(tabulate(match(v, uniqv)))
# if all elements are same
same_val_check <- all(diff(v) == 0)
if(same_val_check == F){
# frquency of second most occured value in the input data
m2 <- sort(tabulate(match(v, uniqv)),partial=n-1)[n-1]
if (m1 != m2) {
# Returning the most repeated value
mode <- uniqv[which.max(tabulate(match(v, uniqv)))]
} else{
mode <- "Two or more values have same frequency. So mode can't be calculated."
}
} else {
# if all elements are same
mode <- unique(v)
}
return(mode)
}
输出,
x1 <- c(1,2,3,3,3,4,5)
Mode(x1)
# [1] 3
x2 <- c(1,2,3,4,5)
Mode(x2)
# [1] "Two or more varibles have same frequency. So mode can't be calculated."
x3 <- c(1,1,2,3,3,4,5)
Mode(x3)
# [1] "Two or more values have same frequency. So mode can't be calculated."
这建立在jprockbelly的答案上,通过对非常短的向量增加速度。这在将mode应用到data.frame或包含很多小组的数据表时非常有用:
Mode <- function(x) {
if ( length(x) <= 2 ) return(x[1])
if ( anyNA(x) ) x = x[!is.na(x)]
ux <- unique(x)
ux[which.max(tabulate(match(x, ux)))]
}
假设你的观测值是来自实数的类,当你的观测值是2,2,3,3时,你期望模态为2.5,然后你可以用mode = l1 + I * (f1-f0) / (2f1 -f0 - f2)来估计模态,其中l1..最频繁类的下限,f1..最频繁类的频率,f0..在最频繁类之前的类的频率,f2..在最频繁类之后的类的频率,i..分类间隔,如在1,2,3中给出:
#Small Example
x <- c(2,2,3,3) #Observations
i <- 1 #Class interval
z <- hist(x, breaks = seq(min(x)-1.5*i, max(x)+1.5*i, i), plot=F) #Calculate frequency of classes
mf <- which.max(z$counts) #index of most frequent class
zc <- z$counts
z$breaks[mf] + i * (zc[mf] - zc[mf-1]) / (2*zc[mf] - zc[mf-1] - zc[mf+1]) #gives you the mode of 2.5
#Larger Example
set.seed(0)
i <- 5 #Class interval
x <- round(rnorm(100,mean=100,sd=10)/i)*i #Observations
z <- hist(x, breaks = seq(min(x)-1.5*i, max(x)+1.5*i, i), plot=F)
mf <- which.max(z$counts)
zc <- z$counts
z$breaks[mf] + i * (zc[mf] - zc[mf-1]) / (2*zc[mf] - zc[mf-1] - zc[mf+1]) #gives you the mode of 99.5
如果你想要最频繁的级别,并且你有多个最频繁的级别,你可以得到所有的级别,例如:
x <- c(2,2,3,5,5)
names(which(max(table(x))==table(x)))
#"2" "5"
在我看来,如果一个集合有一个模式,那么它的元素就可以与自然数一一对应。因此,查找模式的问题简化为生成这样一个映射,查找映射值的模式,然后映射回集合中的一些项。(处理NA发生在映射阶段)。
我有一个直方图函数,它的原理类似。(本文代码中使用的特殊函数和操作符应在Shapiro和/或neatOveRse中定义。在此复制夏皮罗和奈尔斯的部分是经过允许的;复制的片段可根据本网站的条款使用。)直方图的伪代码是
.histogram <- function (i)
if (i %|% is.empty) integer() else
vapply2(i %|% max %|% seqN, `==` %<=% i %O% sum)
histogram <- function(i) i %|% rmna %|% .histogram
(特殊的二进制操作符完成管道、咖喱和组合)我还有一个maxloc函数,它与which类似。Max,但返回一个向量的所有绝对最大值。maxloc的R伪代码是
FUNloc <- function (FUN, x, na.rm=F)
which(x == list(identity, rmna)[[na.rm %|% index.b]](x) %|% FUN)
maxloc <- FUNloc %<=% max
minloc <- FUNloc %<=% min # I'M THROWING IN minloc TO EXPLAIN WHY I MADE FUNloc
Then
imode <- histogram %O% maxloc
and
x %|% map %|% imode %|% unmap
将计算任何集合的模式,只要定义了适当的映射-ping和取消映射-ping函数。
添加raster::modal()作为一个选项,不过请注意,raster是一个很大的包,如果不做地理空间方面的工作,可能不值得安装。
源代码可以从https://github.com/rspatial/raster/blob/master/src/modal.cpp和https://github.com/rspatial/raster/blob/master/R/modal.R中取出,放入个人R包中,供那些特别热衷的人使用。
CRAN上现在可用的折叠包中的通用函数fmode实现了基于索引哈希的基于c++的模式。它比上述任何一种方法都要快得多。它提供了向量、矩阵、data.frames和dplyr分组tibbles的方法。语法:
libary(collapse)
fmode(x, g = NULL, w = NULL, ...)
其中x可以是上述对象之一,g提供一个可选的分组向量或分组向量列表(用于分组模式计算,也在c++中执行),w(可选)提供一个数值权重向量。在分组tibble方法中,没有g参数,您可以执行data %>% group_by(idvar) %>% fmode。
这是我的数据。返回完整表的逐行模式的表解决方案。我用它来推断行类。它负责data中新的set()函数。桌子,应该很快。虽然它不管理NA,但可以通过查看本页上的众多其他解决方案添加。
majorityVote <- function(mat_classes) {
#mat_classes = dt.pour.centroids_num
dt.modes <- data.table(mode = integer(nrow(mat_classes)))
for (i in 1:nrow(mat_classes)) {
cur.row <- mat_classes[i]
cur.mode <- which.max(table(t(cur.row)))
set(dt.modes, i=i, j="mode", value = cur.mode)
}
return(dt.modes)
}
可能的用法:
newClass <- majorityVote(my.dt) # just a new vector with all the modes
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