网站：

网站项目是动态编译的。你最终会得到更多的DLL文件，这可能是一件痛苦的事。当一个目录中的页面或控件需要引用另一个目录的页面和控件时，这也会带来问题，因为其他目录可能尚未编译到代码中。另一个问题可能是出版。

如果Visual Studio没有被告知要经常重复使用相同的名称，它将为页面始终生成的DLL文件提供新名称。这可能导致具有包含相同类名的DLL文件的多个紧密副本，这将产生大量误差。网站项目是在VisualStudio2005中引入的，但事实证明它并不流行。

Web应用程序：

Web应用程序项目是作为外接程序创建的，现在作为一部分存在Visual Studio 2005的SP 1。主要区别在于Web应用程序项目设计为与Visual Studio 2003附带的Web项目类似。它将在构建时将应用程序编译为单个DLL文件时间若要更新项目，必须重新编译该项目，并且DLL文件发布以进行更改。

Web应用程序的另一个好特性从项目视图中排除文件要容易得多。在网站项目，您排除的每个文件都将重命名为文件名中的关键字。在Web应用程序项目中跟踪项目视图中要包含/排除的文件重新命名它们，使事情更加整洁。

参考

ASP.NET 2.0-网站与Web应用程序项目这篇文章也给出了为什么使用其中一个而不是另一个的原因。以下是摘录：

您需要将大型Visual Studio.NET 2003应用程序迁移到VS2005? 使用Web应用程序项目。您希望将任何目录作为Web项目打开和编辑，而不需要创建项目文件？使用网站项目您需要在编译期间添加预编译和后编译步骤吗？使用Web应用程序项目。您需要使用多个Web构建Web应用程序项目？使用Web应用程序项目。是否要为每个页面生成一个程序集？使用网站项目。您更喜欢动态编译和在不构建的情况下处理页面每个页面视图上的整个站点？使用Web现场项目。您更喜欢单页代码模型而不是代码隐藏模型？使用网站项目

Web应用程序项目与Web站点项目（MSDN）解释了Web站点和Web应用程序之间的差异。此外，它还讨论了在Visual Studio中进行的配置。

这听起来可能有点明显，但我认为这是一种误解，因为VisualStudio2005最初只是随网站一起提供的。如果你的项目涉及一个相当有限的网站，并且没有太多的逻辑或物理分离，那么这个网站就很好。然而，如果它确实是一个具有不同模块的web应用程序，许多用户可以在其中添加和更新数据，那么您最好使用该web应用程序。

网站模型的最大优点是app_code部分中的任何内容都是动态编译的。您可以在没有完全重新部署的情况下进行C#文件更新。然而，这是一个巨大的牺牲。很多事情都发生在难以控制的幕后。命名空间很难控制，app_code下的任何内容默认情况下都会使用特定的DLL，因为所有内容都是动态编译的。

web应用程序模型没有动态编译，但您可以控制我提到的内容。

如果您正在进行n层开发，我强烈推荐web应用程序模型。如果您正在做一个有限的网站或一个快速而肮脏的实现，那么网站模型可能有优势。

更详细的分析见：

Web应用程序项目和Web部署项目位于此处网站还是Web应用程序？

MSDN中有一篇文章描述了这些差异：

比较网站项目和Web应用程序项目

BTW：关于这个话题有一些类似的问题，例如：

Visual Studio中的网站与ASP.Net Web应用程序之比较注意：已删除，不再在SO中ASP.NET中的网站或Web应用程序

这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。

其中一个关键区别是网站动态编译和动态创建程序集。Web应用程序编译成一个大型程序集。

Visual Studio 2008中消除了两者之间的区别。

网站=当网站由图形设计师创建且程序员仅编辑一到两页时使用

Web应用程序=当应用程序由程序员创建且图形设计师仅编辑一页或两页/图像时使用。

网站可以使用任何HTML工具进行工作，而不必使用开发人员工作室，因为项目文件不需要更新等。当团队主要使用开发人员studio并且代码内容较高时，Web应用程序是最佳的。

（某些编码错误在编译时在Web应用程序中发现，直到运行时才在Web站点中发现。）

警告：我多年前就写过这个答案，之后就再也没有使用Asp.net了。我想事情已经开始了。

网站是您部署到ASP.NET Web服务器（如IIS）的内容。只是一堆文件和文件夹。网站中没有任何东西将您与Visual Studio联系在一起（没有项目文件）。网页（如.aspx、.ascx、.master）的代码生成和编译在运行时动态完成，对这些文件的更改由框架检测并自动重新编译。您可以将要在页面之间共享的代码放在特殊的App_code文件夹中，也可以对其进行预编译并将程序集放在Bin文件夹中。

Web应用程序是一个特殊的Visual Studio项目。与Web站点的主要区别在于，当您构建项目时，所有代码文件都被编译为一个单独的程序集，该程序集放在bin目录中。您不会将代码文件部署到web服务器。您可以像在类库中那样，将共享代码文件放在任何位置，而不是为共享代码文件设置一个特殊的文件夹。因为Web应用程序包含不打算部署的文件，例如项目和代码文件，所以Visual Studio中有一个Publish命令，用于将网站输出到指定位置。

App_Code与Bin

部署共享代码文件通常是一个坏主意，但这并不意味着您必须选择Web应用程序。您可以有一个网站，该网站引用了包含该网站所有代码的类库项目。Web应用程序只是一种方便的方式。

后面的代码

此主题特定于.aspx和.ascx文件。此主题在新的应用程序框架（如ASP.NET MVC和ASP.NET网页）中的相关性越来越小，这些框架不使用代码尾文件。

通过将所有代码文件编译为一个程序集，包括.aspx页和.ascx控件的代码库文件，在Web应用程序中，您必须为每一个微小的更改重新构建，并且无法进行实时更改。在开发过程中，这可能是一个真正的痛苦，因为您必须不断地重新构建以查看更改，而使用Web站点时，运行时会检测到更改，页面/控件会自动重新编译。

让运行时管理代码后端程序集对您来说工作量较小，因为您不必担心为页面/控件提供唯一的名称或将它们组织到不同的命名空间中。

我并不是说部署代码文件总是一个好主意（特别是在共享代码文件的情况下），但codebehind文件应该只包含执行特定于UI的任务、连接事件处理程序等的代码。您的应用程序应该分层，以便重要的代码始终位于Bin文件夹中。如果是这种情况，那么部署codebehind文件不应该被认为是有害的。

Web应用程序的另一个限制是您只能使用项目的语言。在网站中，您可以使用C#、VB等语言创建一些页面。无需特殊的Visual Studio支持。这就是构建提供程序可扩展性的优点。

此外，在Web应用程序中，您无法在页面/控件中进行错误检测，因为编译器只编译代码尾部类，而不编译标记代码（在MVC中，您可以使用MvcBuildViews选项修复此问题），而标记代码是在运行时编译的。

Visual Studio

因为Web应用程序是Visual Studio项目，所以您可以获得一些网站中不可用的功能。例如，您可以使用构建事件来执行各种任务，例如缩小和/或合并Javascript文件。

VisualStudio2010中引入的另一个不错的功能是Web.config转换。这在网站中也不可用。现在可以在VS 2013中使用网站。

构建Web应用程序比构建Web站点更快，特别是对于大型站点。这主要是因为Web应用程序不编译标记代码。在MVC中，如果您将MvcBuildViews设置为true，那么它将编译标记代码，并进行错误检测，这非常有用。缺点是，每次构建解决方案时，它都会构建一个完整的站点，这可能会很慢，效率也很低，特别是如果您没有编辑站点。我发现自己正在打开和关闭MvcBuildViews（这需要卸载项目）。另一方面，对于网站，您可以选择是否将网站作为解决方案的一部分来构建。如果您选择不这样做，那么构建解决方案的速度非常快，如果您进行了更改，您可以始终单击“网站”节点并选择“构建”。

在MVC Web应用程序项目中，您有用于常见任务的额外命令和对话框，如“添加视图”、“转到视图”、”添加控制器“等。这些在MVC Web站点中不可用。

如果使用IIS Express作为开发服务器，则可以在网站中添加虚拟目录。此选项在Web应用程序中不可用。

NuGet Package Restore在网站上不起作用，您必须手动安装软件包中列出的软件包。配置Package Restore现在可以用于启动NuGet 2.7的网站

除非您特别需要动态编译的项目，否则不要使用网站项目。

为什么？因为当你试图改变或理解你的项目时，网站项目会把你逼疯。Visual Studio中的静态类型查找功能（例如查找用法、重构）将永远适用于任何大小合理的项目。有关详细信息，请参阅Visual Studio中的堆栈溢出问题慢速“查找所有引用”。

我真的看不出他们为什么会放弃Visual Studio 2005中的web应用程序，因为它是一种令人痛苦、精神错乱、效率低下的网站项目类型。

应用程序通常在部署之前编译，因为网站使用app_code目录。当应用程序代码文件夹中发生任何更改时，服务器将重新编译代码。这意味着您可以随时在网站上添加/更改代码。

应用程序的优点是无需重新编译，因此初始启动时间会更快。

我建议您观看ASP.NET网站上的“Web应用程序项目和Web部署项目”视频，该视频非常详细地解释了差异，这对我很有帮助。

顺便说一句，不要被标题所迷惑，视频的很大一部分解释了网站项目和web应用程序项目之间的区别，以及为什么Microsoft在Visual studio 2005中重新引入web应用程序（正如您可能已经知道的那样，它最初只提供网站项目，然后在SP1中添加了web应用程序）。这是一个很棒的视频，我强烈推荐给任何想了解差异的人。

来自MCTS自定进度训练包考试70-515书：

利用web应用程序（项目），您可以创建MVC应用程序。Visual Studio将文件列表存储在项目文件（.csproj或.vbproj）中，而不是依赖于文件夹结构。不能混合使用Visual Basic和C#。不停止调试会话就无法编辑代码。您可以在多个web项目之间建立依赖关系。您必须在部署之前编译应用程序，这将阻止您在另一页无法编译时测试该页。您不必将源代码存储在服务器上。您可以控制程序集名称和版本。如果不重新编译，则无法在部署后编辑单个文件。

网站和Project>>网站是使用visual studio创建ASP.NET应用程序的两种不同方法。一个是无项目的，另一个是项目环境。差异如下

解决方案文件存储在项目环境中与根目录相同的目录中。在项目环境中部署之前，需要删除解决方案和项目文件。完整的根目录部署在无项目环境中。

使用这两种方法都没有太大的基本区别。但如果您创建的网站需要更长的时间，请选择项目环境。

“网站”的代码位于一个特殊的App_code目录中，并且在运行时被编译为多个DLL（程序集）。“web应用程序”被预编译为一个DLL。

在Web应用程序项目中，Visual Studio需要用于页面和用户控件的其他.designer文件。网站项目不需要此开销。标记本身被解释为设计。

这始终取决于客户的要求。ASP.NET仅包含用户需要的灵活功能，以确保应用程序的安全性和易于维护。

您可以将Web应用程序视为在ASP.NET框架内运行的二进制文件。网站是一个静态网页，您可以查看并轻松部署源代码。

但这两种ASP.NET技术的优点和缺点都是好的。

网站-不会创建解决方案文件。如果我们想创建网站，不需要visual studio。

Web应用程序-将创建解决方案文件。如果我们想创建web应用程序，应该需要visual studio。它将在bin文件夹中创建一个.dll文件。

Web应用程序项目模型

提供与Visual Studio.NET Web相同的Web项目语义项目。具有项目文件（基于项目文件的结构）。构建模型-项目中的所有代码都编译为单个装配支持IIS和内置ASP.NET开发服务器支持Visual Studio 2005的所有功能（重构，泛型等）和ASP.NET（主页、成员资格和登录名，网站导航、主题等）。使用FrontPage服务器扩展（FPSE）不再是要求。

网站项目模型

没有项目文件（基于文件系统）。新的编译模型。动态编译和处理页面，无需构建整个站点在每个页面视图上。支持IIS和内置ASP.NET Development Server。每个页面都有自己的程序集。不同的代码模型。

编译首先，编译是有区别的。网站不是在服务器上预编译的，而是在文件上编译的。可能是这是一个优势，因为当您想要更改Web中的某些内容时站点您只需从服务器下载一个特定的文件，更改它并把这个文件上传回服务器，一切都会正常。在Web中应用程序无法执行此操作，因为所有内容都是预编译的你最终只有一个dll。当您更改一个文件中的内容时您的项目必须重新编译所有内容。所以如果你愿意希望能够更改服务器上的某些文件。网站是更好的解决方案。它还允许许多开发人员开发一个网站。另一方面，如果您不希望代码您应该选择Web应用程序。这选项对于单元测试也更好，因为一个DLL文件在发布网站后创建。

项目结构项目的结构也存在差异。在Web应用程序中，您有一个项目文件，就像在普通应用程序中一样。在网站中，并没有传统的项目文件，只有解决方案文件。所有引用和设置都存储在web.config文件中。@Page指令对于包含与此页面关联的类的文件，@Page指令中有一个不同的属性。在Web应用程序中，它是标准的“CodeBehind”，在Web站点中使用“CodeFile”。您可以在以下示例中看到这一点：

Web应用程序：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="Default.aspx.cs"  
Inherits="WebApplication._Default" %>  

网站：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Default.aspx.cs" Inherits="_Default" %> 

命名空间-在上面的示例中，您还可以看到另一个区别-如何创建命名空间。In-Web Application命名空间只是一个项目名称。在网站中有默认的命名空间ASP动态编译页面。编辑并继续-在Web应用程序中，“编辑并继续”选项为可用（要打开它，必须转到“工具”菜单，单击“选项”然后在调试中找到“编辑并继续”）。此功能不起作用在Web Site.ASP.NET MVCI中，如果要使用ASP.NET MVC（模型视图控制器）最佳和默认选项是Web应用程序。尽管可以在Web站点中使用MVC不建议使用。摘要-ASP.NET Web应用程序之间最重要的区别网站是编译。所以如果你在一个更大的项目上工作少数人可以修改它，最好使用网站。但如果你是做一个较小的项目，您也可以使用Web应用程序。

绝对是web应用程序，单个DLL文件，易于维护。但网站更灵活；您可以随时编辑aspx文件。

是的，web应用程序比网站好得多，因为web应用程序给了我们自由：

在一个伞下有多个项目并建立项目之间的依赖关系。例如，对于PCS，我们可以在web中进行以下操作应用程序-Web门户通知控制器（用于发送电子邮件）业务层数据访问层异常管理器服务器实用程序WCF服务（所有平台通用）列表项目对类文件中的代码运行单元测试与ASP.NET页面关联参考以下类别与独立类中的页面和用户控件关联为整个站点创建单个部件的步骤控制为站点生成的程序集名称和版本号避免将源代码放在生产服务器上。（你可以避免将源代码部署到IIS服务器。在某些情况下，例如共享托管环境，您可能会担心未经授权访问IIS服务器上的源代码。（对于web站点项目，您可以通过在开发计算机并部署生成的程序集源代码的。然而，在这种情况下轻松更新网站的好处。）网站性能问题（对网站的第一请求可能需要编译网站，这可能导致延迟。如果网站运行在内存不足的IIS服务器，包括单个程序集使用的内存可能比多个组件。）

WebSite：它会自动生成app_code文件夹，如果您在服务器上发布它，然后如果您对任何特定文件或页面进行一些更改，则不必编译所有文件。

Web应用程序它自动生成网站不生成的解决方案文件，如果您在一个文件中进行更改，则必须编译整个项目以反映其更改。

Web应用程序需要更多的内存，可能是因为您别无选择，只能编译成一个程序集。我刚刚将一个大型遗留站点转换为web应用程序，在编译时内存不足，错误消息如下：

Unexpected error writing metadata to file '' -- 
Not enough storage is available to complete this operation. 

错误，并在运行时显示以下错误消息：

Exception information: 
    Exception type: HttpException 
    Exception message: Exception of type 'System.OutOfMemoryException' was thrown.
   at System.Web.Compilation.BuildManager.ReportTopLevelCompilationException()

我对在内存受限的传统硬件上转换大型站点的建议是，选择恢复到网站模型的选项。即使在最初的成功之后，问题也可能会在以后慢慢出现。

在web应用程序中，您可以创建项目功能的层，并通过将其划分为多个项目来创建它们之间的相互依赖关系，但您永远无法在网站上做到这一点。

这里Web支持应用程序是网站的一个示例。网站和Web应用程序都可以是动态/静态的，这取决于需求，这里有一个例子来理解网站和Web程序的工作。

总结以上一些答案：

灵活性，您可以对网页进行实时更改吗？

网站：可能。赞成：短期利益。缺点：项目混乱的长期风险。

Web应用程序：不可能。编辑页面，将更改存档到源代码管理，然后构建和部署整个站点。专业：保持高质量的项目。

发展问题

网站：没有.csproj文件的简单项目结构。两个.aspx页面可以具有相同的类名，而不会发生冲突。随机项目目录名导致生成错误，如为什么.net框架与自己生成的文件冲突，以及为什么.net框架与其自己生成的文档冲突。专业人士：简单（简单化）。缺点：不稳定。

Web应用程序：项目结构类似于WebForms项目，具有.csproj文件。asp页面的类名必须是唯一的。专业：简单（智能）。缺点：没有，因为网络应用程序仍然很简单。