MSDN中有一篇文章描述了这些差异：

比较网站项目和Web应用程序项目

BTW：关于这个话题有一些类似的问题，例如：

Visual Studio中的网站与ASP.Net Web应用程序之比较注意：已删除，不再在SO中ASP.NET中的网站或Web应用程序

Web应用程序项目模型

提供与Visual Studio.NET Web相同的Web项目语义项目。具有项目文件（基于项目文件的结构）。构建模型-项目中的所有代码都编译为单个装配支持IIS和内置ASP.NET开发服务器支持Visual Studio 2005的所有功能（重构，泛型等）和ASP.NET（主页、成员资格和登录名，网站导航、主题等）。使用FrontPage服务器扩展（FPSE）不再是要求。

网站项目模型

没有项目文件（基于文件系统）。新的编译模型。动态编译和处理页面，无需构建整个站点在每个页面视图上。支持IIS和内置ASP.NET Development Server。每个页面都有自己的程序集。不同的代码模型。

这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。

网站=当网站由图形设计师创建且程序员仅编辑一到两页时使用

Web应用程序=当应用程序由程序员创建且图形设计师仅编辑一页或两页/图像时使用。

网站可以使用任何HTML工具进行工作，而不必使用开发人员工作室，因为项目文件不需要更新等。当团队主要使用开发人员studio并且代码内容较高时，Web应用程序是最佳的。

（某些编码错误在编译时在Web应用程序中发现，直到运行时才在Web站点中发现。）

警告：我多年前就写过这个答案，之后就再也没有使用Asp.net了。我想事情已经开始了。

“网站”的代码位于一个特殊的App_code目录中，并且在运行时被编译为多个DLL（程序集）。“web应用程序”被预编译为一个DLL。

这里Web支持应用程序是网站的一个示例。网站和Web应用程序都可以是动态/静态的，这取决于需求，这里有一个例子来理解网站和Web程序的工作。