MSDN中有一篇文章描述了这些差异：

比较网站项目和Web应用程序项目

BTW：关于这个话题有一些类似的问题，例如：

Visual Studio中的网站与ASP.Net Web应用程序之比较注意：已删除，不再在SO中ASP.NET中的网站或Web应用程序

除非您特别需要动态编译的项目，否则不要使用网站项目。

为什么？因为当你试图改变或理解你的项目时，网站项目会把你逼疯。Visual Studio中的静态类型查找功能（例如查找用法、重构）将永远适用于任何大小合理的项目。有关详细信息，请参阅Visual Studio中的堆栈溢出问题慢速“查找所有引用”。

我真的看不出他们为什么会放弃Visual Studio 2005中的web应用程序，因为它是一种令人痛苦、精神错乱、效率低下的网站项目类型。

WebSite：它会自动生成app_code文件夹，如果您在服务器上发布它，然后如果您对任何特定文件或页面进行一些更改，则不必编译所有文件。

Web应用程序它自动生成网站不生成的解决方案文件，如果您在一个文件中进行更改，则必须编译整个项目以反映其更改。

这里Web支持应用程序是网站的一个示例。网站和Web应用程序都可以是动态/静态的，这取决于需求，这里有一个例子来理解网站和Web程序的工作。

应用程序通常在部署之前编译，因为网站使用app_code目录。当应用程序代码文件夹中发生任何更改时，服务器将重新编译代码。这意味着您可以随时在网站上添加/更改代码。

应用程序的优点是无需重新编译，因此初始启动时间会更快。

“网站”的代码位于一个特殊的App_code目录中，并且在运行时被编译为多个DLL（程序集）。“web应用程序”被预编译为一个DLL。