来自MCTS自定进度训练包考试70-515书：

利用web应用程序（项目），您可以创建MVC应用程序。Visual Studio将文件列表存储在项目文件（.csproj或.vbproj）中，而不是依赖于文件夹结构。不能混合使用Visual Basic和C#。不停止调试会话就无法编辑代码。您可以在多个web项目之间建立依赖关系。您必须在部署之前编译应用程序，这将阻止您在另一页无法编译时测试该页。您不必将源代码存储在服务器上。您可以控制程序集名称和版本。如果不重新编译，则无法在部署后编辑单个文件。

Web应用程序项目模型

提供与Visual Studio.NET Web相同的Web项目语义项目。具有项目文件（基于项目文件的结构）。构建模型-项目中的所有代码都编译为单个装配支持IIS和内置ASP.NET开发服务器支持Visual Studio 2005的所有功能（重构，泛型等）和ASP.NET（主页、成员资格和登录名，网站导航、主题等）。使用FrontPage服务器扩展（FPSE）不再是要求。

网站项目模型

没有项目文件（基于文件系统）。新的编译模型。动态编译和处理页面，无需构建整个站点在每个页面视图上。支持IIS和内置ASP.NET Development Server。每个页面都有自己的程序集。不同的代码模型。

MSDN中有一篇文章描述了这些差异：

比较网站项目和Web应用程序项目

BTW：关于这个话题有一些类似的问题，例如：

Visual Studio中的网站与ASP.Net Web应用程序之比较注意：已删除，不再在SO中ASP.NET中的网站或Web应用程序

这里Web支持应用程序是网站的一个示例。网站和Web应用程序都可以是动态/静态的，这取决于需求，这里有一个例子来理解网站和Web程序的工作。

这始终取决于客户的要求。ASP.NET仅包含用户需要的灵活功能，以确保应用程序的安全性和易于维护。

您可以将Web应用程序视为在ASP.NET框架内运行的二进制文件。网站是一个静态网页，您可以查看并轻松部署源代码。

但这两种ASP.NET技术的优点和缺点都是好的。

这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。