这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。

Web应用程序项目模型

提供与Visual Studio.NET Web相同的Web项目语义项目。具有项目文件（基于项目文件的结构）。构建模型-项目中的所有代码都编译为单个装配支持IIS和内置ASP.NET开发服务器支持Visual Studio 2005的所有功能（重构，泛型等）和ASP.NET（主页、成员资格和登录名，网站导航、主题等）。使用FrontPage服务器扩展（FPSE）不再是要求。

网站项目模型

没有项目文件（基于文件系统）。新的编译模型。动态编译和处理页面，无需构建整个站点在每个页面视图上。支持IIS和内置ASP.NET Development Server。每个页面都有自己的程序集。不同的代码模型。

编译首先，编译是有区别的。网站不是在服务器上预编译的，而是在文件上编译的。可能是这是一个优势，因为当您想要更改Web中的某些内容时站点您只需从服务器下载一个特定的文件，更改它并把这个文件上传回服务器，一切都会正常。在Web中应用程序无法执行此操作，因为所有内容都是预编译的你最终只有一个dll。当您更改一个文件中的内容时您的项目必须重新编译所有内容。所以如果你愿意希望能够更改服务器上的某些文件。网站是更好的解决方案。它还允许许多开发人员开发一个网站。另一方面，如果您不希望代码您应该选择Web应用程序。这选项对于单元测试也更好，因为一个DLL文件在发布网站后创建。

项目结构项目的结构也存在差异。在Web应用程序中，您有一个项目文件，就像在普通应用程序中一样。在网站中，并没有传统的项目文件，只有解决方案文件。所有引用和设置都存储在web.config文件中。@Page指令对于包含与此页面关联的类的文件，@Page指令中有一个不同的属性。在Web应用程序中，它是标准的“CodeBehind”，在Web站点中使用“CodeFile”。您可以在以下示例中看到这一点：

Web应用程序：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="Default.aspx.cs"  
Inherits="WebApplication._Default" %>  

网站：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Default.aspx.cs" Inherits="_Default" %> 

命名空间-在上面的示例中，您还可以看到另一个区别-如何创建命名空间。In-Web Application命名空间只是一个项目名称。在网站中有默认的命名空间ASP动态编译页面。编辑并继续-在Web应用程序中，“编辑并继续”选项为可用（要打开它，必须转到“工具”菜单，单击“选项”然后在调试中找到“编辑并继续”）。此功能不起作用在Web Site.ASP.NET MVCI中，如果要使用ASP.NET MVC（模型视图控制器）最佳和默认选项是Web应用程序。尽管可以在Web站点中使用MVC不建议使用。摘要-ASP.NET Web应用程序之间最重要的区别网站是编译。所以如果你在一个更大的项目上工作少数人可以修改它，最好使用网站。但如果你是做一个较小的项目，您也可以使用Web应用程序。

这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。

“网站”的代码位于一个特殊的App_code目录中，并且在运行时被编译为多个DLL（程序集）。“web应用程序”被预编译为一个DLL。

这听起来可能有点明显，但我认为这是一种误解，因为VisualStudio2005最初只是随网站一起提供的。如果你的项目涉及一个相当有限的网站，并且没有太多的逻辑或物理分离，那么这个网站就很好。然而，如果它确实是一个具有不同模块的web应用程序，许多用户可以在其中添加和更新数据，那么您最好使用该web应用程序。

网站模型的最大优点是app_code部分中的任何内容都是动态编译的。您可以在没有完全重新部署的情况下进行C#文件更新。然而，这是一个巨大的牺牲。很多事情都发生在难以控制的幕后。命名空间很难控制，app_code下的任何内容默认情况下都会使用特定的DLL，因为所有内容都是动态编译的。

web应用程序模型没有动态编译，但您可以控制我提到的内容。

如果您正在进行n层开发，我强烈推荐web应用程序模型。如果您正在做一个有限的网站或一个快速而肮脏的实现，那么网站模型可能有优势。

更详细的分析见：

Web应用程序项目和Web部署项目位于此处网站还是Web应用程序？