其中一个关键区别是网站动态编译和动态创建程序集。Web应用程序编译成一个大型程序集。

Visual Studio 2008中消除了两者之间的区别。

来自MCTS自定进度训练包考试70-515书：

利用web应用程序（项目），您可以创建MVC应用程序。Visual Studio将文件列表存储在项目文件（.csproj或.vbproj）中，而不是依赖于文件夹结构。不能混合使用Visual Basic和C#。不停止调试会话就无法编辑代码。您可以在多个web项目之间建立依赖关系。您必须在部署之前编译应用程序，这将阻止您在另一页无法编译时测试该页。您不必将源代码存储在服务器上。您可以控制程序集名称和版本。如果不重新编译，则无法在部署后编辑单个文件。

除非您特别需要动态编译的项目，否则不要使用网站项目。

为什么？因为当你试图改变或理解你的项目时，网站项目会把你逼疯。Visual Studio中的静态类型查找功能（例如查找用法、重构）将永远适用于任何大小合理的项目。有关详细信息，请参阅Visual Studio中的堆栈溢出问题慢速“查找所有引用”。

我真的看不出他们为什么会放弃Visual Studio 2005中的web应用程序，因为它是一种令人痛苦、精神错乱、效率低下的网站项目类型。

Web应用程序项目模型

提供与Visual Studio.NET Web相同的Web项目语义项目。具有项目文件（基于项目文件的结构）。构建模型-项目中的所有代码都编译为单个装配支持IIS和内置ASP.NET开发服务器支持Visual Studio 2005的所有功能（重构，泛型等）和ASP.NET（主页、成员资格和登录名，网站导航、主题等）。使用FrontPage服务器扩展（FPSE）不再是要求。

网站项目模型

没有项目文件（基于文件系统）。新的编译模型。动态编译和处理页面，无需构建整个站点在每个页面视图上。支持IIS和内置ASP.NET Development Server。每个页面都有自己的程序集。不同的代码模型。

网站：

网站项目是动态编译的。你最终会得到更多的DLL文件，这可能是一件痛苦的事。当一个目录中的页面或控件需要引用另一个目录的页面和控件时，这也会带来问题，因为其他目录可能尚未编译到代码中。另一个问题可能是出版。

如果Visual Studio没有被告知要经常重复使用相同的名称，它将为页面始终生成的DLL文件提供新名称。这可能导致具有包含相同类名的DLL文件的多个紧密副本，这将产生大量误差。网站项目是在VisualStudio2005中引入的，但事实证明它并不流行。

Web应用程序：

Web应用程序项目是作为外接程序创建的，现在作为一部分存在Visual Studio 2005的SP 1。主要区别在于Web应用程序项目设计为与Visual Studio 2003附带的Web项目类似。它将在构建时将应用程序编译为单个DLL文件时间若要更新项目，必须重新编译该项目，并且DLL文件发布以进行更改。

Web应用程序的另一个好特性从项目视图中排除文件要容易得多。在网站项目，您排除的每个文件都将重命名为文件名中的关键字。在Web应用程序项目中跟踪项目视图中要包含/排除的文件重新命名它们，使事情更加整洁。

参考

ASP.NET 2.0-网站与Web应用程序项目这篇文章也给出了为什么使用其中一个而不是另一个的原因。以下是摘录：

您需要将大型Visual Studio.NET 2003应用程序迁移到VS2005? 使用Web应用程序项目。您希望将任何目录作为Web项目打开和编辑，而不需要创建项目文件？使用网站项目您需要在编译期间添加预编译和后编译步骤吗？使用Web应用程序项目。您需要使用多个Web构建Web应用程序项目？使用Web应用程序项目。是否要为每个页面生成一个程序集？使用网站项目。您更喜欢动态编译和在不构建的情况下处理页面每个页面视图上的整个站点？使用Web现场项目。您更喜欢单页代码模型而不是代码隐藏模型？使用网站项目

Web应用程序项目与Web站点项目（MSDN）解释了Web站点和Web应用程序之间的差异。此外，它还讨论了在Visual Studio中进行的配置。

绝对是web应用程序，单个DLL文件，易于维护。但网站更灵活；您可以随时编辑aspx文件。