应用程序通常在部署之前编译，因为网站使用app_code目录。当应用程序代码文件夹中发生任何更改时，服务器将重新编译代码。这意味着您可以随时在网站上添加/更改代码。

应用程序的优点是无需重新编译，因此初始启动时间会更快。

绝对是web应用程序，单个DLL文件，易于维护。但网站更灵活；您可以随时编辑aspx文件。

网站和Project>>网站是使用visual studio创建ASP.NET应用程序的两种不同方法。一个是无项目的，另一个是项目环境。差异如下

解决方案文件存储在项目环境中与根目录相同的目录中。在项目环境中部署之前，需要删除解决方案和项目文件。完整的根目录部署在无项目环境中。

使用这两种方法都没有太大的基本区别。但如果您创建的网站需要更长的时间，请选择项目环境。

网站：

网站项目是动态编译的。你最终会得到更多的DLL文件，这可能是一件痛苦的事。当一个目录中的页面或控件需要引用另一个目录的页面和控件时，这也会带来问题，因为其他目录可能尚未编译到代码中。另一个问题可能是出版。

如果Visual Studio没有被告知要经常重复使用相同的名称，它将为页面始终生成的DLL文件提供新名称。这可能导致具有包含相同类名的DLL文件的多个紧密副本，这将产生大量误差。网站项目是在VisualStudio2005中引入的，但事实证明它并不流行。

Web应用程序：

Web应用程序项目是作为外接程序创建的，现在作为一部分存在Visual Studio 2005的SP 1。主要区别在于Web应用程序项目设计为与Visual Studio 2003附带的Web项目类似。它将在构建时将应用程序编译为单个DLL文件时间若要更新项目，必须重新编译该项目，并且DLL文件发布以进行更改。

Web应用程序的另一个好特性从项目视图中排除文件要容易得多。在网站项目，您排除的每个文件都将重命名为文件名中的关键字。在Web应用程序项目中跟踪项目视图中要包含/排除的文件重新命名它们，使事情更加整洁。

参考

ASP.NET 2.0-网站与Web应用程序项目这篇文章也给出了为什么使用其中一个而不是另一个的原因。以下是摘录：

您需要将大型Visual Studio.NET 2003应用程序迁移到VS2005? 使用Web应用程序项目。您希望将任何目录作为Web项目打开和编辑，而不需要创建项目文件？使用网站项目您需要在编译期间添加预编译和后编译步骤吗？使用Web应用程序项目。您需要使用多个Web构建Web应用程序项目？使用Web应用程序项目。是否要为每个页面生成一个程序集？使用网站项目。您更喜欢动态编译和在不构建的情况下处理页面每个页面视图上的整个站点？使用Web现场项目。您更喜欢单页代码模型而不是代码隐藏模型？使用网站项目

Web应用程序项目与Web站点项目（MSDN）解释了Web站点和Web应用程序之间的差异。此外，它还讨论了在Visual Studio中进行的配置。

WebSite：它会自动生成app_code文件夹，如果您在服务器上发布它，然后如果您对任何特定文件或页面进行一些更改，则不必编译所有文件。

Web应用程序它自动生成网站不生成的解决方案文件，如果您在一个文件中进行更改，则必须编译整个项目以反映其更改。

编译首先，编译是有区别的。网站不是在服务器上预编译的，而是在文件上编译的。可能是这是一个优势，因为当您想要更改Web中的某些内容时站点您只需从服务器下载一个特定的文件，更改它并把这个文件上传回服务器，一切都会正常。在Web中应用程序无法执行此操作，因为所有内容都是预编译的你最终只有一个dll。当您更改一个文件中的内容时您的项目必须重新编译所有内容。所以如果你愿意希望能够更改服务器上的某些文件。网站是更好的解决方案。它还允许许多开发人员开发一个网站。另一方面，如果您不希望代码您应该选择Web应用程序。这选项对于单元测试也更好，因为一个DLL文件在发布网站后创建。

项目结构项目的结构也存在差异。在Web应用程序中，您有一个项目文件，就像在普通应用程序中一样。在网站中，并没有传统的项目文件，只有解决方案文件。所有引用和设置都存储在web.config文件中。@Page指令对于包含与此页面关联的类的文件，@Page指令中有一个不同的属性。在Web应用程序中，它是标准的“CodeBehind”，在Web站点中使用“CodeFile”。您可以在以下示例中看到这一点：

Web应用程序：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="Default.aspx.cs"  
Inherits="WebApplication._Default" %>  

网站：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Default.aspx.cs" Inherits="_Default" %> 

命名空间-在上面的示例中，您还可以看到另一个区别-如何创建命名空间。In-Web Application命名空间只是一个项目名称。在网站中有默认的命名空间ASP动态编译页面。编辑并继续-在Web应用程序中，“编辑并继续”选项为可用（要打开它，必须转到“工具”菜单，单击“选项”然后在调试中找到“编辑并继续”）。此功能不起作用在Web Site.ASP.NET MVCI中，如果要使用ASP.NET MVC（模型视图控制器）最佳和默认选项是Web应用程序。尽管可以在Web站点中使用MVC不建议使用。摘要-ASP.NET Web应用程序之间最重要的区别网站是编译。所以如果你在一个更大的项目上工作少数人可以修改它，最好使用网站。但如果你是做一个较小的项目，您也可以使用Web应用程序。