应用程序通常在部署之前编译，因为网站使用app_code目录。当应用程序代码文件夹中发生任何更改时，服务器将重新编译代码。这意味着您可以随时在网站上添加/更改代码。

应用程序的优点是无需重新编译，因此初始启动时间会更快。

我建议您观看ASP.NET网站上的“Web应用程序项目和Web部署项目”视频，该视频非常详细地解释了差异，这对我很有帮助。

顺便说一句，不要被标题所迷惑，视频的很大一部分解释了网站项目和web应用程序项目之间的区别，以及为什么Microsoft在Visual studio 2005中重新引入web应用程序（正如您可能已经知道的那样，它最初只提供网站项目，然后在SP1中添加了web应用程序）。这是一个很棒的视频，我强烈推荐给任何想了解差异的人。

应用程序通常在部署之前编译，因为网站使用app_code目录。当应用程序代码文件夹中发生任何更改时，服务器将重新编译代码。这意味着您可以随时在网站上添加/更改代码。

应用程序的优点是无需重新编译，因此初始启动时间会更快。

在Web应用程序项目中，Visual Studio需要用于页面和用户控件的其他.designer文件。网站项目不需要此开销。标记本身被解释为设计。

这始终取决于客户的要求。ASP.NET仅包含用户需要的灵活功能，以确保应用程序的安全性和易于维护。

您可以将Web应用程序视为在ASP.NET框架内运行的二进制文件。网站是一个静态网页，您可以查看并轻松部署源代码。

但这两种ASP.NET技术的优点和缺点都是好的。

在web应用程序中，您可以创建项目功能的层，并通过将其划分为多个项目来创建它们之间的相互依赖关系，但您永远无法在网站上做到这一点。