我建议您观看ASP.NET网站上的“Web应用程序项目和Web部署项目”视频，该视频非常详细地解释了差异，这对我很有帮助。

顺便说一句，不要被标题所迷惑，视频的很大一部分解释了网站项目和web应用程序项目之间的区别，以及为什么Microsoft在Visual studio 2005中重新引入web应用程序（正如您可能已经知道的那样，它最初只提供网站项目，然后在SP1中添加了web应用程序）。这是一个很棒的视频，我强烈推荐给任何想了解差异的人。

网站-不会创建解决方案文件。如果我们想创建网站，不需要visual studio。

Web应用程序-将创建解决方案文件。如果我们想创建web应用程序，应该需要visual studio。它将在bin文件夹中创建一个.dll文件。

网站=当网站由图形设计师创建且程序员仅编辑一到两页时使用

Web应用程序=当应用程序由程序员创建且图形设计师仅编辑一页或两页/图像时使用。

网站可以使用任何HTML工具进行工作，而不必使用开发人员工作室，因为项目文件不需要更新等。当团队主要使用开发人员studio并且代码内容较高时，Web应用程序是最佳的。

（某些编码错误在编译时在Web应用程序中发现，直到运行时才在Web站点中发现。）

警告：我多年前就写过这个答案，之后就再也没有使用Asp.net了。我想事情已经开始了。

网站：

网站项目是动态编译的。你最终会得到更多的DLL文件，这可能是一件痛苦的事。当一个目录中的页面或控件需要引用另一个目录的页面和控件时，这也会带来问题，因为其他目录可能尚未编译到代码中。另一个问题可能是出版。

如果Visual Studio没有被告知要经常重复使用相同的名称，它将为页面始终生成的DLL文件提供新名称。这可能导致具有包含相同类名的DLL文件的多个紧密副本，这将产生大量误差。网站项目是在VisualStudio2005中引入的，但事实证明它并不流行。

Web应用程序：

Web应用程序项目是作为外接程序创建的，现在作为一部分存在Visual Studio 2005的SP 1。主要区别在于Web应用程序项目设计为与Visual Studio 2003附带的Web项目类似。它将在构建时将应用程序编译为单个DLL文件时间若要更新项目，必须重新编译该项目，并且DLL文件发布以进行更改。

Web应用程序的另一个好特性从项目视图中排除文件要容易得多。在网站项目，您排除的每个文件都将重命名为文件名中的关键字。在Web应用程序项目中跟踪项目视图中要包含/排除的文件重新命名它们，使事情更加整洁。

参考

ASP.NET 2.0-网站与Web应用程序项目这篇文章也给出了为什么使用其中一个而不是另一个的原因。以下是摘录：

您需要将大型Visual Studio.NET 2003应用程序迁移到VS2005? 使用Web应用程序项目。您希望将任何目录作为Web项目打开和编辑，而不需要创建项目文件？使用网站项目您需要在编译期间添加预编译和后编译步骤吗？使用Web应用程序项目。您需要使用多个Web构建Web应用程序项目？使用Web应用程序项目。是否要为每个页面生成一个程序集？使用网站项目。您更喜欢动态编译和在不构建的情况下处理页面每个页面视图上的整个站点？使用Web现场项目。您更喜欢单页代码模型而不是代码隐藏模型？使用网站项目

Web应用程序项目与Web站点项目（MSDN）解释了Web站点和Web应用程序之间的差异。此外，它还讨论了在Visual Studio中进行的配置。

MSDN中有一篇文章描述了这些差异：

比较网站项目和Web应用程序项目

BTW：关于这个话题有一些类似的问题，例如：

Visual Studio中的网站与ASP.Net Web应用程序之比较注意：已删除，不再在SO中ASP.NET中的网站或Web应用程序

是的，web应用程序比网站好得多，因为web应用程序给了我们自由：

在一个伞下有多个项目并建立项目之间的依赖关系。例如，对于PCS，我们可以在web中进行以下操作应用程序-Web门户通知控制器（用于发送电子邮件）业务层数据访问层异常管理器服务器实用程序WCF服务（所有平台通用）列表项目对类文件中的代码运行单元测试与ASP.NET页面关联参考以下类别与独立类中的页面和用户控件关联为整个站点创建单个部件的步骤控制为站点生成的程序集名称和版本号避免将源代码放在生产服务器上。（你可以避免将源代码部署到IIS服务器。在某些情况下，例如共享托管环境，您可能会担心未经授权访问IIS服务器上的源代码。（对于web站点项目，您可以通过在开发计算机并部署生成的程序集源代码的。然而，在这种情况下轻松更新网站的好处。）网站性能问题（对网站的第一请求可能需要编译网站，这可能导致延迟。如果网站运行在内存不足的IIS服务器，包括单个程序集使用的内存可能比多个组件。）