我建议您观看ASP.NET网站上的“Web应用程序项目和Web部署项目”视频，该视频非常详细地解释了差异，这对我很有帮助。

顺便说一句，不要被标题所迷惑，视频的很大一部分解释了网站项目和web应用程序项目之间的区别，以及为什么Microsoft在Visual studio 2005中重新引入web应用程序（正如您可能已经知道的那样，它最初只提供网站项目，然后在SP1中添加了web应用程序）。这是一个很棒的视频，我强烈推荐给任何想了解差异的人。

MSDN中有一篇文章描述了这些差异：

比较网站项目和Web应用程序项目

BTW：关于这个话题有一些类似的问题，例如：

Visual Studio中的网站与ASP.Net Web应用程序之比较注意：已删除，不再在SO中ASP.NET中的网站或Web应用程序

这里Web支持应用程序是网站的一个示例。网站和Web应用程序都可以是动态/静态的，这取决于需求，这里有一个例子来理解网站和Web程序的工作。

这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。

编译首先，编译是有区别的。网站不是在服务器上预编译的，而是在文件上编译的。可能是这是一个优势，因为当您想要更改Web中的某些内容时站点您只需从服务器下载一个特定的文件，更改它并把这个文件上传回服务器，一切都会正常。在Web中应用程序无法执行此操作，因为所有内容都是预编译的你最终只有一个dll。当您更改一个文件中的内容时您的项目必须重新编译所有内容。所以如果你愿意希望能够更改服务器上的某些文件。网站是更好的解决方案。它还允许许多开发人员开发一个网站。另一方面，如果您不希望代码您应该选择Web应用程序。这选项对于单元测试也更好，因为一个DLL文件在发布网站后创建。

项目结构项目的结构也存在差异。在Web应用程序中，您有一个项目文件，就像在普通应用程序中一样。在网站中，并没有传统的项目文件，只有解决方案文件。所有引用和设置都存储在web.config文件中。@Page指令对于包含与此页面关联的类的文件，@Page指令中有一个不同的属性。在Web应用程序中，它是标准的“CodeBehind”，在Web站点中使用“CodeFile”。您可以在以下示例中看到这一点：

Web应用程序：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="Default.aspx.cs"  
Inherits="WebApplication._Default" %>  

网站：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Default.aspx.cs" Inherits="_Default" %> 

命名空间-在上面的示例中，您还可以看到另一个区别-如何创建命名空间。In-Web Application命名空间只是一个项目名称。在网站中有默认的命名空间ASP动态编译页面。编辑并继续-在Web应用程序中，“编辑并继续”选项为可用（要打开它，必须转到“工具”菜单，单击“选项”然后在调试中找到“编辑并继续”）。此功能不起作用在Web Site.ASP.NET MVCI中，如果要使用ASP.NET MVC（模型视图控制器）最佳和默认选项是Web应用程序。尽管可以在Web站点中使用MVC不建议使用。摘要-ASP.NET Web应用程序之间最重要的区别网站是编译。所以如果你在一个更大的项目上工作少数人可以修改它，最好使用网站。但如果你是做一个较小的项目，您也可以使用Web应用程序。

Web应用程序项目模型

提供与Visual Studio.NET Web相同的Web项目语义项目。具有项目文件（基于项目文件的结构）。构建模型-项目中的所有代码都编译为单个装配支持IIS和内置ASP.NET开发服务器支持Visual Studio 2005的所有功能（重构，泛型等）和ASP.NET（主页、成员资格和登录名，网站导航、主题等）。使用FrontPage服务器扩展（FPSE）不再是要求。

网站项目模型

没有项目文件（基于文件系统）。新的编译模型。动态编译和处理页面，无需构建整个站点在每个页面视图上。支持IIS和内置ASP.NET Development Server。每个页面都有自己的程序集。不同的代码模型。