绝对是web应用程序，单个DLL文件，易于维护。但网站更灵活；您可以随时编辑aspx文件。

“网站”的代码位于一个特殊的App_code目录中，并且在运行时被编译为多个DLL（程序集）。“web应用程序”被预编译为一个DLL。

我建议您观看ASP.NET网站上的“Web应用程序项目和Web部署项目”视频，该视频非常详细地解释了差异，这对我很有帮助。

顺便说一句，不要被标题所迷惑，视频的很大一部分解释了网站项目和web应用程序项目之间的区别，以及为什么Microsoft在Visual studio 2005中重新引入web应用程序（正如您可能已经知道的那样，它最初只提供网站项目，然后在SP1中添加了web应用程序）。这是一个很棒的视频，我强烈推荐给任何想了解差异的人。

网站=当网站由图形设计师创建且程序员仅编辑一到两页时使用

Web应用程序=当应用程序由程序员创建且图形设计师仅编辑一页或两页/图像时使用。

网站可以使用任何HTML工具进行工作，而不必使用开发人员工作室，因为项目文件不需要更新等。当团队主要使用开发人员studio并且代码内容较高时，Web应用程序是最佳的。

（某些编码错误在编译时在Web应用程序中发现，直到运行时才在Web站点中发现。）

警告：我多年前就写过这个答案，之后就再也没有使用Asp.net了。我想事情已经开始了。

网站是您部署到ASP.NET Web服务器（如IIS）的内容。只是一堆文件和文件夹。网站中没有任何东西将您与Visual Studio联系在一起（没有项目文件）。网页（如.aspx、.ascx、.master）的代码生成和编译在运行时动态完成，对这些文件的更改由框架检测并自动重新编译。您可以将要在页面之间共享的代码放在特殊的App_code文件夹中，也可以对其进行预编译并将程序集放在Bin文件夹中。

Web应用程序是一个特殊的Visual Studio项目。与Web站点的主要区别在于，当您构建项目时，所有代码文件都被编译为一个单独的程序集，该程序集放在bin目录中。您不会将代码文件部署到web服务器。您可以像在类库中那样，将共享代码文件放在任何位置，而不是为共享代码文件设置一个特殊的文件夹。因为Web应用程序包含不打算部署的文件，例如项目和代码文件，所以Visual Studio中有一个Publish命令，用于将网站输出到指定位置。

App_Code与Bin

部署共享代码文件通常是一个坏主意，但这并不意味着您必须选择Web应用程序。您可以有一个网站，该网站引用了包含该网站所有代码的类库项目。Web应用程序只是一种方便的方式。

后面的代码

此主题特定于.aspx和.ascx文件。此主题在新的应用程序框架（如ASP.NET MVC和ASP.NET网页）中的相关性越来越小，这些框架不使用代码尾文件。

通过将所有代码文件编译为一个程序集，包括.aspx页和.ascx控件的代码库文件，在Web应用程序中，您必须为每一个微小的更改重新构建，并且无法进行实时更改。在开发过程中，这可能是一个真正的痛苦，因为您必须不断地重新构建以查看更改，而使用Web站点时，运行时会检测到更改，页面/控件会自动重新编译。

让运行时管理代码后端程序集对您来说工作量较小，因为您不必担心为页面/控件提供唯一的名称或将它们组织到不同的命名空间中。

我并不是说部署代码文件总是一个好主意（特别是在共享代码文件的情况下），但codebehind文件应该只包含执行特定于UI的任务、连接事件处理程序等的代码。您的应用程序应该分层，以便重要的代码始终位于Bin文件夹中。如果是这种情况，那么部署codebehind文件不应该被认为是有害的。

Web应用程序的另一个限制是您只能使用项目的语言。在网站中，您可以使用C#、VB等语言创建一些页面。无需特殊的Visual Studio支持。这就是构建提供程序可扩展性的优点。

此外，在Web应用程序中，您无法在页面/控件中进行错误检测，因为编译器只编译代码尾部类，而不编译标记代码（在MVC中，您可以使用MvcBuildViews选项修复此问题），而标记代码是在运行时编译的。

Visual Studio

因为Web应用程序是Visual Studio项目，所以您可以获得一些网站中不可用的功能。例如，您可以使用构建事件来执行各种任务，例如缩小和/或合并Javascript文件。

VisualStudio2010中引入的另一个不错的功能是Web.config转换。这在网站中也不可用。现在可以在VS 2013中使用网站。

构建Web应用程序比构建Web站点更快，特别是对于大型站点。这主要是因为Web应用程序不编译标记代码。在MVC中，如果您将MvcBuildViews设置为true，那么它将编译标记代码，并进行错误检测，这非常有用。缺点是，每次构建解决方案时，它都会构建一个完整的站点，这可能会很慢，效率也很低，特别是如果您没有编辑站点。我发现自己正在打开和关闭MvcBuildViews（这需要卸载项目）。另一方面，对于网站，您可以选择是否将网站作为解决方案的一部分来构建。如果您选择不这样做，那么构建解决方案的速度非常快，如果您进行了更改，您可以始终单击“网站”节点并选择“构建”。

在MVC Web应用程序项目中，您有用于常见任务的额外命令和对话框，如“添加视图”、“转到视图”、”添加控制器“等。这些在MVC Web站点中不可用。

如果使用IIS Express作为开发服务器，则可以在网站中添加虚拟目录。此选项在Web应用程序中不可用。

NuGet Package Restore在网站上不起作用，您必须手动安装软件包中列出的软件包。配置Package Restore现在可以用于启动NuGet 2.7的网站

来自MCTS自定进度训练包考试70-515书：

利用web应用程序（项目），您可以创建MVC应用程序。Visual Studio将文件列表存储在项目文件（.csproj或.vbproj）中，而不是依赖于文件夹结构。不能混合使用Visual Basic和C#。不停止调试会话就无法编辑代码。您可以在多个web项目之间建立依赖关系。您必须在部署之前编译应用程序，这将阻止您在另一页无法编译时测试该页。您不必将源代码存储在服务器上。您可以控制程序集名称和版本。如果不重新编译，则无法在部署后编辑单个文件。