在web应用程序中，您可以创建项目功能的层，并通过将其划分为多个项目来创建它们之间的相互依赖关系，但您永远无法在网站上做到这一点。

这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。

这听起来可能有点明显，但我认为这是一种误解，因为VisualStudio2005最初只是随网站一起提供的。如果你的项目涉及一个相当有限的网站，并且没有太多的逻辑或物理分离，那么这个网站就很好。然而，如果它确实是一个具有不同模块的web应用程序，许多用户可以在其中添加和更新数据，那么您最好使用该web应用程序。

网站模型的最大优点是app_code部分中的任何内容都是动态编译的。您可以在没有完全重新部署的情况下进行C#文件更新。然而，这是一个巨大的牺牲。很多事情都发生在难以控制的幕后。命名空间很难控制，app_code下的任何内容默认情况下都会使用特定的DLL，因为所有内容都是动态编译的。

web应用程序模型没有动态编译，但您可以控制我提到的内容。

如果您正在进行n层开发，我强烈推荐web应用程序模型。如果您正在做一个有限的网站或一个快速而肮脏的实现，那么网站模型可能有优势。

更详细的分析见：

Web应用程序项目和Web部署项目位于此处网站还是Web应用程序？

在Web应用程序项目中，Visual Studio需要用于页面和用户控件的其他.designer文件。网站项目不需要此开销。标记本身被解释为设计。

网站-不会创建解决方案文件。如果我们想创建网站，不需要visual studio。

Web应用程序-将创建解决方案文件。如果我们想创建web应用程序，应该需要visual studio。它将在bin文件夹中创建一个.dll文件。

在web应用程序中，您可以创建项目功能的层，并通过将其划分为多个项目来创建它们之间的相互依赖关系，但您永远无法在网站上做到这一点。