在web应用程序中，您可以创建项目功能的层，并通过将其划分为多个项目来创建它们之间的相互依赖关系，但您永远无法在网站上做到这一点。

这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。

在web应用程序中，您可以创建项目功能的层，并通过将其划分为多个项目来创建它们之间的相互依赖关系，但您永远无法在网站上做到这一点。

Web应用程序需要更多的内存，可能是因为您别无选择，只能编译成一个程序集。我刚刚将一个大型遗留站点转换为web应用程序，在编译时内存不足，错误消息如下：

Unexpected error writing metadata to file '' -- 
Not enough storage is available to complete this operation. 

错误，并在运行时显示以下错误消息：

Exception information: 
    Exception type: HttpException 
    Exception message: Exception of type 'System.OutOfMemoryException' was thrown.
   at System.Web.Compilation.BuildManager.ReportTopLevelCompilationException()

我对在内存受限的传统硬件上转换大型站点的建议是，选择恢复到网站模型的选项。即使在最初的成功之后，问题也可能会在以后慢慢出现。

MSDN中有一篇文章描述了这些差异：

比较网站项目和Web应用程序项目

BTW：关于这个话题有一些类似的问题，例如：

Visual Studio中的网站与ASP.Net Web应用程序之比较注意：已删除，不再在SO中ASP.NET中的网站或Web应用程序

网站=当网站由图形设计师创建且程序员仅编辑一到两页时使用

Web应用程序=当应用程序由程序员创建且图形设计师仅编辑一页或两页/图像时使用。

网站可以使用任何HTML工具进行工作，而不必使用开发人员工作室，因为项目文件不需要更新等。当团队主要使用开发人员studio并且代码内容较高时，Web应用程序是最佳的。

（某些编码错误在编译时在Web应用程序中发现，直到运行时才在Web站点中发现。）

警告：我多年前就写过这个答案，之后就再也没有使用Asp.net了。我想事情已经开始了。