在Web应用程序项目中，Visual Studio需要用于页面和用户控件的其他.designer文件。网站项目不需要此开销。标记本身被解释为设计。

这里Web支持应用程序是网站的一个示例。网站和Web应用程序都可以是动态/静态的，这取决于需求，这里有一个例子来理解网站和Web程序的工作。

我建议您观看ASP.NET网站上的“Web应用程序项目和Web部署项目”视频，该视频非常详细地解释了差异，这对我很有帮助。

顺便说一句，不要被标题所迷惑，视频的很大一部分解释了网站项目和web应用程序项目之间的区别，以及为什么Microsoft在Visual studio 2005中重新引入web应用程序（正如您可能已经知道的那样，它最初只提供网站项目，然后在SP1中添加了web应用程序）。这是一个很棒的视频，我强烈推荐给任何想了解差异的人。

网站-不会创建解决方案文件。如果我们想创建网站，不需要visual studio。

Web应用程序-将创建解决方案文件。如果我们想创建web应用程序，应该需要visual studio。它将在bin文件夹中创建一个.dll文件。

MSDN中有一篇文章描述了这些差异：

比较网站项目和Web应用程序项目

BTW：关于这个话题有一些类似的问题，例如：

Visual Studio中的网站与ASP.Net Web应用程序之比较注意：已删除，不再在SO中ASP.NET中的网站或Web应用程序

在web应用程序中，您可以创建项目功能的层，并通过将其划分为多个项目来创建它们之间的相互依赖关系，但您永远无法在网站上做到这一点。