在Web应用程序项目中，Visual Studio需要用于页面和用户控件的其他.designer文件。网站项目不需要此开销。标记本身被解释为设计。

这始终取决于客户的要求。ASP.NET仅包含用户需要的灵活功能，以确保应用程序的安全性和易于维护。

您可以将Web应用程序视为在ASP.NET框架内运行的二进制文件。网站是一个静态网页，您可以查看并轻松部署源代码。

但这两种ASP.NET技术的优点和缺点都是好的。

网站：

网站项目是动态编译的。你最终会得到更多的DLL文件，这可能是一件痛苦的事。当一个目录中的页面或控件需要引用另一个目录的页面和控件时，这也会带来问题，因为其他目录可能尚未编译到代码中。另一个问题可能是出版。

如果Visual Studio没有被告知要经常重复使用相同的名称，它将为页面始终生成的DLL文件提供新名称。这可能导致具有包含相同类名的DLL文件的多个紧密副本，这将产生大量误差。网站项目是在VisualStudio2005中引入的，但事实证明它并不流行。

Web应用程序：

Web应用程序项目是作为外接程序创建的，现在作为一部分存在Visual Studio 2005的SP 1。主要区别在于Web应用程序项目设计为与Visual Studio 2003附带的Web项目类似。它将在构建时将应用程序编译为单个DLL文件时间若要更新项目，必须重新编译该项目，并且DLL文件发布以进行更改。

Web应用程序的另一个好特性从项目视图中排除文件要容易得多。在网站项目，您排除的每个文件都将重命名为文件名中的关键字。在Web应用程序项目中跟踪项目视图中要包含/排除的文件重新命名它们，使事情更加整洁。

参考

ASP.NET 2.0-网站与Web应用程序项目这篇文章也给出了为什么使用其中一个而不是另一个的原因。以下是摘录：

您需要将大型Visual Studio.NET 2003应用程序迁移到VS2005? 使用Web应用程序项目。您希望将任何目录作为Web项目打开和编辑，而不需要创建项目文件？使用网站项目您需要在编译期间添加预编译和后编译步骤吗？使用Web应用程序项目。您需要使用多个Web构建Web应用程序项目？使用Web应用程序项目。是否要为每个页面生成一个程序集？使用网站项目。您更喜欢动态编译和在不构建的情况下处理页面每个页面视图上的整个站点？使用Web现场项目。您更喜欢单页代码模型而不是代码隐藏模型？使用网站项目

Web应用程序项目与Web站点项目（MSDN）解释了Web站点和Web应用程序之间的差异。此外，它还讨论了在Visual Studio中进行的配置。

网站=当网站由图形设计师创建且程序员仅编辑一到两页时使用

Web应用程序=当应用程序由程序员创建且图形设计师仅编辑一页或两页/图像时使用。

网站可以使用任何HTML工具进行工作，而不必使用开发人员工作室，因为项目文件不需要更新等。当团队主要使用开发人员studio并且代码内容较高时，Web应用程序是最佳的。

（某些编码错误在编译时在Web应用程序中发现，直到运行时才在Web站点中发现。）

警告：我多年前就写过这个答案，之后就再也没有使用Asp.net了。我想事情已经开始了。

应用程序通常在部署之前编译，因为网站使用app_code目录。当应用程序代码文件夹中发生任何更改时，服务器将重新编译代码。这意味着您可以随时在网站上添加/更改代码。

应用程序的优点是无需重新编译，因此初始启动时间会更快。

Web应用程序需要更多的内存，可能是因为您别无选择，只能编译成一个程序集。我刚刚将一个大型遗留站点转换为web应用程序，在编译时内存不足，错误消息如下：

Unexpected error writing metadata to file '' -- 
Not enough storage is available to complete this operation. 

错误，并在运行时显示以下错误消息：

Exception information: 
    Exception type: HttpException 
    Exception message: Exception of type 'System.OutOfMemoryException' was thrown.
   at System.Web.Compilation.BuildManager.ReportTopLevelCompilationException()

我对在内存受限的传统硬件上转换大型站点的建议是，选择恢复到网站模型的选项。即使在最初的成功之后，问题也可能会在以后慢慢出现。