我想找到有“abc”和“efg”的文件,这两个字符串在该文件中的不同行。一个包含以下内容的文件:
blah blah..
blah blah..
blah abc blah
blah blah..
blah blah..
blah blah..
blah efg blah blah
blah blah..
blah blah..
应该匹配。
我想找到有“abc”和“efg”的文件,这两个字符串在该文件中的不同行。一个包含以下内容的文件:
blah blah..
blah blah..
blah abc blah
blah blah..
blah blah..
blah blah..
blah efg blah blah
blah blah..
blah blah..
应该匹配。
当前回答
下面是一种连续使用两个grep的方法:
egrep -o 'abc|efg' $file | grep -A1 abc | grep efg | wc -l
返回0或正整数。
egrep -o(只显示匹配,技巧:同一行上的多个匹配会产生多行输出,就好像它们在不同的行上一样)
grep -A1 abc(打印abc及其后面的行) Grep efg | wc -l(在ABC之后的相同或后面的行中发现的efg行数为0-n,结果可用于'if") 如果需要模式匹配,可以将Grep更改为egrep等
其他回答
随着几个月前ugrep的发布:
ugrep 'abc(\n|.)+?efg'
这个工具是高度优化的速度。它也是GNU/BSD/PCRE-grep兼容的。
注意我们应该使用惰性重复+?,除非您想将所有efg行匹配在一起,直到文件中的最后一个efg。
我不确定是否可以使用grep,但sed使它非常简单:
sed -e '/abc/,/efg/!d' [file-with-content]
如果你对你要找的两个字符串'abc'和'efg'之间的距离有一些估计,你可以使用:
grep -r . -e 'abc' -A num1 -B num2 | grep 'efg'
这样,第一个grep将返回'abc' + #num1行,后面是#num2行,第二个grep将筛选所有这些以获得'efg'。 然后您将知道它们同时出现在哪些文件中。
sed应该足够了,就像海报LJ上面说的,
而不是!d,你可以简单地使用p打印:
sed -n '/abc/,/efg/p' file
我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列,使用grep的-P选项:
grep -Pzo ">tig00000034[^>]+" file.fasta > desired_sequence.fasta
基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾,而不是换行字符 O来捕获匹配的内容,因为grep返回整行(在本例中,因为您做了-z是整个文件)。
regexp的核心是[^>],它翻译为“不大于符号”。