如何使用grep跨多行找到模式?

我想找到有“abc”和“efg”的文件，这两个字符串在该文件中的不同行。一个包含以下内容的文件:

blah blah..
blah blah..
blah abc blah
blah blah..
blah blah..
blah blah..
blah efg blah blah
blah blah..
blah blah..

应该匹配。

当前回答

随着几个月前ugrep的发布:

ugrep 'abc(\n|.)+?efg'

这个工具是高度优化的速度。它也是GNU/BSD/PCRE-grep兼容的。

注意我们应该使用惰性重复+?，除非您想将所有efg行匹配在一起，直到文件中的最后一个efg。

其他回答

如果您愿意使用上下文，这可以通过输入来实现

grep -A 500 abc test.txt | grep -B 500 efg

这将显示“abc”和“efg”之间的所有内容，只要它们之间的距离不超过500行。

如果你需要两个单词彼此接近，例如不超过3行，你可以这样做:

find . -exec grep -Hn -C 3 "abc" {} \; | grep -C 3 "efg"

同样的例子，但是只过滤*.txt文件:

find . -name *.txt -exec grep -Hn -C 3 "abc" {} \; | grep -C 3 "efg"

如果你想，你也可以用正则表达式替换grep命令。

随着几个月前ugrep的发布:

ugrep 'abc(\n|.)+?efg'

这个工具是高度优化的速度。它也是GNU/BSD/PCRE-grep兼容的。

注意我们应该使用惰性重复+?，除非您想将所有efg行匹配在一起，直到文件中的最后一个efg。

我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

我不确定是否可以使用grep，但sed使它非常简单:

sed -e '/abc/,/efg/!d' [file-with-content]

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