这个也能用吗?!

perl -lpne 'print $ARGV if /abc.*?efg/s' file_list

$ARGV包含从file_list读取当前文件时的文件名 /s修饰符跨换行搜索。

如果您对模式序列不感兴趣，可以使用grep。

grep -l "pattern1" filepattern*.* | xargs grep "pattern2"

例子

grep -l "vector" *.cpp | xargs grep "map"

Grep -l将找到与第一个模式匹配的所有文件，xargs将为第二个模式查找Grep。希望这能有所帮助。

#!/bin/bash
shopt -s nullglob
for file in *
do
 r=$(awk '/abc/{f=1}/efg/{g=1;exit}END{print g&&f ?1:0}' file)
 if [ "$r" -eq 1 ];then
   echo "Found pattern in $file"
 else
   echo "not found"
 fi
done

如果可以使用Perl，就可以很容易地做到这一点。

perl -ne 'if (/abc/) { $abc = 1; next }; print "Found in $ARGV\n" if ($abc && /efg/); }' yourfilename.txt

您也可以使用单个正则表达式来实现这一点，但这涉及到将文件的整个内容放入单个字符串中，对于大型文件，这可能会占用太多内存。 为了完整起见，下面是该方法:

perl -e '@lines = <>; $content = join("", @lines); print "Found in $ARGV\n" if ($content =~ /abc.*efg/s);' yourfilename.txt

我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

随着几个月前ugrep的发布:

ugrep 'abc(\n|.)+?efg'

这个工具是高度优化的速度。它也是GNU/BSD/PCRE-grep兼容的。

注意我们应该使用惰性重复+?，除非您想将所有efg行匹配在一起，直到文件中的最后一个efg。