如何使用grep跨多行找到模式?

我想找到有“abc”和“efg”的文件，这两个字符串在该文件中的不同行。一个包含以下内容的文件:

blah blah..
blah blah..
blah abc blah
blah blah..
blah blah..
blah blah..
blah efg blah blah
blah blah..
blah blah..

应该匹配。

当前回答

我不确定是否可以使用grep，但sed使它非常简单:

sed -e '/abc/,/efg/!d' [file-with-content]

其他回答

遗憾的是，你不能。来自grep文档:

grep搜索指定的输入FILEs(或标准输入，如果没有指定文件，或如果给出了一个连字符减号(-)作为文件名)，以查找包含与给定PATTERN匹配的行。

sed应该足够了，就像海报LJ上面说的，

而不是!d，你可以简单地使用p打印:

sed -n '/abc/,/efg/p' file

Grep是这种操作的笨拙工具。

在大多数现代Linux系统中都可以找到pcregrep，可以用作

pcregrep -M  'abc.*(\n|.)*efg' test.txt

where -M，——multiline允许模式匹配多行

还有一个更新的pcre2grep。两者都是由PCRE项目提供的。

pcre2grep可以通过Mac Ports作为pcre2端口的一部分用于Mac OS X:

% sudo port install pcre2

并通过Homebrew为:

% brew install pcre

或者pcre2

% brew install pcre2

pcre2grep在Linux (Ubuntu 18.04+)上也可用

$ sudo apt install pcre2-utils # PCRE2
$ sudo apt install pcregrep    # Older PCRE

如果您对模式序列不感兴趣，可以使用grep。

grep -l "pattern1" filepattern*.* | xargs grep "pattern2"

例子

grep -l "vector" *.cpp | xargs grep "map"

Grep -l将找到与第一个模式匹配的所有文件，xargs将为第二个模式查找Grep。希望这能有所帮助。

我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

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