一种方法是在两个dfs中存储一个内部合并表单的结果，然后我们可以简单地选择当一列的值不在这个公共值时的行:

In [119]:

common = df1.merge(df2,on=['col1','col2'])
print(common)
df1[(~df1.col1.isin(common.col1))&(~df1.col2.isin(common.col2))]
   col1  col2
0     1    10
1     2    11
2     3    12
Out[119]:
   col1  col2
3     4    13
4     5    14

EDIT

你已经发现的另一个方法是使用isin，它会生成NaN行，你可以删除:

In [138]:

df1[~df1.isin(df2)].dropna()
Out[138]:
   col1  col2
3     4    13
4     5    14

然而，如果df2不以同样的方式开始行，那么这将不起作用:

df2 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [2, 3,4], 'col2' : [11, 12,13]})

将产生整个df:

In [140]:

df1[~df1.isin(df2)].dropna()
Out[140]:
   col1  col2
0     1    10
1     2    11
2     3    12
3     4    13
4     5    14

如前所述，isin要求列和索引必须相同才能进行匹配。如果match只适用于行内容，一种获取掩码的方法是将行转换为(Multi)Index:

In [77]: df1 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5, 3], 'col2' : [10, 11, 12, 13, 14, 10]})
In [78]: df2 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 3, 4], 'col2' : [10, 12, 13]})
In [79]: df1.loc[~df1.set_index(list(df1.columns)).index.isin(df2.set_index(list(df2.columns)).index)]
Out[79]:
   col1  col2
1     2    11
4     5    14
5     3    10

如果需要考虑索引，set_index有关键字参数append来将列追加到现有索引。如果列没有对齐，list(df.columns)可以替换为列规范以对齐数据。

pandas.MultiIndex.from_tuples(df<N>.to_records(index = False).tolist())

也可以用来创建指数，但我怀疑这是否更有效。

假设你有两个数据框架，df_1和df_2有多个字段(column_names)，你想在df_1中找到那些不在df_2中的条目。Fields_x, fields_y)，执行以下步骤。

步骤1。将列key1和key2分别添加到df_1和df_2中。

步骤2。合并数据帧，如下所示。Field_x和field_y是我们想要的列。

步骤3。只选择df_1中key1不等于key2的行。

第四。删除key1和key2。

这种方法将解决你的问题，即使有大数据集也能快速工作。我已经尝试了超过1,000,000行的数据框架。

df_1['key1'] = 1
df_2['key2'] = 1
df_1 = pd.merge(df_1, df_2, on=['field_x', 'field_y'], how = 'left')
df_1 = df_1[~(df_1.key2 == df_1.key1)]
df_1 = df_1.drop(['key1','key2'], axis=1)

你可以使用isin(dict)方法:

In [74]: df1[~df1.isin(df2.to_dict('l')).all(1)]
Out[74]:
   col1  col2
3     4    13
4     5    14

解释:

In [75]: df2.to_dict('l')
Out[75]: {'col1': [1, 2, 3], 'col2': [10, 11, 12]}

In [76]: df1.isin(df2.to_dict('l'))
Out[76]:
    col1   col2
0   True   True
1   True   True
2   True   True
3  False  False
4  False  False

In [77]: df1.isin(df2.to_dict('l')).all(1)
Out[77]:
0     True
1     True
2     True
3    False
4    False
dtype: bool

有点晚了，但可能值得检查pd.merge的“indicator”参数。

请看另一个问题的例子: 比较PandaS数据框架并返回第一个数据框架中缺少的行

我这样做的方法包括添加一个新的列，该列对一个数据框架是唯一的，并使用它来选择是否保留一个条目

df2[col3] = 1
df1 = pd.merge(df_1, df_2, on=['field_x', 'field_y'], how = 'outer')
df1['Empt'].fillna(0, inplace=True)

这使得df1中的每个条目都有一个代码-如果它对df1是唯一的，则为0，如果它在两个数据框架中都是1。然后使用它来限制您想要的内容

answer = nonuni[nonuni['Empt'] == 0]

假设索引在数据帧中是一致的(不考虑实际的col值):

df1[~df1.index.isin(df2.index)]

这个怎么样:

df1 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5], 
                               'col2' : [10, 11, 12, 13, 14]}) 
df2 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3], 
                               'col2' : [10, 11, 12]})
records_df2 = set([tuple(row) for row in df2.values])
in_df2_mask = np.array([tuple(row) in records_df2 for row in df1.values])
result = df1[~in_df2_mask]

当前选择的解决方案产生不正确的结果。为了正确地解决这个问题，我们可以执行从df1到df2的左连接，确保首先只获得df2的唯一行。

首先，我们需要修改原始的DataFrame，添加有data的行[3,10]。

df1 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5, 3], 
                           'col2' : [10, 11, 12, 13, 14, 10]}) 
df2 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3],
                           'col2' : [10, 11, 12]})

df1

   col1  col2
0     1    10
1     2    11
2     3    12
3     4    13
4     5    14
5     3    10

df2

   col1  col2
0     1    10
1     2    11
2     3    12

执行左连接，消除df2中的重复，以便df1的每一行都与df2的一行连接。使用参数指示符返回一个额外的列，指示该行来自哪个表。

df_all = df1.merge(df2.drop_duplicates(), on=['col1','col2'], 
                   how='left', indicator=True)
df_all

   col1  col2     _merge
0     1    10       both
1     2    11       both
2     3    12       both
3     4    13  left_only
4     5    14  left_only
5     3    10  left_only

创建一个布尔条件:

df_all['_merge'] == 'left_only'

0    False
1    False
2    False
3     True
4     True
5     True
Name: _merge, dtype: bool

为什么其他解决方案是错误的

一些解决方案会犯同样的错误——它们只检查每个值在每一列中是独立的，而不是在同一行中一起。添加最后一行，它是唯一的，但有df2中两列的值，这暴露了错误:

common = df1.merge(df2,on=['col1','col2'])
(~df1.col1.isin(common.col1))&(~df1.col2.isin(common.col2))
0    False
1    False
2    False
3     True
4     True
5    False
dtype: bool

这个解决方案得到了同样的错误结果:

df1.isin(df2.to_dict('l')).all(1)

你也可以concat df1, df2:

x = pd.concat([df1, df2])

然后删除所有重复项:

y = x.drop_duplicates(keep=False, inplace=False)

这里有另一种解决方法:

df1[~df1.index.isin(df1.merge(df2, how='inner', on=['col1', 'col2']).index)]

Or:

df1.loc[df1.index.difference(df1.merge(df2, how='inner', on=['col1', 'col2']).index)]

使用merge函数提取不同的行

df = df1.merge(df2.drop_duplicates(), on=['col1','col2'], 
               how='left', indicator=True)

在CSV中保存不同的行

df[df['_merge'] == 'left_only'].to_csv('output.csv')

这是最好的方法:

df = df1.drop_duplicates().merge(df2.drop_duplicates(), on=df2.columns.to_list(), 
                   how='left', indicator=True)
df.loc[df._merge=='left_only',df.columns!='_merge']

注意，drop duplicate用于最小化比较。没有他们也可以。最好的方法是比较行内容本身，而不是索引或一/两列，同样的代码也可以用于其他过滤器，如'both'和'right_only'，以达到类似的结果。对于这种语法，数据帧可以有任意数量的列，甚至可以有不同的索引。只有列应该出现在两个数据框架中。

为什么这是最好的方法?

索引。差异只适用于基于唯一索引的比较 Pandas.concat()与drop_duplication()结合使用并不理想，因为它还会删除可能只存在于你想保留的数据帧中的行，并出于合理的原因进行复制。

更容易，更简单，更优雅

uncommon_indices = np.setdiff1d(df1.index.values, df2.index.values)
new_df = df1.loc[uncommon_indices,:]

我认为那些包含合并的答案是极其缓慢的。因此，我建议另一种方法来获得两个数据框架之间不同的行:

df1 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5], 'col2' : [10, 11, 12, 13, 14]}) 
df2 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3], 'col2' : [10, 11, 12]})

免责声明:如果您对两个数据框架不同的特定列感兴趣，那么我的解决方案是有效的。如果您只对那些所有列都相等的行感兴趣，则不要使用这种方法。

比方说，col1是一种ID，你只想获取那些不包含在两个数据框架中的行:

ids_in_df2 = df2.col1.unique()
not_found_ids = df[~df['col1'].isin(ids_in_df2 )]

就是这样。你得到的数据框架只包含那些col1在两个数据框架中都不明显的行。

我有一个简单的2步更简单的方法: 如OP所述，假设dataframe2是dataframe1的子集，两个dataframe中的列是相同的，

df1 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5, 3], 
                           'col2' : [10, 11, 12, 13, 14, 10]}) 
df2 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3],
                           'col2' : [10, 11, 12]})

### Step 1: just append the 2nd df at the end of the 1st df 
df_both = df1.append(df2)

### Step 2: drop rows which contain duplicates, Drop all duplicates.
df_dif = df_both.drop_duplicates(keep=False)

## mission accompliched!
df_dif
Out[20]: 
   col1  col2
3     4    13
4     5    14
5     3    10

pd。concat([df1, df2]).drop_duplicate (keep=False)将两个dataframe连接在一起，然后删除所有重复的数据，只保留唯一的行。默认情况下，它将保留第一次出现的副本，但设置keep=False将删除所有副本。

请记住，如果您需要比较具有不同名称的列的dataframe，那么在连接数据aframe之前，必须确保列具有相同的名称。

此外，如果数据框架的列顺序不同，也会影响最终结果。