有点晚了，但可能值得检查pd.merge的“indicator”参数。

请看另一个问题的例子: 比较PandaS数据框架并返回第一个数据框架中缺少的行

我有一个简单的2步更简单的方法: 如OP所述，假设dataframe2是dataframe1的子集，两个dataframe中的列是相同的，

df1 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5, 3], 
                           'col2' : [10, 11, 12, 13, 14, 10]}) 
df2 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3],
                           'col2' : [10, 11, 12]})

### Step 1: just append the 2nd df at the end of the 1st df 
df_both = df1.append(df2)

### Step 2: drop rows which contain duplicates, Drop all duplicates.
df_dif = df_both.drop_duplicates(keep=False)

## mission accompliched!
df_dif
Out[20]: 
   col1  col2
3     4    13
4     5    14
5     3    10

如前所述，isin要求列和索引必须相同才能进行匹配。如果match只适用于行内容，一种获取掩码的方法是将行转换为(Multi)Index:

In [77]: df1 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5, 3], 'col2' : [10, 11, 12, 13, 14, 10]})
In [78]: df2 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 3, 4], 'col2' : [10, 12, 13]})
In [79]: df1.loc[~df1.set_index(list(df1.columns)).index.isin(df2.set_index(list(df2.columns)).index)]
Out[79]:
   col1  col2
1     2    11
4     5    14
5     3    10

如果需要考虑索引，set_index有关键字参数append来将列追加到现有索引。如果列没有对齐，list(df.columns)可以替换为列规范以对齐数据。

pandas.MultiIndex.from_tuples(df<N>.to_records(index = False).tolist())

也可以用来创建指数，但我怀疑这是否更有效。

你可以使用isin(dict)方法:

In [74]: df1[~df1.isin(df2.to_dict('l')).all(1)]
Out[74]:
   col1  col2
3     4    13
4     5    14

解释:

In [75]: df2.to_dict('l')
Out[75]: {'col1': [1, 2, 3], 'col2': [10, 11, 12]}

In [76]: df1.isin(df2.to_dict('l'))
Out[76]:
    col1   col2
0   True   True
1   True   True
2   True   True
3  False  False
4  False  False

In [77]: df1.isin(df2.to_dict('l')).all(1)
Out[77]:
0     True
1     True
2     True
3    False
4    False
dtype: bool

当前选择的解决方案产生不正确的结果。为了正确地解决这个问题，我们可以执行从df1到df2的左连接，确保首先只获得df2的唯一行。

首先，我们需要修改原始的DataFrame，添加有data的行[3,10]。

df1 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5, 3], 
                           'col2' : [10, 11, 12, 13, 14, 10]}) 
df2 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3],
                           'col2' : [10, 11, 12]})

df1

   col1  col2
0     1    10
1     2    11
2     3    12
3     4    13
4     5    14
5     3    10

df2

   col1  col2
0     1    10
1     2    11
2     3    12

执行左连接，消除df2中的重复，以便df1的每一行都与df2的一行连接。使用参数指示符返回一个额外的列，指示该行来自哪个表。

df_all = df1.merge(df2.drop_duplicates(), on=['col1','col2'], 
                   how='left', indicator=True)
df_all

   col1  col2     _merge
0     1    10       both
1     2    11       both
2     3    12       both
3     4    13  left_only
4     5    14  left_only
5     3    10  left_only

创建一个布尔条件:

df_all['_merge'] == 'left_only'

0    False
1    False
2    False
3     True
4     True
5     True
Name: _merge, dtype: bool

为什么其他解决方案是错误的

一些解决方案会犯同样的错误——它们只检查每个值在每一列中是独立的，而不是在同一行中一起。添加最后一行，它是唯一的，但有df2中两列的值，这暴露了错误:

common = df1.merge(df2,on=['col1','col2'])
(~df1.col1.isin(common.col1))&(~df1.col2.isin(common.col2))
0    False
1    False
2    False
3     True
4     True
5    False
dtype: bool

这个解决方案得到了同样的错误结果:

df1.isin(df2.to_dict('l')).all(1)

pd。concat([df1, df2]).drop_duplicate (keep=False)将两个dataframe连接在一起，然后删除所有重复的数据，只保留唯一的行。默认情况下，它将保留第一次出现的副本，但设置keep=False将删除所有副本。

请记住，如果您需要比较具有不同名称的列的dataframe，那么在连接数据aframe之前，必须确保列具有相同的名称。

此外，如果数据框架的列顺序不同，也会影响最终结果。