我有一个项目，其中一个文件在src/导入另一个文件在同一目录。要让PyCharm识别，我必须去文件>设置>项目>项目结构>选择src文件夹，然后点击“标记为:源”

从https://www.jetbrains.com/help/pycharm/configuring-folders-within-a-content-root.html

源根包含实际的源文件和资源。PyCharm使用源根作为解析导入的起点

使用PyCharm 4.0.6测试(OSX 10.10.3) 以下步骤:

点击PyCharm菜单。 选择项目解释器。 选择齿轮图标。 选择更多按钮。 选择您所在的项目解释器。 “选择目录树”按钮。 选择重载路径列表。

问题解决了!

在所有建议的解决方案都不适合我之后，我终于让它工作了。我正在玩一个django rest框架项目，并使用了我已经设置好的virtualenv。我可以通过将根文件夹标记为源根来修复Pycharm，但是django的服务器会抛出解析异常。所以一个会工作，而另一个不会，反之亦然。

最终，我只需要将子文件夹标记为pycharm中的源代码根。我的结构是这样的

-playground
     -env
     -playground

第二个playground文件夹是我必须标记为源代码根以便一切正常工作的文件夹。这在我的场景中没有出现任何问题，所以这是一个可行的解决方案。

我只是想分享一下，以防别人用。

文件|无效缓存…重新启动PyCharm会有所帮助。

当失效缓存或刷新路径不起作用时，我发现自己删除并重新添加远程解释器来修复这个问题。

我使用vagrant，每隔一段时间，如果我添加一个新的虚拟机到我的多虚拟机设置，转发的端口改变，这似乎使PyCharm混淆，当它试图使用错误的SSH端口时。更改端口似乎并不能帮助损坏的引用。

以上的方法对我都没用! 如果您正在为项目使用虚拟环境，请确保应用虚拟环境目录中的python.exe文件作为项目的解释器(Alt + Ctrl + Shift + S) 这为我解决了问题。