在所有建议的解决方案都不适合我之后，我终于让它工作了。我正在玩一个django rest框架项目，并使用了我已经设置好的virtualenv。我可以通过将根文件夹标记为源根来修复Pycharm，但是django的服务器会抛出解析异常。所以一个会工作，而另一个不会，反之亦然。

最终，我只需要将子文件夹标记为pycharm中的源代码根。我的结构是这样的

-playground
     -env
     -playground

第二个playground文件夹是我必须标记为源代码根以便一切正常工作的文件夹。这在我的场景中没有出现任何问题，所以这是一个可行的解决方案。

我只是想分享一下，以防别人用。

在我的例子中，它是目录结构。 我的项目是这样的:

+---dir_A
    +---dir_B
        +app
        |
        \-run.py

右键点击dir_b >将目录标记为>项目根目录

我必须去文件->无效缓存/重新启动，重新启动Ubuntu 18.04 LTS，然后打开Pycharm和文件->无效缓存/重新启动，然后才清理。

再补充一个:涉及Python解释器选项卡的解决方案都没有帮助，然而，我注意到我必须设置项目依赖项:在有未解决的引用错误的项目中，没有任何依赖项被检查。一旦我检查了，相关的错误就消失了。我不知道为什么一开始就检查了一些，而另一些没有。

很抱歉打断这个问题，但是我有一个重要的更新要做。

如果你使用的是Python 2.7.6以外的版本，你可能还想把你的项目解释器恢复到Python 2.7.6。在我安装PyCharm 4.04 professional时，这对我来说很有效，因为其他的建议都不能解决我的问题。

使用PyCharm 4.0.6测试(OSX 10.10.3) 以下步骤:

点击PyCharm菜单。 选择项目解释器。 选择齿轮图标。 选择更多按钮。 选择您所在的项目解释器。 “选择目录树”按钮。 选择重载路径列表。

问题解决了!