您可以尝试关闭Pycharm，从项目中删除。idea文件夹，然后再次启动Pycharm并重新创建项目。这为我工作，而无效缓存没有。

在我的例子中，它是目录结构。 我的项目是这样的:

+---dir_A
    +---dir_B
        +app
        |
        \-run.py

右键点击dir_b >将目录标记为>项目根目录

我的问题通过检查PyCharm中的继承全局站点包来解决

File -> Settings -> Project Interpreter -> Add Local Interpreter ->继承全局site-packages

我关闭了所有其他项目，并在Pycharm中单独运行所需的项目。我从pycharm创建了一个单独的virtualenv，并使用pip在其中添加了所有必需的模块。我在项目的解释器中添加了这个虚拟环境。这解决了我的问题。

我必须去文件->无效缓存/重新启动，重新启动Ubuntu 18.04 LTS，然后打开Pycharm和文件->无效缓存/重新启动，然后才清理。

在所有建议的解决方案都不适合我之后，我终于让它工作了。我正在玩一个django rest框架项目，并使用了我已经设置好的virtualenv。我可以通过将根文件夹标记为源根来修复Pycharm，但是django的服务器会抛出解析异常。所以一个会工作，而另一个不会，反之亦然。

最终，我只需要将子文件夹标记为pycharm中的源代码根。我的结构是这样的

-playground
     -env
     -playground

第二个playground文件夹是我必须标记为源代码根以便一切正常工作的文件夹。这在我的场景中没有出现任何问题，所以这是一个可行的解决方案。

我只是想分享一下，以防别人用。