也可能是python版本问题。我得选对人，才行。

使用PyCharm 4.0.6测试(OSX 10.10.3) 以下步骤:

点击PyCharm菜单。 选择项目解释器。 选择齿轮图标。 选择更多按钮。 选择您所在的项目解释器。 “选择目录树”按钮。 选择重载路径列表。

问题解决了!

在我的例子中，它是目录结构。 我的项目是这样的:

+---dir_A
    +---dir_B
        +app
        |
        \-run.py

右键点击dir_b >将目录标记为>项目根目录

也可能是python版本问题。我得选对人，才行。

当失效缓存或刷新路径不起作用时，我发现自己删除并重新添加远程解释器来修复这个问题。

我使用vagrant，每隔一段时间，如果我添加一个新的虚拟机到我的多虚拟机设置，转发的端口改变，这似乎使PyCharm混淆，当它试图使用错误的SSH端口时。更改端口似乎并不能帮助损坏的引用。

我关闭了所有其他项目，并在Pycharm中单独运行所需的项目。我从pycharm创建了一个单独的virtualenv，并使用pip在其中添加了所有必需的模块。我在项目的解释器中添加了这个虚拟环境。这解决了我的问题。