我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

如果您愿意使用上下文，这可以通过输入来实现

grep -A 500 abc test.txt | grep -B 500 efg

这将显示“abc”和“efg”之间的所有内容，只要它们之间的距离不超过500行。

我非常依赖于pcregrep，但是对于更新的grep，您不需要安装它的许多特性。只需使用grep -P。

在OP的问题的例子中，我认为以下选项很好地发挥了作用，第二好的选项符合我对问题的理解:

grep -Pzo "abc(.|\n)*efg" /tmp/tes*
grep -Pzl "abc(.|\n)*efg" /tmp/tes*

我将文本复制为/tmp/test1，删除'g'并保存为/tmp/test2。下面的输出显示，第一个显示匹配的字符串，第二个只显示文件名(典型的-o显示匹配，典型的-l只显示文件名)。请注意，'z'对于多行是必要的，'(.|\n)'意味着匹配'换行符以外的任何内容'或'换行符' -即任何内容:

user@host:~$ grep -Pzo "abc(.|\n)*efg" /tmp/tes*
/tmp/test1:abc blah
blah blah..
blah blah..
blah blah..
blah efg
user@host:~$ grep -Pzl "abc(.|\n)*efg" /tmp/tes*
/tmp/test1

要确定你的版本是否足够新，运行man grep，看看顶部是否出现类似的内容:

   -P, --perl-regexp
          Interpret  PATTERN  as a Perl regular expression (PCRE, see
          below).  This is highly experimental and grep -P may warn of
          unimplemented features.

它来自GNU grep 2.10。

我不确定是否可以使用grep，但sed使它非常简单:

sed -e '/abc/,/efg/!d' [file-with-content]

#!/bin/bash
shopt -s nullglob
for file in *
do
 r=$(awk '/abc/{f=1}/efg/{g=1;exit}END{print g&&f ?1:0}' file)
 if [ "$r" -eq 1 ];then
   echo "Found pattern in $file"
 else
   echo "not found"
 fi
done

我在几天前发布了一个grep替代方案，它直接支持这一点，通过多行匹配或使用条件——希望它对搜索这里的人有用。下面是示例命令的样子:

多行:

sift -lm 'abc.*efg' testfile

条件:

sift -l 'abc' testfile --followed-by 'efg'

你也可以指定'efg'必须在一定的行数内跟在'abc'后面:

sift -l 'abc' testfile --followed-within 5:'efg'

你可以在sift-tool.org上找到更多信息。