我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

我不知道如何用grep做到这一点，但我会用awk做这样的事情:

awk '/abc/{ln1=NR} /efg/{ln2=NR} END{if(ln1 && ln2 && ln1 < ln2){print "found"}else{print "not found"}}' foo

不过，你需要注意如何做到这一点。您希望正则表达式匹配子字符串还是整个单词?适当添加\w标记。此外，虽然这严格符合您陈述的示例，但当abc在efg之后第二次出现时，它并不完全有效。如果你想处理这个问题，在/abc/ case等中添加一个If。

你至少有几个选择

DOTALL方法

用(?s) DOTALL the。包含\n的字符 你也可以使用一个超前(?=\n)——不会在匹配中被捕获

example-text:

true
match me

false
match me one

false
match me two

true
match me three
third line!!
{BLANK_LINE}

命令:

grep -Pozi '(?s)true.+?\n(?=\n)' example-text

-p用于perl正则表达式

-o只匹配模式，而不是整行

-z允许换行

-i不区分大小写

输出:

true                                                  
match me                                              
true                                                  
match me three                                        
third line!!

注:

- +? makes modifier non-greedy so matches shortest string instead of largest (prevents from returning one match containing entire text)

你可以使用老式的O.G.手动方法，使用\n

命令:

grep -Pozi 'true(.|\n)+?\n(?=\n)'

输出:

true                                                  
match me                                              
true                                                  
match me three                                        
third line!!

我非常依赖于pcregrep，但是对于更新的grep，您不需要安装它的许多特性。只需使用grep -P。

在OP的问题的例子中，我认为以下选项很好地发挥了作用，第二好的选项符合我对问题的理解:

grep -Pzo "abc(.|\n)*efg" /tmp/tes*
grep -Pzl "abc(.|\n)*efg" /tmp/tes*

我将文本复制为/tmp/test1，删除'g'并保存为/tmp/test2。下面的输出显示，第一个显示匹配的字符串，第二个只显示文件名(典型的-o显示匹配，典型的-l只显示文件名)。请注意，'z'对于多行是必要的，'(.|\n)'意味着匹配'换行符以外的任何内容'或'换行符' -即任何内容:

user@host:~$ grep -Pzo "abc(.|\n)*efg" /tmp/tes*
/tmp/test1:abc blah
blah blah..
blah blah..
blah blah..
blah efg
user@host:~$ grep -Pzl "abc(.|\n)*efg" /tmp/tes*
/tmp/test1

要确定你的版本是否足够新，运行man grep，看看顶部是否出现类似的内容:

   -P, --perl-regexp
          Interpret  PATTERN  as a Perl regular expression (PCRE, see
          below).  This is highly experimental and grep -P may warn of
          unimplemented features.

它来自GNU grep 2.10。

随着几个月前ugrep的发布:

ugrep 'abc(\n|.)+?efg'

这个工具是高度优化的速度。它也是GNU/BSD/PCRE-grep兼容的。

注意我们应该使用惰性重复+?，除非您想将所有efg行匹配在一起，直到文件中的最后一个efg。

遗憾的是，你不能。来自grep文档:

grep搜索指定的输入FILEs(或标准输入，如果没有指定文件，或如果给出了一个连字符减号(-)作为文件名)，以查找包含与给定PATTERN匹配的行。