我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

这个也能用吗?!

perl -lpne 'print $ARGV if /abc.*?efg/s' file_list

$ARGV包含从file_list读取当前文件时的文件名 /s修饰符跨换行搜索。

随着几个月前ugrep的发布:

ugrep 'abc(\n|.)+?efg'

这个工具是高度优化的速度。它也是GNU/BSD/PCRE-grep兼容的。

注意我们应该使用惰性重复+?，除非您想将所有efg行匹配在一起，直到文件中的最后一个efg。

我不确定是否可以使用grep，但sed使它非常简单:

sed -e '/abc/,/efg/!d' [file-with-content]

文件模式*.sh对于防止目录被检查很重要。当然，一些测试也可以防止这种情况发生。

for f in *.sh
do
  a=$( grep -n -m1 abc $f )
  test -n "${a}" && z=$( grep -n efg $f | tail -n 1) || continue 
  (( ((${z/:*/}-${a/:*/})) > 0 )) && echo $f
done

The

grep -n -m1 abc $f 

搜索最大1个匹配项并返回(-n)行数。 如果找到一个匹配(test -n…)，找到efg的最后一个匹配(找到所有，并使用tail -n 1取最后一个匹配)。

z=$( grep -n efg $f | tail -n 1)

其他的继续。

由于结果类似于18:foofile.sh String alf="abc";我们需要从“:”开始切到行尾。

((${z/:*/}-${a/:*/}))

如果第二个表达式的最后一个匹配超过了第一个表达式的第一个匹配，则应返回正结果。

然后我们报告文件名echo $f。

Grep是这种操作的笨拙工具。

在大多数现代Linux系统中都可以找到pcregrep，可以用作

pcregrep -M  'abc.*(\n|.)*efg' test.txt

where -M，——multiline允许模式匹配多行

还有一个更新的pcre2grep。两者都是由PCRE项目提供的。

pcre2grep可以通过Mac Ports作为pcre2端口的一部分用于Mac OS X:

% sudo port install pcre2 

并通过Homebrew为:

% brew install pcre

或者pcre2

% brew install pcre2

pcre2grep在Linux (Ubuntu 18.04+)上也可用

$ sudo apt install pcre2-utils # PCRE2
$ sudo apt install pcregrep    # Older PCRE