我想找到有“abc”和“efg”的文件,这两个字符串在该文件中的不同行。一个包含以下内容的文件:
blah blah..
blah blah..
blah abc blah
blah blah..
blah blah..
blah blah..
blah efg blah blah
blah blah..
blah blah..
应该匹配。
我想找到有“abc”和“efg”的文件,这两个字符串在该文件中的不同行。一个包含以下内容的文件:
blah blah..
blah blah..
blah abc blah
blah blah..
blah blah..
blah blah..
blah efg blah blah
blah blah..
blah blah..
应该匹配。
当前回答
我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列,使用grep的-P选项:
grep -Pzo ">tig00000034[^>]+" file.fasta > desired_sequence.fasta
基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾,而不是换行字符 O来捕获匹配的内容,因为grep返回整行(在本例中,因为您做了-z是整个文件)。
regexp的核心是[^>],它翻译为“不大于符号”。
其他回答
我不确定是否可以使用grep,但sed使它非常简单:
sed -e '/abc/,/efg/!d' [file-with-content]
#!/bin/bash
shopt -s nullglob
for file in *
do
r=$(awk '/abc/{f=1}/efg/{g=1;exit}END{print g&&f ?1:0}' file)
if [ "$r" -eq 1 ];then
echo "Found pattern in $file"
else
echo "not found"
fi
done
这个也能用吗?!
perl -lpne 'print $ARGV if /abc.*?efg/s' file_list
$ARGV包含从file_list读取当前文件时的文件名 /s修饰符跨换行搜索。
下面是一种连续使用两个grep的方法:
egrep -o 'abc|efg' $file | grep -A1 abc | grep efg | wc -l
返回0或正整数。
egrep -o(只显示匹配,技巧:同一行上的多个匹配会产生多行输出,就好像它们在不同的行上一样)
grep -A1 abc(打印abc及其后面的行) Grep efg | wc -l(在ABC之后的相同或后面的行中发现的efg行数为0-n,结果可用于'if") 如果需要模式匹配,可以将Grep更改为egrep等
作为Balu Mohan的答案的替代方案,可以只使用grep、head和tail来强制模式的顺序:
for f in FILEGLOB; do tail $f -n +$(grep -n "pattern1" $f | head -n1 | cut -d : -f 1) 2>/dev/null | grep "pattern2" &>/dev/null && echo $f; done
不过,这个不太漂亮。格式化得更容易读:
for f in FILEGLOB; do
tail $f -n +$(grep -n "pattern1" $f | head -n1 | cut -d : -f 1) 2>/dev/null \
| grep -q "pattern2" \
&& echo $f
done
这将打印所有“pattern2”出现在“pattern1”之后,或者两者都出现在同一行的文件名称:
$ echo "abc
def" > a.txt
$ echo "def
abc" > b.txt
$ echo "abcdef" > c.txt; echo "defabc" > d.txt
$ for f in *.txt; do tail $f -n +$(grep -n "abc" $f | head -n1 | cut -d : -f 1) 2>/dev/null | grep -q "def" && echo $f; done
a.txt
c.txt
d.txt
解释
Tail -n +i -打印第i行之后的所有行,包括 Grep -n -在匹配的行前加上行号 头-n1 -只打印第一行 Cut -d: -f 1 -打印第一个切割列,使用:作为分隔符 2>/dev/null -如果$()表达式返回空,则出现沉默尾部错误输出 Grep -q—关闭Grep并在找到匹配时立即返回,因为我们只对退出码感兴趣