我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

在所有文件中递归搜索(在每个文件中的多行中)，同时存在两个字符串(即string1和string2在不同的行中，并且都存在于同一个文件中):

grep -r -l 'string1' * > tmp; while read p; do grep -l 'string2' $p; done < tmp; rm tmp 

在所有文件中递归搜索(在每个文件中的多行中)，使用EITHER字符串存在(即string1和string2在不同的行中，并且在同一个文件中存在):

grep -r -l 'string1\|string2' * 

用银搜索器:

ag 'abc.*(\n|.)*efg' your_filename

与戒指持有者的答案相似，但用ag代替。银色搜索者的速度优势可能在这里大放异彩。

随着几个月前ugrep的发布:

ugrep 'abc(\n|.)+?efg'

这个工具是高度优化的速度。它也是GNU/BSD/PCRE-grep兼容的。

注意我们应该使用惰性重复+?，除非您想将所有efg行匹配在一起，直到文件中的最后一个efg。

我不知道如何用grep做到这一点，但我会用awk做这样的事情:

awk '/abc/{ln1=NR} /efg/{ln2=NR} END{if(ln1 && ln2 && ln1 < ln2){print "found"}else{print "not found"}}' foo

不过，你需要注意如何做到这一点。您希望正则表达式匹配子字符串还是整个单词?适当添加\w标记。此外，虽然这严格符合您陈述的示例，但当abc在efg之后第二次出现时，它并不完全有效。如果你想处理这个问题，在/abc/ case等中添加一个If。

如果可以使用Perl，就可以很容易地做到这一点。

perl -ne 'if (/abc/) { $abc = 1; next }; print "Found in $ARGV\n" if ($abc && /efg/); }' yourfilename.txt

您也可以使用单个正则表达式来实现这一点，但这涉及到将文件的整个内容放入单个字符串中，对于大型文件，这可能会占用太多内存。 为了完整起见，下面是该方法:

perl -e '@lines = <>; $content = join("", @lines); print "Found in $ARGV\n" if ($content =~ /abc.*efg/s);' yourfilename.txt