我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

我不确定是否可以使用grep，但sed使它非常简单:

sed -e '/abc/,/efg/!d' [file-with-content]

#!/bin/bash
shopt -s nullglob
for file in *
do
 r=$(awk '/abc/{f=1}/efg/{g=1;exit}END{print g&&f ?1:0}' file)
 if [ "$r" -eq 1 ];then
   echo "Found pattern in $file"
 else
   echo "not found"
 fi
done

这个也能用吗?!

perl -lpne 'print $ARGV if /abc.*?efg/s' file_list

$ARGV包含从file_list读取当前文件时的文件名 /s修饰符跨换行搜索。

下面是一种连续使用两个grep的方法:

egrep -o 'abc|efg' $file | grep -A1 abc | grep efg | wc -l

返回0或正整数。

egrep -o(只显示匹配，技巧:同一行上的多个匹配会产生多行输出，就好像它们在不同的行上一样)

grep -A1 abc(打印abc及其后面的行) Grep efg | wc -l(在ABC之后的相同或后面的行中发现的efg行数为0-n，结果可用于'if") 如果需要模式匹配，可以将Grep更改为egrep等

作为Balu Mohan的答案的替代方案，可以只使用grep、head和tail来强制模式的顺序:

for f in FILEGLOB; do tail $f -n +$(grep -n "pattern1" $f | head -n1 | cut -d : -f 1) 2>/dev/null | grep "pattern2" &>/dev/null && echo $f; done

不过，这个不太漂亮。格式化得更容易读:

for f in FILEGLOB; do
    tail $f -n +$(grep -n "pattern1" $f | head -n1 | cut -d : -f 1) 2>/dev/null \
    | grep -q "pattern2" \
    && echo $f
done

这将打印所有“pattern2”出现在“pattern1”之后，或者两者都出现在同一行的文件名称:

$ echo "abc
def" > a.txt
$ echo "def
abc" > b.txt
$ echo "abcdef" > c.txt; echo "defabc" > d.txt
$ for f in *.txt; do tail $f -n +$(grep -n "abc" $f | head -n1 | cut -d : -f 1) 2>/dev/null | grep -q "def" && echo $f; done
a.txt
c.txt
d.txt

解释

Tail -n +i -打印第i行之后的所有行，包括 Grep -n -在匹配的行前加上行号 头-n1 -只打印第一行 Cut -d: -f 1 -打印第一个切割列，使用:作为分隔符 2>/dev/null -如果$()表达式返回空，则出现沉默尾部错误输出 Grep -q—关闭Grep并在找到匹配时立即返回，因为我们只对退出码感兴趣