我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

随着几个月前ugrep的发布:

ugrep 'abc(\n|.)+?efg'

这个工具是高度优化的速度。它也是GNU/BSD/PCRE-grep兼容的。

注意我们应该使用惰性重复+?，除非您想将所有efg行匹配在一起，直到文件中的最后一个efg。

用银搜索器:

ag 'abc.*(\n|.)*efg' your_filename

与戒指持有者的答案相似，但用ag代替。银色搜索者的速度优势可能在这里大放异彩。

虽然sed选项是最简单、最简单的，但遗憾的是，LJ的一行程序并不是最可移植的。那些受困于C Shell(而不是bash)版本的人将需要摆脱他们的刘海:

sed -e '/abc/,/efg/\!d' [file]

不幸的是，这一行在bash等中不起作用。

这可以通过首先使用tr用其他字符替换换行符来轻松完成:

tr '\n' '\a' | grep -o 'abc.*def' | tr '\a' '\n'

这里，我使用警报字符\a (ASCII 7)来代替换行符。 这在你的文本中几乎找不到，而且grep可以用一个.匹配它，或者专门用\a匹配它。

如果你对你要找的两个字符串'abc'和'efg'之间的距离有一些估计，你可以使用:

grep -r . -e 'abc' -A num1 -B num2 | grep 'efg'

这样，第一个grep将返回'abc' + #num1行，后面是#num2行，第二个grep将筛选所有这些以获得'efg'。 然后您将知道它们同时出现在哪些文件中。