我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

使用ripgrep可以:

$ rg --multiline 'abc(\n|.)+?efg' test.txt
3:blah abc blah
4:blah abc blah
5:blah blah..
6:blah blah..
7:blah blah..
8:blah efg blah blah

或者其他咒语。

如果你愿意的话。作为换行符计算:

$ rg --multiline '(?s)abc.+?efg' test.txt
3:blah abc blah
4:blah abc blah
5:blah blah..
6:blah blah..
7:blah blah..
8:blah efg blah blah

或者等效于(?s)的是rg -multiline- multiline-dotall

为了回答最初的问题，它们必须在不同的行上:

$ rg——multiline 'abc.*[\n](\n|.)*efg' test.txt

如果你想让它“非贪婪”，这样你就不会用最后一个efg得到第一个abc(把它们分成成对):

$ rg——multiline 'abc.*[\n](\n|.)*?efg的用法

https://til.hashrocket.com/posts/9zneks2cbv-multiline-matches-with-ripgrep-rg

这应该可以工作:

cat FILE | egrep 'abc|efg'

如果有多个匹配项，可以使用grep -v过滤掉

我不知道如何用grep做到这一点，但我会用awk做这样的事情:

awk '/abc/{ln1=NR} /efg/{ln2=NR} END{if(ln1 && ln2 && ln1 < ln2){print "found"}else{print "not found"}}' foo

不过，你需要注意如何做到这一点。您希望正则表达式匹配子字符串还是整个单词?适当添加\w标记。此外，虽然这严格符合您陈述的示例，但当abc在efg之后第二次出现时，它并不完全有效。如果你想处理这个问题，在/abc/ case等中添加一个If。

遗憾的是，你不能。来自grep文档:

grep搜索指定的输入FILEs(或标准输入，如果没有指定文件，或如果给出了一个连字符减号(-)作为文件名)，以查找包含与给定PATTERN匹配的行。

我在几天前发布了一个grep替代方案，它直接支持这一点，通过多行匹配或使用条件——希望它对搜索这里的人有用。下面是示例命令的样子:

多行:

sift -lm 'abc.*efg' testfile

条件:

sift -l 'abc' testfile --followed-by 'efg'

你也可以指定'efg'必须在一定的行数内跟在'abc'后面:

sift -l 'abc' testfile --followed-within 5:'efg'

你可以在sift-tool.org上找到更多信息。