我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

使用ripgrep可以:

$ rg --multiline 'abc(\n|.)+?efg' test.txt
3:blah abc blah
4:blah abc blah
5:blah blah..
6:blah blah..
7:blah blah..
8:blah efg blah blah

或者其他咒语。

如果你愿意的话。作为换行符计算:

$ rg --multiline '(?s)abc.+?efg' test.txt
3:blah abc blah
4:blah abc blah
5:blah blah..
6:blah blah..
7:blah blah..
8:blah efg blah blah

或者等效于(?s)的是rg -multiline- multiline-dotall

为了回答最初的问题，它们必须在不同的行上:

$ rg——multiline 'abc.*[\n](\n|.)*efg' test.txt

如果你想让它“非贪婪”，这样你就不会用最后一个efg得到第一个abc(把它们分成成对):

$ rg——multiline 'abc.*[\n](\n|.)*?efg的用法

https://til.hashrocket.com/posts/9zneks2cbv-multiline-matches-with-ripgrep-rg

如果您愿意使用上下文，这可以通过输入来实现

grep -A 500 abc test.txt | grep -B 500 efg

这将显示“abc”和“efg”之间的所有内容，只要它们之间的距离不超过500行。

这应该可以工作:

cat FILE | egrep 'abc|efg'

如果有多个匹配项，可以使用grep -v过滤掉

我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

这可以通过首先使用tr用其他字符替换换行符来轻松完成:

tr '\n' '\a' | grep -o 'abc.*def' | tr '\a' '\n'

这里，我使用警报字符\a (ASCII 7)来代替换行符。 这在你的文本中几乎找不到，而且grep可以用一个.匹配它，或者专门用\a匹配它。