我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

我不知道如何用grep做到这一点，但我会用awk做这样的事情:

awk '/abc/{ln1=NR} /efg/{ln2=NR} END{if(ln1 && ln2 && ln1 < ln2){print "found"}else{print "not found"}}' foo

不过，你需要注意如何做到这一点。您希望正则表达式匹配子字符串还是整个单词?适当添加\w标记。此外，虽然这严格符合您陈述的示例，但当abc在efg之后第二次出现时，它并不完全有效。如果你想处理这个问题，在/abc/ case等中添加一个If。

我不确定是否可以使用grep，但sed使它非常简单:

sed -e '/abc/,/efg/!d' [file-with-content]

我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

虽然sed选项是最简单、最简单的，但遗憾的是，LJ的一行程序并不是最可移植的。那些受困于C Shell(而不是bash)版本的人将需要摆脱他们的刘海:

sed -e '/abc/,/efg/\!d' [file]

不幸的是，这一行在bash等中不起作用。

你至少有几个选择

DOTALL方法

用(?s) DOTALL the。包含\n的字符 你也可以使用一个超前(?=\n)——不会在匹配中被捕获

example-text:

true
match me

false
match me one

false
match me two

true
match me three
third line!!
{BLANK_LINE}

命令:

grep -Pozi '(?s)true.+?\n(?=\n)' example-text

-p用于perl正则表达式

-o只匹配模式，而不是整行

-z允许换行

-i不区分大小写

输出:

true                                                  
match me                                              
true                                                  
match me three                                        
third line!!

注:

- +? makes modifier non-greedy so matches shortest string instead of largest (prevents from returning one match containing entire text)

你可以使用老式的O.G.手动方法，使用\n

命令:

grep -Pozi 'true(.|\n)+?\n(?=\n)'

输出:

true                                                  
match me                                              
true                                                  
match me three                                        
third line!!