我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。

换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?


当前回答

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

不要问我它是如何工作的,因为我已经忘记了:/

其他回答

我对上面的实现有问题,因为我的脚本是从符号链接目录操作的,或者至少这就是为什么我认为上面的解决方案不适合我。按照@ennuikiller的回答,我将Rscript包装在bash中。我使用pwd -P设置路径变量,它解析符号链接目录结构。然后将路径传递给Rscript。

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

foo。R

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

这对我很有用。只是从命令行参数中greps它,去掉不需要的文本,执行dirname,最后从它获得完整的路径:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))

如果而不是脚本,foo。R,知道它的路径位置,如果你可以改变你的代码,总是从一个公共根引用所有的源路径,那么这些可能会有很大的帮助:

https://github.com/r-lib/rprojroot或https://rprojroot.r-lib.org/ https://here.r-lib.org/

鉴于

/ app /深度/嵌套/ foo。R /应用程序/其他。R

这是可行的

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

参见https://rprojroot.r-lib.org/了解如何定义项目根。

我喜欢这种方法:

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)
#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")

# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))