我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。
换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。
换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
你可以使用commandArgs函数获取Rscript传递给实际R解释器的所有选项,并搜索——file=。如果你的脚本是从路径启动的,或者它是以一个完整的路径启动的,下面的script.name将以'/'开头。否则,它必须是相对于cwd,你可以连接两个路径,以获得完整的路径。
编辑:听起来你只需要上面的script.name,并剥离路径的最后一个组件。我已经删除了不需要的cwd()样本,并清理了主脚本,并张贴了我的其他. r。只需要保存这个脚本和其他脚本。R脚本放到同一个目录下,chmod +x它们,然后运行主脚本。
主要。接待员:
#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)
其他。接待员:
print("hello")
输出:
burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"
我相信这就是德曼在找的东西。
其他回答
Steamer25的方法是有效的,但前提是路径中没有空白。在macOS上,至少cmdArgs[match]返回类似/base/some~+~dir~+~带~+~空格/ for /base/some\ dir\带\空格/。
我通过在返回之前用一个简单的空格替换“~+~”来解决这个问题。
thisFile <- function() {
cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle <- "--file="
match <- grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript
path <- cmdArgs[match]
path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
} else {
# 'source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
}
}
显然,你仍然可以像aprstar那样扩展else块。
99%的情况你可以简单地使用:
sys.calls()[[1]] [[2]]
它将不适用于脚本不是第一个参数的疯狂调用,即source(some args, file="myscript")。在这些奇特的情况下使用@hadley's。
我已经将这个问题的答案打包并扩展为rprojroot中的新函数thisfile()。也适用于编织与针织。
你可以在一个bash脚本中包装r脚本,并检索脚本的路径作为bash变量,如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
请注意,getopt包提供了get_Rscript_filename函数,该函数使用与本文相同的解决方案,但已经在标准R模块中为您编写了该解决方案,因此您不必将“获取脚本路径”函数复制并粘贴到您编写的每个脚本中。