我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R，在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R，不管当前工作目录是什么。
换句话说，就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
在我看来，从R脚本的获取路径中得到的rakensi的答案是最正确和真正精彩的。然而，它仍然是一个包含哑函数的黑客。我在这里引用它，是为了让别人更容易发现。
sourceDir <- getSrcDirectory(函数(dummy) {dummy})
这给出了放置语句的文件的目录(在那里定义了dummy函数)。然后可以使用它来设置工作目录并使用相对路径。
setwd(sourceDir)
source("other.R")
或者创建绝对路径
source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))
其他回答
Supressingfire回答的简化版本:
source_local <- function(fname){
argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}
99%的情况你可以简单地使用:
sys.calls()[[1]] [[2]]
它将不适用于脚本不是第一个参数的疯狂调用，即source(some args, file="myscript")。在这些奇特的情况下使用@hadley's。
令人惊讶的是R中没有“$0”类型结构!你可以通过system()调用一个用R编写的bash脚本来实现:
write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)
然后将scriptpath.sh名称拆分为other。R
splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")
你可以在一个bash脚本中包装r脚本，并检索脚本的路径作为bash变量，如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
这个问题有一个简单的解决办法。这个命令:
script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
返回当前脚本文件的路径。它在保存脚本后工作。
