我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。

换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?


当前回答

在我看来,从R脚本的获取路径中得到的rakensi的答案是最正确和真正精彩的。然而,它仍然是一个包含哑函数的黑客。我在这里引用它,是为了让别人更容易发现。

sourceDir <- getSrcDirectory(函数(dummy) {dummy})

这给出了放置语句的文件的目录(在那里定义了dummy函数)。然后可以使用它来设置工作目录并使用相对路径。

setwd(sourceDir)
source("other.R")

或者创建绝对路径

 source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))

其他回答

#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")

# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))

请注意,getopt包提供了get_Rscript_filename函数,该函数使用与本文相同的解决方案,但已经在标准R模块中为您编写了该解决方案,因此您不必将“获取脚本路径”函数复制并粘贴到您编写的每个脚本中。

如果而不是脚本,foo。R,知道它的路径位置,如果你可以改变你的代码,总是从一个公共根引用所有的源路径,那么这些可能会有很大的帮助:

https://github.com/r-lib/rprojroot或https://rprojroot.r-lib.org/ https://here.r-lib.org/

鉴于

/ app /深度/嵌套/ foo。R /应用程序/其他。R

这是可行的

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

参见https://rprojroot.r-lib.org/了解如何定义项目根。

这对我很有用

library(rstudioapi)    
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path

只是在上面的答案的基础上,作为安全检查,您可以添加一个包装器,当sys.frame(1)失败时(如果interactive() == TRUE可能会失败),或者源脚本不在主脚本所期望的位置时,它会要求用户找到文件。

fun_path = tryCatch(expr = 
                      {file.path(dirname(sys.frame(1)$ofile), "foo.R")},
                    error = function(e){'foo.R'}
                    )
if(!file.exists(fun_path))
{
  msg = 'Please select "foo.R"'
  # ask user to find data
  if(Sys.info()[['sysname']] == 'Windows'){#choose.files is only available on Windows
    message('\n\n',msg,'\n\n')
    Sys.sleep(0.5)#goes too fast for the user to see the message on some computers
    fun_path  = choose.files(
      default = file.path(gsub('\\\\', '/', Sys.getenv('USERPROFILE')),#user
                          'Documents'),
      caption = msg
    )
  }else{
    message('\n\n',msg,'\n\n')
    Sys.sleep(0.5)#goes too fast for the user to see the message on some computers
    fun_path = file.choose(new=F)
  }
}
#source the function
source(file = fun_path, 
       encoding = 'UTF-8')