我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R，在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R，不管当前工作目录是什么。
换句话说，就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
你可以在一个bash脚本中包装r脚本，并检索脚本的路径作为bash变量，如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
其他回答
Supressingfire回答的简化版本:
source_local <- function(fname){
argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}
我已经将这个问题的答案打包并扩展为rprojroot中的新函数thisfile()。也适用于编织与针织。
你可以在一个bash脚本中包装r脚本，并检索脚本的路径作为bash变量，如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
Steamer25的方法是有效的，但前提是路径中没有空白。在macOS上，至少cmdArgs[match]返回类似/base/some~+~dir~+~带~+~空格/ for /base/some\ dir\带\空格/。
我通过在返回之前用一个简单的空格替换“~+~”来解决这个问题。
thisFile <- function() {
cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle <- "--file="
match <- grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript
path <- cmdArgs[match]
path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
} else {
# 'source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
}
}
显然，你仍然可以像aprstar那样扩展else块。
在我看来，从R脚本的获取路径中得到的rakensi的答案是最正确和真正精彩的。然而，它仍然是一个包含哑函数的黑客。我在这里引用它，是为了让别人更容易发现。
sourceDir <- getSrcDirectory(函数(dummy) {dummy})
这给出了放置语句的文件的目录(在那里定义了dummy函数)。然后可以使用它来设置工作目录并使用相对路径。
setwd(sourceDir)
source("other.R")
或者创建绝对路径
source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))
