我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R，在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R，不管当前工作目录是什么。
换句话说，就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
令人惊讶的是R中没有“$0”类型结构!你可以通过system()调用一个用R编写的bash脚本来实现:
write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)
然后将scriptpath.sh名称拆分为other。R
splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")
其他回答
你可以在一个bash脚本中包装r脚本，并检索脚本的路径作为bash变量，如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
如果而不是脚本，foo。R，知道它的路径位置，如果你可以改变你的代码，总是从一个公共根引用所有的源路径，那么这些可能会有很大的帮助:
https://github.com/r-lib/rprojroot或https://rprojroot.r-lib.org/ https://here.r-lib.org/
鉴于
/ app /深度/嵌套/ foo。R /应用程序/其他。R
这是可行的
#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))
参见https://rprojroot.r-lib.org/了解如何定义项目根。
你可以使用commandArgs函数获取Rscript传递给实际R解释器的所有选项，并搜索——file=。如果你的脚本是从路径启动的，或者它是以一个完整的路径启动的，下面的script.name将以'/'开头。否则，它必须是相对于cwd，你可以连接两个路径，以获得完整的路径。
编辑:听起来你只需要上面的script.name，并剥离路径的最后一个组件。我已经删除了不需要的cwd()样本，并清理了主脚本，并张贴了我的其他. r。只需要保存这个脚本和其他脚本。R脚本放到同一个目录下，chmod +x它们，然后运行主脚本。
主要。接待员:
#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)
其他。接待员:
print("hello")
输出:
burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"
我相信这就是德曼在找的东西。
99%的情况你可以简单地使用:
sys.calls()[[1]] [[2]]
它将不适用于脚本不是第一个参数的疯狂调用，即source(some args, file="myscript")。在这些奇特的情况下使用@hadley's。
这个问题有一个简单的解决办法。这个命令:
script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
返回当前脚本文件的路径。它在保存脚本后工作。
