我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。
换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。
换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
我喜欢steamer25的解决方案,因为它似乎是最健壮的。然而,当在RStudio中调试时(在windows中),路径不会被正确设置。原因是,如果在RStudio中设置了断点,那么源文件将使用另一个“调试源”命令,该命令将脚本路径设置得稍微不同。下面是我目前正在使用的最终版本,它解释了调试时RStudio中的这种替代行为:
# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle = "--file="
match = grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
} else {
ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
if ("fileName" %in% ls_vars) {
# Source'd via RStudio
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
} else {
# Source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
}
}
}
其他回答
I would use a variant of @steamer25 's approach. The point is that I prefer to obtain the last sourced script even when my session was started through Rscript. The following snippet, when included on a file, will provided a variable thisScript containing the normalized path of the script. I confess the (ab)use of source'ing, so sometimes I invoke Rscript and the script provided in the --file argument sources another script that sources another one... Someday I will invest in making my messy code turns into a package.
thisScript <- (function() {
lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)
if (is.null(lastScriptSourced)) {
# No script sourced, checking invocation through Rscript
cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle <- "--file="
match <- grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
}
} else {
# 'source'd via R console
return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
}
})()
Supressingfire回答的简化版本:
source_local <- function(fname){
argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}
我在一个高性能计算集群环境中工作。我在不同的地方开发代码,而不是在生产运行的地方。在开发过程中,我通常从命令行交互式地调用R(而不是使用RStudio)。有很多来源(“foo.R”)正在进行。
在生产运行期间,我通常编写一个bash脚本,尝试不同的参数,并在单独的目录中运行每一组参数。bash脚本利用了工作负载管理器(即SLURM)。在这种环境中,设置环境变量很简单。考虑到这一点,下面的解决方案最适合我。
其他。R
my_message <- function(){
return("R is awkward")
}
foo。R
srcpath = Sys.getenv("R_SRC")
# Check if runnning w/o setting R_SRC - presumably done in directory of development, i.e. /path/to/R/code
if(srcpath == ""){
srcpath="./"
}
source(sprintf("%s/other.R", srcpath))
string = my_message()
print(string)
如果从R交互式shell中运行,并且在/path/到/R/code中运行,那么简单
> source("foo.R")
如果不是从交互式shell运行,也不是从/path/to/R/code运行,首先设置环境变量R_SRC,然后调用Rscript
$ export R_SRC=/path/to/R/code/
$ Rscript /path/to/R/code/foo.R
frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])
不要问我它是如何工作的,因为我已经忘记了:/
我喜欢这种方法:
this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)