我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。

换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?


当前回答

Steamer25的方法是有效的,但前提是路径中没有空白。在macOS上,至少cmdArgs[match]返回类似/base/some~+~dir~+~带~+~空格/ for /base/some\ dir\带\空格/。

我通过在返回之前用一个简单的空格替换“~+~”来解决这个问题。

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

显然,你仍然可以像aprstar那样扩展else块。

其他回答

解决方案在2016年出现。非常感谢作者,Sahil Seth!

CRAN和github上的funr包提供了sys.script()函数,该函数获取当前脚本的完整路径。它甚至引用了一个类似的SO帖子。

因此,解是:

myscript。接待员:

#!/usr/bin/env Rscript
f  <-  funr::sys.script()
show(f)

然后执行命令:

user@somewhere:/home$ Rscript myscript.R

将在命令行输出,例如:

"/home/path/to/myscript.R"

到控制台。

当从R控制台“来源”时,我无法得到Suppressingfire的解决方案。 当使用Rscript时,我无法得到hadley的解决方案。

两全其美?

thisFile <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}

如果而不是脚本,foo。R,知道它的路径位置,如果你可以改变你的代码,总是从一个公共根引用所有的源路径,那么这些可能会有很大的帮助:

https://github.com/r-lib/rprojroot或https://rprojroot.r-lib.org/ https://here.r-lib.org/

鉴于

/ app /深度/嵌套/ foo。R /应用程序/其他。R

这是可行的

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

参见https://rprojroot.r-lib.org/了解如何定义项目根。

从这个问题,获取R脚本的路径,获取当前脚本的路径,查找当前。R文件的位置,以及在Rstudio中将工作目录设置为源文件位置的R命令,我几乎尝试了所有方法,但最后发现自己手动浏览CRAN表并发现

脚本名称库

它提供了current_filename()函数,该函数在RStudio中提供源代码时,以及通过R或RScript可执行文件调用时,返回脚本的正确完整路径。

I would use a variant of @steamer25 's approach. The point is that I prefer to obtain the last sourced script even when my session was started through Rscript. The following snippet, when included on a file, will provided a variable thisScript containing the normalized path of the script. I confess the (ab)use of source'ing, so sometimes I invoke Rscript and the script provided in the --file argument sources another script that sources another one... Someday I will invest in making my messy code turns into a package.

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()