我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R，在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R，不管当前工作目录是什么。
换句话说，就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
如果而不是脚本，foo。R，知道它的路径位置，如果你可以改变你的代码，总是从一个公共根引用所有的源路径，那么这些可能会有很大的帮助:
https://github.com/r-lib/rprojroot或https://rprojroot.r-lib.org/ https://here.r-lib.org/
鉴于
/ app /深度/嵌套/ foo。R /应用程序/其他。R
这是可行的
#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))
参见https://rprojroot.r-lib.org/了解如何定义项目根。
其他回答
我在一个高性能计算集群环境中工作。我在不同的地方开发代码，而不是在生产运行的地方。在开发过程中，我通常从命令行交互式地调用R(而不是使用RStudio)。有很多来源(“foo.R”)正在进行。
在生产运行期间，我通常编写一个bash脚本，尝试不同的参数，并在单独的目录中运行每一组参数。bash脚本利用了工作负载管理器(即SLURM)。在这种环境中，设置环境变量很简单。考虑到这一点，下面的解决方案最适合我。
其他。R
my_message <- function(){
return("R is awkward")
}
foo。R
srcpath = Sys.getenv("R_SRC")
# Check if runnning w/o setting R_SRC - presumably done in directory of development, i.e. /path/to/R/code
if(srcpath == ""){
srcpath="./"
}
source(sprintf("%s/other.R", srcpath))
string = my_message()
print(string)
如果从R交互式shell中运行，并且在/path/到/R/code中运行，那么简单
> source("foo.R")
如果不是从交互式shell运行，也不是从/path/to/R/code运行，首先设置环境变量R_SRC，然后调用Rscript
$ export R_SRC=/path/to/R/code/
$ Rscript /path/to/R/code/foo.R
这对我很有用。只是从命令行参数中greps它，去掉不需要的文本，执行dirname，最后从它获得完整的路径:
args <- commandArgs(trailingOnly = F)
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))
这对我很有用
library(rstudioapi)
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
这个问题有一个简单的解决办法。这个命令:
script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
返回当前脚本文件的路径。它在保存脚本后工作。
参见R.utils包的findSourceTraceback()，其中
查找source()在所有调用帧中生成的所有'srcfile'对象。 这使得可以找出当前由source()编写脚本的文件。
