我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。

换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?


当前回答

我对上面的实现有问题,因为我的脚本是从符号链接目录操作的,或者至少这就是为什么我认为上面的解决方案不适合我。按照@ennuikiller的回答,我将Rscript包装在bash中。我使用pwd -P设置路径变量,它解析符号链接目录结构。然后将路径传递给Rscript。

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

foo。R

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

其他回答

参见R.utils包的findSourceTraceback(),其中

查找source()在所有调用帧中生成的所有'srcfile'对象。 这使得可以找出当前由source()编写脚本的文件。

Steamer25的方法是有效的,但前提是路径中没有空白。在macOS上,至少cmdArgs[match]返回类似/base/some~+~dir~+~带~+~空格/ for /base/some\ dir\带\空格/。

我通过在返回之前用一个简单的空格替换“~+~”来解决这个问题。

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

显然,你仍然可以像aprstar那样扩展else块。

我在一个高性能计算集群环境中工作。我在不同的地方开发代码,而不是在生产运行的地方。在开发过程中,我通常从命令行交互式地调用R(而不是使用RStudio)。有很多来源(“foo.R”)正在进行。

在生产运行期间,我通常编写一个bash脚本,尝试不同的参数,并在单独的目录中运行每一组参数。bash脚本利用了工作负载管理器(即SLURM)。在这种环境中,设置环境变量很简单。考虑到这一点,下面的解决方案最适合我。

其他。R

my_message <- function(){
return("R is awkward")
}

foo。R

srcpath = Sys.getenv("R_SRC")
# Check if runnning w/o setting R_SRC - presumably done in directory of development, i.e. /path/to/R/code
if(srcpath == ""){
    srcpath="./"
}
source(sprintf("%s/other.R", srcpath))
string = my_message()
print(string)

如果从R交互式shell中运行,并且在/path/到/R/code中运行,那么简单

> source("foo.R")

如果不是从交互式shell运行,也不是从/path/to/R/code运行,首先设置环境变量R_SRC,然后调用Rscript

$ export R_SRC=/path/to/R/code/
$ Rscript /path/to/R/code/foo.R

我对上面的实现有问题,因为我的脚本是从符号链接目录操作的,或者至少这就是为什么我认为上面的解决方案不适合我。按照@ennuikiller的回答,我将Rscript包装在bash中。我使用pwd -P设置路径变量,它解析符号链接目录结构。然后将路径传递给Rscript。

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

foo。R

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

我也有这个问题,上面的解决方案都不适合我。也许是来源之类的,但还不够清楚。

我找到了这个,对我来说很优雅的解决方案:

paste0(gsub("\\", "/", fileSnapshot()$path, fixed=TRUE),"/")

其中重要的是fileSnapshot(),它提供了关于文件的大量信息。它返回一个包含8个元素的列表。当您选择path作为列表元素时,路径将以\\作为分隔符返回,因此其余代码只是更改这一点。

我希望这能有所帮助。