我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R，在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R，不管当前工作目录是什么。
换句话说，就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
我在一个高性能计算集群环境中工作。我在不同的地方开发代码，而不是在生产运行的地方。在开发过程中，我通常从命令行交互式地调用R(而不是使用RStudio)。有很多来源(“foo.R”)正在进行。
在生产运行期间，我通常编写一个bash脚本，尝试不同的参数，并在单独的目录中运行每一组参数。bash脚本利用了工作负载管理器(即SLURM)。在这种环境中，设置环境变量很简单。考虑到这一点，下面的解决方案最适合我。
其他。R
my_message <- function(){
return("R is awkward")
}
foo。R
srcpath = Sys.getenv("R_SRC")
# Check if runnning w/o setting R_SRC - presumably done in directory of development, i.e. /path/to/R/code
if(srcpath == ""){
srcpath="./"
}
source(sprintf("%s/other.R", srcpath))
string = my_message()
print(string)
如果从R交互式shell中运行，并且在/path/到/R/code中运行，那么简单
> source("foo.R")
如果不是从交互式shell运行，也不是从/path/to/R/code运行，首先设置环境变量R_SRC，然后调用Rscript
$ export R_SRC=/path/to/R/code/
$ Rscript /path/to/R/code/foo.R
其他回答
#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")
# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))
我的一切都在一个!(—2019年9月1日更新以处理RStudio控制台)
#' current script file (in full path)
#' @description current script file (in full path)
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection, RStudio Console
#' @export
ez.csf <- function() {
# http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle = "--file="
match = grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript via command line
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
} else {
ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
if ("fileName" %in% ls_vars) {
# Source'd via RStudio
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
} else {
if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
# Source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
} else {
# RStudio Run Selection
# http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993
pth = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
if (pth!='') {
return(normalizePath(pth))
} else {
# RStudio Console
tryCatch({
pth = rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
pth = normalizePath(pth)
}, error = function(e) {
# normalizePath('') issues warning/error
pth = ''
}
)
return(pth)
}
}
}
}
}
99%的情况你可以简单地使用:
sys.calls()[[1]] [[2]]
它将不适用于脚本不是第一个参数的疯狂调用，即source(some args, file="myscript")。在这些奇特的情况下使用@hadley's。
frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])
不要问我它是如何工作的，因为我已经忘记了:/
我已经将这个问题的答案打包并扩展为rprojroot中的新函数thisfile()。也适用于编织与针织。
