我在一个高性能计算集群环境中工作。我在不同的地方开发代码，而不是在生产运行的地方。在开发过程中，我通常从命令行交互式地调用R(而不是使用RStudio)。有很多来源(“foo.R”)正在进行。

在生产运行期间，我通常编写一个bash脚本，尝试不同的参数，并在单独的目录中运行每一组参数。bash脚本利用了工作负载管理器(即SLURM)。在这种环境中，设置环境变量很简单。考虑到这一点，下面的解决方案最适合我。

其他。R

my_message <- function(){
return("R is awkward")
}

foo。R

srcpath = Sys.getenv("R_SRC")
# Check if runnning w/o setting R_SRC - presumably done in directory of development, i.e. /path/to/R/code
if(srcpath == ""){
    srcpath="./"
}
source(sprintf("%s/other.R", srcpath))
string = my_message()
print(string)

如果从R交互式shell中运行，并且在/path/到/R/code中运行，那么简单

> source("foo.R")

如果不是从交互式shell运行，也不是从/path/to/R/code运行，首先设置环境变量R_SRC，然后调用Rscript

$ export R_SRC=/path/to/R/code/
$ Rscript /path/to/R/code/foo.R

我已经将这个问题的答案打包并扩展为rprojroot中的新函数thisfile()。也适用于编织与针织。

解决方案在2016年出现。非常感谢作者，Sahil Seth!

CRAN和github上的funr包提供了sys.script()函数，该函数获取当前脚本的完整路径。它甚至引用了一个类似的SO帖子。

因此，解是:

myscript。接待员:

#!/usr/bin/env Rscript
f  <-  funr::sys.script()
show(f)

然后执行命令:

user@somewhere:/home$ Rscript myscript.R

将在命令行输出，例如:

"/home/path/to/myscript.R"

到控制台。

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

不要问我它是如何工作的，因为我已经忘记了:/

I would use a variant of @steamer25 's approach. The point is that I prefer to obtain the last sourced script even when my session was started through Rscript. The following snippet, when included on a file, will provided a variable thisScript containing the normalized path of the script. I confess the (ab)use of source'ing, so sometimes I invoke Rscript and the script provided in the --file argument sources another script that sources another one... Someday I will invest in making my messy code turns into a package.

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()

当从R控制台“来源”时，我无法得到Suppressingfire的解决方案。 当使用Rscript时，我无法得到hadley的解决方案。

两全其美?

thisFile <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}