我试着安装一个包,使用

install.packages("foobarbaz")

却收到了警告

Warning message:
package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

为什么R认为这个包是不可用的?

参见这些问题的具体例子:

My package doesn't work for R 2.15.2 package 'Rbbg' is not available (for R version 2.15.2) package is not available (for R version 2.15.2) package doMC NOT available for R version 3.0.0 warning in install.packages Dependency ‘Rglpk’ is not available for package ‘fPortfolio’ What to do when a package is not available for our R version? Is the bigvis package for R not available for R version 3.0.1? package ‘syncwave’/‘mvcwt’ is not available (for R version 3.0.2) package ‘diamonds’ is not available (for R version 3.0.0) Is the plyr package for R not available for R version 3.0.2? Package bigmemory not installing on R 64 3.0.2 package "makeR" is not available (for version 3.0.2) package ‘RTN’ is not available (for R version 3.0.1) Trouble Installing geoR package package ‘twitterR’ is not available (for R version 3.1.0) How to install 'Rcpp, package? I got "package is not available" package ‘dataset’ is not available (for R version 3.1.1) "package ‘rhipe’ is not available (for R version 3.1.2)"


1. 你不会拼写

要测试的第一件事是您是否正确拼写了包的名称?包名在R中区分大小写。


2. 你没有找对仓库

接下来,您应该检查该包是否可用。类型

setRepositories()

参见? setrepository。

查看R将在哪些存储库中查找您的包,并可选地选择一些其他存储库。至少,您通常会希望选择CRAN,如果使用Windows则选择CRAN(附加),如果进行任何生物学分析则选择Bioc*存储库。

要永久地改变这一点,可以在Rprofile中添加setrepos(ind = c(1:6, 8))这样的行。网站文件。


3.软件包不在您选择的存储库中

返回所有可用的包

ap <- available.packages()

请参见R的可用包的名称,?available.packages。

由于这是一个很大的矩阵,您可能希望使用数据查看器来检查它。或者,您也可以通过测试行名来快速检查包是否可用。

View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)

或者,可用软件包的列表可以在浏览器中查看CRAN、CRAN (extras)、Bioconductor、R-forge、RForge和GitHub。

当与CRAN镜像交互时,您可能会收到的另一个警告消息是:

Warning: unable to access index for repository

这可能表明所选的CRAN存储库当前不可用。您可以使用chooseCRANmirror()选择不同的镜像,并再次尝试安装。


有几个原因可能导致包不可用。


4. 你不想要包裹

也许你并不是真的想要一个包裹。对于包和库,或者包和数据集之间的区别感到困惑是很常见的。

包是扩展R语言的标准化材料集合,例如提供代码、数据或文档。库是一个R可以找到它可以使用的包的位置(目录)

要查看可用的数据集,请键入

data()

5. R或Bioconductor已经过时了

它可能依赖于R的最新版本(或者它导入/依赖的某个包)。看看

ap["foobarbaz", "Depends"]

并考虑将R安装更新到当前版本。在Windows上,这最容易通过安装包完成。

library(installr)
updateR()

(当然,你可能需要先安装install.packages("installr")。)

对于Bioconductor包,您可能需要更新Bioconductor安装。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

6. 包装过期了

它可能已经存档(如果不再维护它并且不再通过R CMD检查测试)。

在这种情况下,您可以使用install_version()加载包的旧版本。

library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")

另一种方法是从GitHub CRAN镜像安装。

library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")

7. 没有Windows/OS X/Linux二进制文件

它可能没有Windows二进制文件,因为需要CRAN没有的附加软件。此外,有些包只能通过某些或所有平台的源代码获得。在这种情况下,CRAN (extras)存储库中可能有一个版本(参见上面的setrepository)。

如果包需要编译代码(例如C, c++, FORTRAN),那么在Windows上安装Rtools或在OS X上安装XCode附带的开发人员工具,并通过以下方式安装包的源版本:

install.packages("foobarbaz", type = "source")

# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")

在CRAN上,您可以通过查看描述中的NeedsCompilation标志来判断是否需要特殊的工具从源代码构建包。


8. 该软件包在GitHub/Bitbucket/Gitorious上

它可能在GitHub/Bitbucket/Gitorious上有一个存储库。这些包需要安装remotes包。

library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

(和installr一样,你可能需要先安装.packages("remotes")。)


9. 该包没有源版本

虽然包的二进制版本可用,但源版本不可用。您可以通过设置关闭此检查

options(install.packages.check.source = "no")

如imanuelc和?install.packages的详细信息部分所述。


10. 包位于非标准存储库中

你的包在一个非标准的存储库中(例如Rbbg)。假设它与CRAN标准合理兼容,您仍然可以使用install.packages下载它;你只需要指定存储库URL。

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

另一方面,RHIPE并不在类似于crane的存储库中,它有自己的安装说明。


11. R(或其他依赖项)已经过期,您不想更新它。

警告:这并不是最佳实践。

下载包源代码。 导航到DESCRIPTION文件。 用你的文本编辑器删除恼人的行。 取决于:R (>= 3.1.1) 从本地安装(即从DESCRIPTION的父目录安装)。 安装。packages("foo", type="source", repos=NULL)


One thing that happened for me is that the version of R provided by my linux distribution (R version 3.0.2 provided by Ubuntu 14.04) was too old for the latest version of the package available on CRAN (in my case, plyr version 1.8.3 as of today). The solution was to use the packaging system of my distribution instead of trying to install from R (apt-get install r-cran-plyr got me version 1.8.1 of plyr). Maybe I could have tried to update R using updateR(), but I'm afraid that doing so would interfere with my distribution's package manager.


编辑(04/08/2020):我最近遇到了一个包(XML)的问题,据报道,在CRAN中的包更新后,我的R版本(3.6.3,Debian伸展上的最新支持)不可用。这非常出乎意料,因为我之前已经成功地安装了它(在相同的R版本和相同的操作系统上)。

由于某种原因,软件包仍然在那里,但是请安装。Packages只查看更新的(且不兼容的)版本。解决方案是找到兼容版本的URL并强制安装。使用它的包,如下:

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/XML/XML_3.99-0.3.tar.gz", repos=NULL, type="source", ask=FALSE)

当我使用生物导体作为源,然后调用生物clite时,它几乎总是为我工作。例子:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

这为我节省了大量调试错误的时间。在很多情况下,只是镜子过时了。该函数可以使用https://cran.rstudio.com/:安装多个包及其依赖项

packages <- function(pkg){
    new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
    if (length(new.pkg))
        install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/')
    sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
}

packages(c("foo", "bar", "baz"))

在R 3.2.3(2016年新发布)中有一个错误,有时会阻止它找到正确的包。解决方法是手动设置存储库:

install.packages("lubridate", dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')

在其他问题中找到解决方案


有些版本的R和libcurl似乎有问题。我在Mac (R版本3.2.2)和Ubuntu (R版本3.0.2)上也遇到过同样的问题,在这两个例子中,在安装之前简单地运行这个程序就解决了。包的命令

options(download.file.method = "wget")

解决方案是由一个朋友建议的,然而,我在任何论坛上都找不到它,因此提交了这个答案给其他人。


我在Ubuntu上仔细按照安装r的说明修复了这个错误,包括:

添加deb http://cran.utstat.utoronto.ca/bin/linux/ubuntu trusty/到我的/etc/apt/sources.列表文件 运行sudo apt-get update 运行sudo apt-get install r-base-dev

对于第一步,如果你愿意,你可以选择任何CRAN下载镜像来代替我的多伦多大学下载镜像。


另一个小的添加,当尝试使用docker映像摇杆/ R -ver:3.1.0测试旧R版本时

默认的回购设置是MRAN,这无法获得许多包。 那个版本的R没有https,所以,举个例子: 安装。Packages ("knitr", repos = "https://cran.rstudio.com")似乎可以工作。


正如这里(用法语)提到的,当您的计算机上安装了两个版本的R时,就会发生这种情况。卸载旧的包,然后再次尝试包安装!这对我来说很有效。


我也有同样的问题(在Linux上),可以通过更改代理设置来解决。 如果您在代理服务器后面,请使用R. getenv("http_proxy")检查配置。 在我的~/。我有以下几行(来自https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use-an-HTTP-or-HTTPS-Proxy)导致了这个问题:

http_proxy=https://proxy.dom.com:port
http_proxy_user=user:passwd

改为

http_proxy="http://user:passwd@proxy.dom.com:port"

解决了问题。你可以对https做同样的事情。

当我读到“包xxx不可用于r版本-x-y-z”时,我的第一个想法不是……

HTH


当我在R-3.4.1中得到相同的警告时,这就是我最终可以为安装psych软件包所做的事情

1:谷歌那个包裹。

2:手动下载,扩展名为tar.gz

3:选择“包归档文件(.zip;.tar.gz)”选项安装R中的包

4:本地浏览到下载的地方,点击安装

你可能会得到一个警告:软件包的依赖项'xyz'不可用,然后首先从存储库安装这些依赖项,然后执行步骤3-4 .


当从源代码安装R包时,我犯了一个错误,忘记把repos=NULL。在这种情况下,错误消息有点误导:包'foobarbaz'不可用(对于R版本x.y.z)

问题不在于R的版本,而在于回购参数。我安装了。packages('path/to/source/code/of/foobarbaz', type='source', repos=NULL)在这种情况下为我工作。

希望这能帮助到一些人。


这个解决方案可能会破坏R,但这里有一个最简单的解决方案,99%的时间都有效。

你需要做的只是:

install.packages('package-name',repos='http://cran.us.r-project.org')

正如作者在这里提到的


另一个原因+解决方案

当我试图在我公司的HPC上的RStudio中安装pkgdown时,我遇到了这个错误(“包XXX对于R版本X.X.X不可用”)。

事实证明,他们在HPC上拥有的CRAN快照是2018年1月(几乎2年前)的,而且pkgdown当时确实不存在。这意味着为外行用户控制包的源代码,但作为开发人员,在大多数情况下,您可以通过以下方式更改:

## checking the specific repos you currently have
getOption("repos")

## updating your CRAN snapshot to a newer date
r <- getOption("repos")
r["newCRAN"] <- "https://cran.microsoft.com/snapshot/*2019-11-07*/"
options(repos = r)

## add newCRAN to repos you can use
setRepositories()

如果您知道您在做什么,并且可能需要多个在您的系统的CRAN中不可用的包,您可以在您的项目. rprofile中进行设置。

如果只有一个包,可能只使用install。包(“包名”,repos =“一个比你公司的旧的CRAN快照更新的CRAN”)。


访问https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/。 用Ctrl + F找到要安装的包 单击包名称 确定要安装的版本 打开RStudio 输入"install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/[NAME OF PACKAGE]/[VERSION NUMBER].tar.gz", repos = NULL, Type ="source")"


在某些情况下,您需要提前安装几个包才能使用您想要使用的包。

例如,我需要安装7个包(Sejong, hash, rJava, tau, RSQLite, devtools, stringr)来安装KoNLP包。

install.packages('Sejong')
install.packages('hash')
install.packages('rJava')
install.packages('tau')
install.packages('RSQLite')
install.packages('devtools')
install.packages('stringr')

library(Sejong)
library(hash)
library(rJava)
library(tau)
library(RSQLite)
library(devtools)
library(stringr)

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/KoNLP/KoNLP_0.80.2.tar.gz", repos = NULL, type="source")
library(KoNLP)

我发现@Richie Cotton的出色解决方案中#6包的一个轻微变化已经过时了。

有时包维护者可能会显示它不支持的R版本差距。在这种情况下,您至少有两个选择:1)将您的R版本升级到目标包已经支持的下一个版本,2)从可用的旧版本中安装最新的版本,以配合您的R版本。

一个具体的例子:用于数据挖掘的包的最新CRAN版本5.3.0不支持R版本3.4,因为它在包版本5.2.0 (R >= 2.13.0)和5.3.0 (R >=3.5)之间有很大的更新。

在这种情况下,升级R安装的替代方案是前面提到的解决方案。如果您没有devtools包(其中包括包远程),请安装devtools包,然后安装可以在当前r中工作的特定版本。您可以在CRAN页面上查找特定的包存档信息。

library("devtools")
install_version("rattle", version = "5.2.0", repos = "http://cran.us.r-project.org")

在我的例子中,解决方案是简单地升级R。