我有一个数据帧。我们就叫他鲍勃吧:

> head(bob)
                 phenotype                         exclusion
GSM399350 3- 4- 8- 25- 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399351 3- 4- 8- 25- 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399352 3- 4- 8- 25- 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399353 3- 4- 8- 25+ 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399354 3- 4- 8- 25+ 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399355 3- 4- 8- 25+ 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-

我想连接这个数据帧的行(这将是另一个问题)。但看:

> class(bob$phenotype)
[1] "factor"

Bob的列是因子。举个例子:

> as.character(head(bob))
[1] "c(3, 3, 3, 6, 6, 6)"       "c(3, 3, 3, 3, 3, 3)"      
[3] "c(29, 29, 29, 30, 30, 30)"

我不太明白这一点,但我猜这些是进入鲍勃(卡拉克塔克斯国王的法庭)的列的因子水平的指数?不是我需要的。

奇怪的是,我可以徒手浏览bob的列

bob$phenotype <- as.character(bob$phenotype)

这很好。并且,在一些输入之后,我可以得到一个data.frame,它的列是字符而不是因子。我的问题是:我如何自动地做到这一点?我如何将一个data.frame与因子列转换为一个data.frame与字符列,而不必手动遍历每一列?

附加问题:为什么手动方法有效?


当前回答

仅替换因素:

i <- sapply(bob, is.factor)
bob[i] <- lapply(bob[i], as.character)

在0.5.0版的dplyr包中引入了新的函数mutate_if:

library(dplyr)
bob %>% mutate_if(is.factor, as.character) -> bob

...在1.0.0版本中被across取代:

library(dplyr)
bob %>% mutate(across(where(is.factor), as.character)) -> bob

RStudio中的包purrr提供了另一种选择:

library(purrr)
bob %>% modify_if(is.factor, as.character) -> bob

其他回答

我通常将这个函数与我的所有项目分开。又快又简单。

unfactorize <- function(df){
  for(i in which(sapply(df, class) == "factor")) df[[i]] = as.character(df[[i]])
  return(df)
}

在数据帧的开头包含stringsAsFactors = FALSE以忽略所有误解。

如果你使用数据。表包对data.frame的操作,那么问题就不存在了。

library(data.table)
dt = data.table(col1 = c("a","b","c"), col2 = 1:3)
sapply(dt, class)
#       col1        col2 
#"character"   "integer" 

如果你在你的数据集中已经有一个因子列,你想把它们转换成字符,你可以这样做。

library(data.table)
dt = data.table(col1 = factor(c("a","b","c")), col2 = 1:3)
sapply(dt, class)
#     col1      col2 
# "factor" "integer" 
upd.cols = sapply(dt, is.factor)
dt[, names(dt)[upd.cols] := lapply(.SD, as.character), .SDcols = upd.cols]
sapply(dt, class)
#       col1        col2 
#"character"   "integer" 

另一种方法是使用apply转换它

bob2 <- apply(bob,2,as.character)

和一个更好的(前一个是'matrix'类)

bob2 <- as.data.frame(as.matrix(bob),stringsAsFactors=F)

全局选项

stringsAsFactors: data.frame和read.table参数的默认设置。

可能是你想在你的启动文件(例如~/. rprofile)中设置为FALSE。请参阅帮助(选项)。