使用组将代码组织成模块。

请记住，您可以将几乎所有内容放到多个组中，以便它们可以用于提供语义标记，就像Stack Overflow中的标记一样。例如，可以将内容标记为特定于给定平台的内容。

您还可以使用组来匹配IDE中的文件夹层次结构，如我的RB2Doxy示例输出所示。

组在嵌套时工作得很好——我有一个OOFILE源代码的大示例。

如果你在代码中有bug，或者你发现了bug，你也可以像这样在代码中标记:

/** @bug The text explaining the bug */

当你运行doxygen时，你会得到一个单独的Bug列表和待办事项列表

对于复杂的项目，有一个单独的模块管理文件可能很有用，它控制组和子组。整个层次结构可以在一个地方，然后每个文件可以简单地填充到子组中。例如:

/**
 * @defgroup example Top Level Example Group
 * @brief    The Example module.
 *
 * @{
 */

/**
 * @defgroup example_child1 First Child of Example
 * @brief    1st of 2 example children.
 */

/**
 * @defgroup example_child2 Second Child of Example
 * @brief    2nd of 2 example children.
 */

// @}

简单地在另一个组的{}中包含一个组的定义，使其成为该组的子组。然后在代码和头文件中，函数可以被标记为它们所在的任何组的一部分，这一切都可以在完成的文档中工作。它使得重构文档以匹配重构代码更加容易。

对于需要5分钟以上生成的大型项目，我发现能够快速为单个文件生成doxygen并在web浏览器中查看它非常有用。

虽然对文件外部任何内容的引用都不会解析，但查看基本格式是否正确仍然是有用的。

这个脚本使用一个文件和项目doxy配置并运行doxygen，我已经将其设置为从我的IDE运行。

#!/usr/bin/env python3
"""
This script takes 2-3 args: [--browse] <Doxyfile> <sourcefile>

  --browse will open the resulting docs in a web browser.
"""
import sys
import os
import subprocess
import tempfile

doxyfile, sourcefile = sys.argv[-2:]

tempfile = tempfile.NamedTemporaryFile(mode='w+b')
doxyfile_tmp = tempfile.name
tempfile.write(open(doxyfile, "r+b").read())
tempfile.write(b'\n\n')
tempfile.write(b'INPUT=' + os.fsencode(sourcefile) + b'\n')
tempfile.flush()

subprocess.call(("doxygen", doxyfile_tmp))
del tempfile

# Maybe handy, but also annoying as default.
if "--browse" in sys.argv:
    import webbrowser
    webbrowser.open("html/files.html")

使用了大量的链接。这可以使用see also链接(如果您喜欢，可以使用\see或@see)来完成，并确保在文档中使用正确的类名引用其他类名。例如，如果你将FUZZYObject类引用为一个“对象”，那么在它后面立即写上类的名称(例如:“疲惫的对象(FUZZYObject)”)。

当我发现自己在高分辨率的屏幕上编辑代码时，我已经从使用反斜杠转向使用@前缀的Doxygen命令。不那么嘈杂的反斜杠发现自己现在太难以分辨出Doxygen命令。