对于复杂的项目，有一个单独的模块管理文件可能很有用，它控制组和子组。整个层次结构可以在一个地方，然后每个文件可以简单地填充到子组中。例如:

/**
 * @defgroup example Top Level Example Group
 * @brief    The Example module.
 *
 * @{
 */

/**
 * @defgroup example_child1 First Child of Example
 * @brief    1st of 2 example children.
 */

/**
 * @defgroup example_child2 Second Child of Example
 * @brief    2nd of 2 example children.
 */

// @}

简单地在另一个组的{}中包含一个组的定义，使其成为该组的子组。然后在代码和头文件中，函数可以被标记为它们所在的任何组的一部分，这一切都可以在完成的文档中工作。它使得重构文档以匹配重构代码更加容易。

你不需要也不应该在@file指令中写入文件名，doxygen会自动读取文件名。写文件名的问题是，当你重命名文件时，你也必须改变@file指令。

提供@author和@date信息在大多数情况下也是无用的，因为源代码控制系统做得比手动编辑文件要好得多。

如果你使用以下Doxygen语法并在Doxygen的配置中启用JAVADOC_AUTOBRIEF，你也不必写@brief:

/*! Short Description on the first line

    Detailed description...
    ...
*/
void foo(void) {}

函数的@name指令在大多数时候也是100%冗余的，完全无用。它只在有人修改函数名而不是doxygen @name时才会带来错误。

对于复杂的项目，有一个单独的模块管理文件可能很有用，它控制组和子组。整个层次结构可以在一个地方，然后每个文件可以简单地填充到子组中。例如:

/**
 * @defgroup example Top Level Example Group
 * @brief    The Example module.
 *
 * @{
 */

/**
 * @defgroup example_child1 First Child of Example
 * @brief    1st of 2 example children.
 */

/**
 * @defgroup example_child2 Second Child of Example
 * @brief    2nd of 2 example children.
 */

// @}

简单地在另一个组的{}中包含一个组的定义，使其成为该组的子组。然后在代码和头文件中，函数可以被标记为它们所在的任何组的一部分，这一切都可以在完成的文档中工作。它使得重构文档以匹配重构代码更加容易。

当我发现自己在高分辨率的屏幕上编辑代码时，我已经从使用反斜杠转向使用@前缀的Doxygen命令。不那么嘈杂的反斜杠发现自己现在太难以分辨出Doxygen命令。

一个好的“最佳实践”(虽然并不总是可以实现)是为每个API提供简短的工作示例，并使用\ inclelineno(或\include表示没有行号)将它们拉入帮助。这些可以是单元测试，如果它们的编写是为了让用户能够理解它们(也就是说，没有连接到更大的测试工具中)。作为一个不错的副作用，对API的更改将破坏样本，因此它们必须保持最新。

你可以用文字来描述API，但是没有什么比看到实际的代码来理解如何使用它更好的了。

如果你在代码中有bug，或者你发现了bug，你也可以像这样在代码中标记:

/** @bug The text explaining the bug */

当你运行doxygen时，你会得到一个单独的Bug列表和待办事项列表