对于复杂的项目，有一个单独的模块管理文件可能很有用，它控制组和子组。整个层次结构可以在一个地方，然后每个文件可以简单地填充到子组中。例如:

/**
 * @defgroup example Top Level Example Group
 * @brief    The Example module.
 *
 * @{
 */

/**
 * @defgroup example_child1 First Child of Example
 * @brief    1st of 2 example children.
 */

/**
 * @defgroup example_child2 Second Child of Example
 * @brief    2nd of 2 example children.
 */

// @}

简单地在另一个组的{}中包含一个组的定义，使其成为该组的子组。然后在代码和头文件中，函数可以被标记为它们所在的任何组的一部分，这一切都可以在完成的文档中工作。它使得重构文档以匹配重构代码更加容易。

总是在类中包含描述。试着说明一个类是如何使用的，或者为什么使用它，而不仅仅是它是什么(通常只是反映了名称)。

你不需要也不应该在@file指令中写入文件名，doxygen会自动读取文件名。写文件名的问题是，当你重命名文件时，你也必须改变@file指令。

提供@author和@date信息在大多数情况下也是无用的，因为源代码控制系统做得比手动编辑文件要好得多。

如果你使用以下Doxygen语法并在Doxygen的配置中启用JAVADOC_AUTOBRIEF，你也不必写@brief:

/*! Short Description on the first line

    Detailed description...
    ...
*/
void foo(void) {}

函数的@name指令在大多数时候也是100%冗余的，完全无用。它只在有人修改函数名而不是doxygen @name时才会带来错误。

如果你在代码中有bug，或者你发现了bug，你也可以像这样在代码中标记:

/** @bug The text explaining the bug */

当你运行doxygen时，你会得到一个单独的Bug列表和待办事项列表

如果您担心一些团队成员会避免使用文档，或者您只是想要一个最小的文档集，那么您可以在doxygen配置中启用这些。

WARNINGS               = YES
WARN_IF_UNDOCUMENTED   = YES
WARN_IF_DOC_ERROR      = YES

作为doxygen构建过程的一部分，将警告保存到一个文件中，并尝试获得并保持警告计数尽可能低(如果合理则为0)。如果这样做，每个公共和受保护类成员将至少需要一个@brief，每个函数参数的@param和一个@return。这足以描述大多数api，而不会过多妨碍其他活跃的代码库。

当然，您应该鼓励人们在每个案例的基础上尽可能多地记录他们认为需要的文档，只要他们满足最低的项目标准。但是不要将最小值设置得太高，否则最终可能得不到有用的文档。

例如，在我们的项目中，其他程序员可能接触到的所有内容都应该被记录。启用警告，让我们看看我们有多接近这个目标。我们还尝试使用@internal来描述我们对一些私有成员所做的事情。

如果您有一个非常非常大的项目——大到足以让Doxygen运行一个多小时——您可以将其分割成多个模块，然后Doxygen使用标记文件将其链接在一起。

例如，如果您有一个大的MSVC解决方案，其中包含20个项目，您可以让目录运行自己的Doxygen，然后使用标记文件将输出粘合在一起，就像链接器将.libs粘合在一起以生成可执行文件一样。

您甚至可以更字面地理解链接的比喻，使每个Doxy配置文件对应于一个.vcproj文件，这样每个项目(例如.lib或.dll)都得到自己的Doxy输出。