Tidyr有一个新函数drop_na:

library(tidyr)
df %>% drop_na()
#              gene hsap mmul mmus rnor cfam
# 2 ENSG00000199674    0    2    2    2    2
# 6 ENSG00000221312    0    1    2    3    2
df %>% drop_na(rnor, cfam)
#              gene hsap mmul mmus rnor cfam
# 2 ENSG00000199674    0    2    2    2    2
# 4 ENSG00000207604    0   NA   NA    1    2
# 6 ENSG00000221312    0    1    2    3    2

使用dplyr包，我们可以过滤NA如下:

dplyr::filter(df,  !is.na(columnname))

关于你的第一个问题，我有一个我很熟悉的代码来摆脱所有NAs。感谢@Gregor让它变得更简单。

final[!(rowSums(is.na(final))),]

对于第二个问题，代码只是之前解决方案的一个替换。

final[as.logical((rowSums(is.na(final))-5)),]

注意-5是数据中的列数。这将消除具有所有NAs的行，因为rowsum加起来等于5，并且它们在减法后变为零。这一次，作为。逻辑是必要的。

如果您希望更好地控制如何判定行无效，另一个选项是

final <- final[!(is.na(final$rnor)) | !(is.na(rawdata$cfam)),]

使用上述方法，得到:

             gene hsap mmul mmus rnor cfam
1 ENSG00000208234    0   NA   NA   NA   2
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
3 ENSG00000221622    0   NA   NA   2   NA
4 ENSG00000207604    0   NA   NA   1    2
5 ENSG00000207431    0   NA   NA   NA   NA
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

就变成:

             gene hsap mmul mmus rnor cfam
1 ENSG00000208234    0   NA   NA   NA   2
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
3 ENSG00000221622    0   NA   NA   2   NA
4 ENSG00000207604    0   NA   NA   1    2
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

.．.其中只有第5行被删除，因为它是唯一包含rnor和cfam的NAs的行。然后可以更改布尔逻辑以适应特定的需求。

假设dat作为您的数据帧，预期的输出可以使用

1. rowsums

> dat[!rowSums((is.na(dat))),]
             gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

2.拉普兰人

> dat[!Reduce('|',lapply(dat,is.na)),]
             gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

如果希望控制每行有多少个NAs是有效的，请尝试此功能。对于许多调查数据集，过多的空白问题回答可能会破坏结果。所以它们在某个阈值之后就会被删除。这个函数允许你在删除行之前选择有多少个NAs:

delete.na <- function(DF, n=0) {
  DF[rowSums(is.na(DF)) <= n,]
}

默认情况下，它将消除所有NAs:

delete.na(final)
             gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674    0    2    2    2    2
6 ENSG00000221312    0    1    2    3    2

或指定允许的最大NAs数量:

delete.na(final, 2)
             gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674    0    2    2    2    2
4 ENSG00000207604    0   NA   NA    1    2
6 ENSG00000221312    0    1    2    3    2