我想删除这个数据帧中的行:
a)在所有列中包含NAs。下面是我的示例数据帧。
gene hsap mmul mmus rnor cfam
1 ENSG00000208234 0 NA NA NA NA
2 ENSG00000199674 0 2 2 2 2
3 ENSG00000221622 0 NA NA NA NA
4 ENSG00000207604 0 NA NA 1 2
5 ENSG00000207431 0 NA NA NA NA
6 ENSG00000221312 0 1 2 3 2
基本上，我想获得如下所示的数据帧。
gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674 0 2 2 2 2
6 ENSG00000221312 0 1 2 3 2
b)只在某些列中包含NAs，所以我也可以得到这个结果:
gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674 0 2 2 2 2
4 ENSG00000207604 0 NA NA 1 2
6 ENSG00000221312 0 1 2 3 2
关于你的第一个问题，我有一个我很熟悉的代码来摆脱所有NAs。感谢@Gregor让它变得更简单。
final[!(rowSums(is.na(final))),]
对于第二个问题，代码只是之前解决方案的一个替换。
final[as.logical((rowSums(is.na(final))-5)),]
注意-5是数据中的列数。这将消除具有所有NAs的行，因为rowsum加起来等于5，并且它们在减法后变为零。这一次，作为。逻辑是必要的。
还要检查complete。例:
> final[complete.cases(final), ]
gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674 0 2 2 2 2
6 ENSG00000221312 0 1 2 3 2
na。省略是更好的只是删除所有的NA。完成了。case允许部分选择，只包括数据框架的某些列:
> final[complete.cases(final[ , 5:6]),]
gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674 0 2 2 2 2
4 ENSG00000207604 0 NA NA 1 2
6 ENSG00000221312 0 1 2 3 2
你的解决办法行不通。如果你坚持使用的话。不，那你就得这样做:
> final[rowSums(is.na(final[ , 5:6])) == 0, ]
gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674 0 2 2 2 2
4 ENSG00000207604 0 NA NA 1 2
6 ENSG00000221312 0 1 2 3 2
但是使用complete。case更清晰，也更快。
关于你的第一个问题，我有一个我很熟悉的代码来摆脱所有NAs。感谢@Gregor让它变得更简单。
final[!(rowSums(is.na(final))),]
对于第二个问题，代码只是之前解决方案的一个替换。
final[as.logical((rowSums(is.na(final))-5)),]
注意-5是数据中的列数。这将消除具有所有NAs的行，因为rowsum加起来等于5，并且它们在减法后变为零。这一次，作为。逻辑是必要的。
我更喜欢用下面的方法来检查行中是否包含NAs:
row.has.na <- apply(final, 1, function(x){any(is.na(x))})
这将返回逻辑向量，其中的值表示一行中是否有NA。你可以使用它来查看你需要删除多少行:
sum(row.has.na)
并最终放弃它们
final.filtered <- final[!row.has.na,]
对于过滤具有特定部分NAs的行，它变得有点棘手(例如，您可以将'final[，5:6]'输入到'apply')。
一般来说，Joris Meys的解决方案似乎更优雅。
