我有一个很少列的熊猫数据帧。
现在我知道某些行是基于某个列值的异常值。
例如
列“Vol”的所有值都在12xx左右,其中一个值是4000(离群值)。
现在我想排除那些Vol列像这样的行。
所以,本质上,我需要在数据帧上放一个过滤器,这样我们就可以选择所有的行,其中某一列的值距离平均值在3个标准差之内。
实现这一点的优雅方式是什么?
我有一个很少列的熊猫数据帧。
现在我知道某些行是基于某个列值的异常值。
例如
列“Vol”的所有值都在12xx左右,其中一个值是4000(离群值)。
现在我想排除那些Vol列像这样的行。
所以,本质上,我需要在数据帧上放一个过滤器,这样我们就可以选择所有的行,其中某一列的值距离平均值在3个标准差之内。
实现这一点的优雅方式是什么?
当前回答
我喜欢夹而不喜欢掉。以下将夹在第2和98分频。
df_list = list(df)
minPercentile = 0.02
maxPercentile = 0.98
for _ in range(numCols):
df[df_list[_]] = df[df_list[_]].clip((df[df_list[_]].quantile(minPercentile)),(df[df_list[_]].quantile(maxPercentile)))
其他回答
如果你喜欢方法链接,你可以得到所有数值列的布尔条件,如下所示:
df.sub(df.mean()).div(df.std()).abs().lt(3)
每一列的每个值都将根据其是否距离平均值小于三个标准差而转换为True/False。
#------------------------------------------------------------------------------
# accept a dataframe, remove outliers, return cleaned data in a new dataframe
# see http://www.itl.nist.gov/div898/handbook/prc/section1/prc16.htm
#------------------------------------------------------------------------------
def remove_outlier(df_in, col_name):
q1 = df_in[col_name].quantile(0.25)
q3 = df_in[col_name].quantile(0.75)
iqr = q3-q1 #Interquartile range
fence_low = q1-1.5*iqr
fence_high = q3+1.5*iqr
df_out = df_in.loc[(df_in[col_name] > fence_low) & (df_in[col_name] < fence_high)]
return df_out
下面是一个包含数据和2组的完整示例:
进口:
from StringIO import StringIO
import pandas as pd
#pandas config
pd.set_option('display.max_rows', 20)
有2个组的数据示例:G1:Group 1。G2:第二组:
TESTDATA = StringIO("""G1;G2;Value
1;A;1.6
1;A;5.1
1;A;7.1
1;A;8.1
1;B;21.1
1;B;22.1
1;B;24.1
1;B;30.6
2;A;40.6
2;A;51.1
2;A;52.1
2;A;60.6
2;B;80.1
2;B;70.6
2;B;90.6
2;B;85.1
""")
读取文本数据到pandas数据框架:
df = pd.read_csv(TESTDATA, sep=";")
使用标准偏差定义离群值
stds = 1.0
outliers = df[['G1', 'G2', 'Value']].groupby(['G1','G2']).transform(
lambda group: (group - group.mean()).abs().div(group.std())) > stds
定义过滤后的数据值和异常值:
dfv = df[outliers.Value == False]
dfo = df[outliers.Value == True]
打印结果:
print '\n'*5, 'All values with decimal 1 are non-outliers. In the other hand, all values with 6 in the decimal are.'
print '\nDef DATA:\n%s\n\nFiltred Values with %s stds:\n%s\n\nOutliers:\n%s' %(df, stds, dfv, dfo)
把98和2百分位作为离群值的极限
upper_limit = np.percentile(X_train.logerror.values, 98)
lower_limit = np.percentile(X_train.logerror.values, 2) # Filter the outliers from the dataframe
data[‘target’].loc[X_train[‘target’]>upper_limit] = upper_limit data[‘target’].loc[X_train[‘target’]<lower_limit] = lower_limit
我认为删除和删除异常值在统计上是错误的。 它使数据不同于原始数据。 也使得数据的形状不均匀,因此最好的方法是通过对数据进行对数变换来减少或避免异常值的影响。 这招对我很管用:
np.log(data.iloc[:, :])