在现代git中（我在2022年编写了这篇文章，并更新了git安装），这变得非常简单：

运行git-rm＜path to submodule＞并提交。

这将删除<path to submodule>处的文件树，以及.gitmodules文件中的子模块条目。即，删除存储库中子模块的所有痕迹。

然而，正如文档所指出的，子模块的.git目录（在主项目.git目录的模块/目录中）被保留了下来，“这样就可以在不需要从另一个存储库获取的情况下签出过去的提交”。如果您仍然想删除此信息，请手动删除.git/modules/中的子模块目录，并删除.git/config文件中的子模板条目

rm-rf.git/modules/<子模块路径>，以及git-config—删除节子模块<子模块路径>。

较旧的社区wiki说明：

通过Git子模块教程页面：

要删除子模块，您需要：

从.gitmodules文件中删除相关部分。暂存.gitmodules更改：git-add.gitmoduls从.git/config中删除相关部分。从工作树中删除子模块文件，并索引：git rm--cached path_to_submodule（无斜杠）。删除子模块的.git目录：rm-rf.git/modules/path_to_submodule提交更改：gitcommit-m“已删除子模块<name>”删除现在未跟踪的子模块文件：rm-rf path_to_submodule

另请参见：以下替代步骤。

以下是我所做的：

1.）从.gitmodules文件中删除相关部分。您可以使用以下命令：

git config -f .gitmodules --remove-section "submodule.submodule_name"

2.）准备.gitmodules更改

git add .gitmodules

3.）从.git/config中删除相关部分。您可以使用以下命令：

git submodule deinit -f "submodule_name"

4.）删除gitlink（无尾斜杠）：

git rm --cached path_to_submodule

5.）清理.git/模块：

rm -rf .git/modules/path_to_submodule

6.）承诺：

git commit -m "Removed submodule <name>"

7.）删除现在未跟踪的子模块文件

rm -rf path_to_submodule

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null

我创建了一个bash脚本来简化删除过程。它还检查回购中是否有未保存的更改，并请求确认。它已经在os x上进行了测试，如果知道它在普通linux发行版上是否也能正常工作，将会很有趣：

https://gist.github.com/fabifrank/cdc7e67fd194333760b060835ac0172f

从git中删除子模块的最佳方法：

$ git submodule deinit -f <submodule-name>
$ rm -rf .git/modules/<submodule-name>
$ git config -f .gitmodules --remove-section submodule.<submodule-name>
$ git config -f .git/config --remove-section submodule.<submodule-name>
$ git rm --cached <submodule-name>
$ git commit -m 'rm submodule: <submodule-name>'

可以通过运行git rm＜submodule path＞和git commit来删除子模块。这可以使用git-restore撤消。删除将删除超级项目的跟踪数据，这些数据既是gitlink条目，也是.gitmodules文件中的部分。子模块的工作目录从文件系统中删除，但Git目录被保留下来，以便可以在不需要从另一个存储库获取的情况下签出过去的提交。要完全删除子模块，请另外手动删除$GIT_DIR/modules/<name>/。

来源：git help子模块