您必须删除.gitmodules和.git/config中的条目，并从历史记录中删除模块的目录：

git rm --cached path/to/submodule

如果你在git的邮件列表上写东西，很可能有人会为你编写一个shell脚本。

总而言之，这是您应该做的：

设置path_to_submodule变量（无尾随斜杠）：

path_to_submodule=path/to/submodule

从.gitmodules文件中删除相关行：

git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$path_to_submodule

从.git/config中删除相关部分

git config -f .git/config --remove-section submodule.$path_to_submodule

仅从索引中取消存储并删除$path_to_submodule（以防止丢失信息）

git rm --cached $path_to_submodule

跟踪对.gitmodules所做的更改

git add .gitmodules

提交超级项目

git commit -m "Remove submodule submodule_name"

删除现在未跟踪的子模块文件

rm -rf $path_to_submodule

rm -rf .git/modules/$path_to_submodule

另请参见：备选指导线

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null

使用Magit的简单解决方案

如果您在Emacs下使用Magit，则可以执行以下操作：

转到项目根目录，然后

M-x，magit列表子模块

then

M-x，删除magit子模块

系统将询问您要删除哪个子模块。

就是这样！

（我的Magit版本是v3.3.0）

project dir:     ~/foo_project/
submodule:       ~/foo_project/lib/asubmodule
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
run:
  1.   cd ~/foo_project
  2.   git rm lib/asubmodule && 
          rm .git/modules/lib/asubmodule && 
            git submodule lib/asubmodule deinit --recursive --force

使用git v2.7.4，简单的3个步骤就可以了。

git submodule deinit -f -- a/submodule    
git rm -f a/submodule
git commit