使用git v2.7.4，简单的3个步骤就可以了。

git submodule deinit -f -- a/submodule    
git rm -f a/submodule
git commit

2012年12月我正在做的事情（结合了这些答案中的大部分）：

oldPath="vendor/example"
git config -f .git/config --remove-section "submodule.${oldPath}"
git config -f .gitmodules --remove-section "submodule.${oldPath}"
git rm --cached "${oldPath}"
rm -rf "${oldPath}"              ## remove src (optional)
rm -rf ".git/modules/${oldPath}" ## cleanup gitdir (optional housekeeping)
git add .gitmodules
git commit -m "Removed ${oldPath}"

我发现deinit对我很好：

git submodule deinit <submodule-name>    
git rm <submodule-name>

从git文档：

解交织注销给定子模块，即删除整个子模块$名称git/config中的部分及其工作树。

如果你想删除子模块而不从本地文件系统中删除文件夹，我可以这样做：

MOD=example
git rm --cached -f apps/$MOD
git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$MOD

git子模块deinit＜子模块路径＞从.gitmodules中删除节git rm<子模块路径>删除需要从项目中删除的模块文件。将删除的文件添加到git并调用gitadd.gitmodules提交并推送

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null