我创建了一个bash脚本来简化删除过程。它还检查回购中是否有未保存的更改，并请求确认。它已经在os x上进行了测试，如果知道它在普通linux发行版上是否也能正常工作，将会很有趣：

https://gist.github.com/fabifrank/cdc7e67fd194333760b060835ac0172f

使用Magit的简单解决方案

如果您在Emacs下使用Magit，则可以执行以下操作：

转到项目根目录，然后

M-x，magit列表子模块

then

M-x，删除magit子模块

系统将询问您要删除哪个子模块。

就是这样！

（我的Magit版本是v3.3.0）

project dir:     ~/foo_project/
submodule:       ~/foo_project/lib/asubmodule
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
run:
  1.   cd ~/foo_project
  2.   git rm lib/asubmodule && 
          rm .git/modules/lib/asubmodule && 
            git submodule lib/asubmodule deinit --recursive --force

在现代git中（我在2022年编写了这篇文章，并更新了git安装），这变得非常简单：

运行git-rm＜path to submodule＞并提交。

这将删除<path to submodule>处的文件树，以及.gitmodules文件中的子模块条目。即，删除存储库中子模块的所有痕迹。

然而，正如文档所指出的，子模块的.git目录（在主项目.git目录的模块/目录中）被保留了下来，“这样就可以在不需要从另一个存储库获取的情况下签出过去的提交”。如果您仍然想删除此信息，请手动删除.git/modules/中的子模块目录，并删除.git/config文件中的子模板条目

rm-rf.git/modules/<子模块路径>，以及git-config—删除节子模块<子模块路径>。

较旧的社区wiki说明：

通过Git子模块教程页面：

要删除子模块，您需要：

从.gitmodules文件中删除相关部分。暂存.gitmodules更改：git-add.gitmoduls从.git/config中删除相关部分。从工作树中删除子模块文件，并索引：git rm--cached path_to_submodule（无斜杠）。删除子模块的.git目录：rm-rf.git/modules/path_to_submodule提交更改：gitcommit-m“已删除子模块<name>”删除现在未跟踪的子模块文件：rm-rf path_to_submodule

另请参见：以下替代步骤。

我刚刚找到了.submodule（忘记了确切名称）隐藏文件，它有一个列表。。。你可以用这种方式逐个删除它们。我刚刚有一个，所以我删除了它。很简单，但它可能会搞乱Git，因为我不知道子模块是否附加了什么。到目前为止，除了libetpan通常的升级问题外，似乎还可以，但这（希望）是无关的。

注意到没有人发布手动擦除，因此添加

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null