我不得不进一步执行John Douth的步骤，并将其cd到子模块的目录中，然后删除Git存储库：

cd submodule
rm -fr .git

然后，我可以将文件作为父Git存储库的一部分提交，而无需对子模块的旧引用。

除了这些建议之外，我还必须rm-Rf.git/modules/path/to/submodule，才能添加一个同名的新子模块（在我的例子中，我用原来的fork替换了一个fork）

总而言之，这是您应该做的：

设置path_to_submodule变量（无尾随斜杠）：

path_to_submodule=path/to/submodule

从.gitmodules文件中删除相关行：

git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$path_to_submodule

从.git/config中删除相关部分

git config -f .git/config --remove-section submodule.$path_to_submodule

仅从索引中取消存储并删除$path_to_submodule（以防止丢失信息）

git rm --cached $path_to_submodule

跟踪对.gitmodules所做的更改

git add .gitmodules

提交超级项目

git commit -m "Remove submodule submodule_name"

删除现在未跟踪的子模块文件

rm -rf $path_to_submodule

rm -rf .git/modules/$path_to_submodule

另请参见：备选指导线

以下是我认为必要或有用的4个步骤（首先是重要步骤）：

git rm -f the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule
git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule
git commit -m "..."

理论上，第1步中的git rm应该处理它。希望OP问题的第二部分有一天能够得到肯定的回答（这可以在一个命令中完成）。

但从2017年7月起，第2步必须删除.git/modules/中的数据。否则，您不能在将来重新添加子模块。

正如tinlyx的回答所指出的那样，您可能可以省去上面的两个git1.8.5+步骤，因为所有的git子模块命令似乎都有效。

步骤3删除了.git/config文件中_submodule的部分。为了完整起见，应该这样做。（该条目可能会对较旧的git版本造成问题，但我没有要测试的条目）。

为此，大多数答案建议使用git子模块deinit。我发现使用git-config-f.git/config--remove部分更加明确，也不那么令人困惑。根据git子模块文档，git deinit：

注销给定的子模块。。。如果确实要删除存储库中的子模块，并使用gitrm[1]提交相反

最后但并非最不重要的是，如果您没有gitcommit，那么在执行git子模块摘要时（从git2.7开始），您可能会遇到错误：

fatal: Not a git repository: 'the_submodule/.git'
* the_submodule 73f0d1d...0000000:

这与执行步骤2或3无关。

您必须删除.gitmodules和.git/config中的条目，并从历史记录中删除模块的目录：

git rm --cached path/to/submodule

如果你在git的邮件列表上写东西，很可能有人会为你编写一个shell脚本。

project dir:     ~/foo_project/
submodule:       ~/foo_project/lib/asubmodule
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
run:
  1.   cd ~/foo_project
  2.   git rm lib/asubmodule && 
          rm .git/modules/lib/asubmodule && 
            git submodule lib/asubmodule deinit --recursive --force