我不得不进一步执行John Douth的步骤，并将其cd到子模块的目录中，然后删除Git存储库：

cd submodule
rm -fr .git

然后，我可以将文件作为父Git存储库的一部分提交，而无需对子模块的旧引用。

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null

您必须删除.gitmodules和.git/config中的条目，并从历史记录中删除模块的目录：

git rm --cached path/to/submodule

如果你在git的邮件列表上写东西，很可能有人会为你编写一个shell脚本。

对于数字2.17及以上，它只是：

git submodule deinit -f {module_name}
git add {module_name}
git commit

从git中删除子模块的最佳方法：

$ git submodule deinit -f <submodule-name>
$ rm -rf .git/modules/<submodule-name>
$ git config -f .gitmodules --remove-section submodule.<submodule-name>
$ git config -f .git/config --remove-section submodule.<submodule-name>
$ git rm --cached <submodule-name>
$ git commit -m 'rm submodule: <submodule-name>'

我遵循了同一指南的指示如何删除子模块？

$ git submodule deinit -f <submodule-name>
$ rm -rf .git/modules/<submodule-name>
$ git config -f .gitmodules --remove-section submodule.<submodule-name>
$ git config -f .git/config --remove-section submodule.<submodule-name>
$ git rm --cached <submodule-name>
$ git commit -m 'rm submodule: <submodule-name>'

但它一直在说：

fatal: no submodule mapping found in .gitmodules for path

因此，我所做的是像这样在.gitignore中包含路径（路径末尾没有星号）：

<path>

然后我修改了任何文件并进行了简单的推送：

$ git add .
$ git commit -m "Ignoring sharedlibs folder <path> on .gitignore"
$ git push -u origin master