我不得不进一步执行John Douth的步骤，并将其cd到子模块的目录中，然后删除Git存储库：

cd submodule
rm -fr .git

然后，我可以将文件作为父Git存储库的一部分提交，而无需对子模块的旧引用。

我不得不进一步执行John Douth的步骤，并将其cd到子模块的目录中，然后删除Git存储库：

cd submodule
rm -fr .git

然后，我可以将文件作为父Git存储库的一部分提交，而无需对子模块的旧引用。

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null

您必须删除.gitmodules和.git/config中的条目，并从历史记录中删除模块的目录：

git rm --cached path/to/submodule

如果你在git的邮件列表上写东西，很可能有人会为你编写一个shell脚本。

要删除添加的子模块，请使用：

REPOSITORY=blah@blah.com:repos/blah.git
MOD_DIR=lib/blah
git submodule add $REPOSITORY $MOD_DIR

Run:

git rm $MOD_DIR

就是这样。

对于旧版本的git（约为1.8.5，实际上甚至在2.26.2中），请使用：

git submodule deinit $MOD_DIR
git rm $MOD_DIR
git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$MOD_DIR

2012年12月我正在做的事情（结合了这些答案中的大部分）：

oldPath="vendor/example"
git config -f .git/config --remove-section "submodule.${oldPath}"
git config -f .gitmodules --remove-section "submodule.${oldPath}"
git rm --cached "${oldPath}"
rm -rf "${oldPath}"              ## remove src (optional)
rm -rf ".git/modules/${oldPath}" ## cleanup gitdir (optional housekeeping)
git add .gitmodules
git commit -m "Removed ${oldPath}"