如果由于您添加、提交和推送了一个已经是Git存储库（包含.Git）的文件夹而意外添加了子模块，那么您将没有.gitmodules文件可供编辑，或者.Git/config中的任何内容。在这种情况下，您只需要：

git rm --cached subfolder
git add subfolder
git commit -m "Enter message here"
git push

FWIW，在执行git添加之前，我还删除了.git文件夹。

在现代git中（我在2022年编写了这篇文章，并更新了git安装），这变得非常简单：

运行git-rm＜path to submodule＞并提交。

这将删除<path to submodule>处的文件树，以及.gitmodules文件中的子模块条目。即，删除存储库中子模块的所有痕迹。

然而，正如文档所指出的，子模块的.git目录（在主项目.git目录的模块/目录中）被保留了下来，“这样就可以在不需要从另一个存储库获取的情况下签出过去的提交”。如果您仍然想删除此信息，请手动删除.git/modules/中的子模块目录，并删除.git/config文件中的子模板条目

rm-rf.git/modules/<子模块路径>，以及git-config—删除节子模块<子模块路径>。

较旧的社区wiki说明：

通过Git子模块教程页面：

要删除子模块，您需要：

从.gitmodules文件中删除相关部分。暂存.gitmodules更改：git-add.gitmoduls从.git/config中删除相关部分。从工作树中删除子模块文件，并索引：git rm--cached path_to_submodule（无斜杠）。删除子模块的.git目录：rm-rf.git/modules/path_to_submodule提交更改：gitcommit-m“已删除子模块<name>”删除现在未跟踪的子模块文件：rm-rf path_to_submodule

另请参见：以下替代步骤。

我不得不进一步执行John Douth的步骤，并将其cd到子模块的目录中，然后删除Git存储库：

cd submodule
rm -fr .git

然后，我可以将文件作为父Git存储库的一部分提交，而无需对子模块的旧引用。

以下是我认为必要或有用的4个步骤（首先是重要步骤）：

git rm -f the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule
git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule
git commit -m "..."

理论上，第1步中的git rm应该处理它。希望OP问题的第二部分有一天能够得到肯定的回答（这可以在一个命令中完成）。

但从2017年7月起，第2步必须删除.git/modules/中的数据。否则，您不能在将来重新添加子模块。

正如tinlyx的回答所指出的那样，您可能可以省去上面的两个git1.8.5+步骤，因为所有的git子模块命令似乎都有效。

步骤3删除了.git/config文件中_submodule的部分。为了完整起见，应该这样做。（该条目可能会对较旧的git版本造成问题，但我没有要测试的条目）。

为此，大多数答案建议使用git子模块deinit。我发现使用git-config-f.git/config--remove部分更加明确，也不那么令人困惑。根据git子模块文档，git deinit：

注销给定的子模块。。。如果确实要删除存储库中的子模块，并使用gitrm[1]提交相反

最后但并非最不重要的是，如果您没有gitcommit，那么在执行git子模块摘要时（从git2.7开始），您可能会遇到错误：

fatal: Not a git repository: 'the_submodule/.git'
* the_submodule 73f0d1d...0000000:

这与执行步骤2或3无关。

如果你想删除子模块而不从本地文件系统中删除文件夹，我可以这样做：

MOD=example
git rm --cached -f apps/$MOD
git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$MOD

使用Magit的简单解决方案

如果您在Emacs下使用Magit，则可以执行以下操作：

转到项目根目录，然后

M-x，magit列表子模块

then

M-x，删除magit子模块

系统将询问您要删除哪个子模块。

就是这样！

（我的Magit版本是v3.3.0）