我想使用Python将打印重定向到一个.txt文件。我有一个for循环,它将打印每个.bam文件的输出,而我想将所有输出重定向到一个文件。所以我试着说:

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

在我剧本的开头。但是,我在.txt文件中什么也没有得到。 我的剧本是:

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'

那么问题是什么呢?除了sys。stdout还有其他方法吗?

我需要我的结果看起来像:

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

当前回答

你可以用file参数重定向打印(在python2中有>>操作符代替)。

f = open(filename,'w')
print('whatever', file=f) # Python 3.x
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x

在大多数情况下,最好只是正常地写入文件。

f.write('whatever')

或者,如果你有几个项目想用空格写,比如print:

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

其他回答

你可能不喜欢这个答案,但我认为这是正确的答案。除非绝对必要,否则不要改变你的标准输出目标(也许你使用的库只输出到标准输出??这里显然不是这样)。

我认为作为一个好习惯,你应该提前准备好你的数据作为一个字符串,然后打开你的文件,并立即写入整个东西。这是因为输入/输出操作打开文件句柄的时间越长,该文件发生错误的可能性就越大(文件锁定错误、i/o错误等)。只要在一次操作中完成所有操作,就不会有什么时候可能出错的问题。

这里有一个例子:

out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    out_lines.append('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    out_lines.extend(linelist)
    out_lines.append('\n')

然后,当你收集了你的“数据线”,每个列表项一行,你可以用一些'\n'字符连接它们,使整个东西可输出;甚至可以将输出语句包装在with块中,以获得额外的安全性(即使出现错误,也会自动关闭输出句柄):

out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
    outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"

然而,如果你有很多数据要写,你可以一次写一块。我认为这与你的应用程序无关,但这里有另一种选择:

out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    outf.write('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    mydata = samtoolsin.stdout.read()
    outf.write(mydata)
outf.close()

这是完美的:

import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()

现在hello将被写入test.txt文件。确保用close结束stdout,否则内容将不会保存在文件中

我在过去用来输出一些字典的东西如下:

# sample dictionary
the_dict = {'a': 'no', 'c': 'yes', 'b': 'try again'}

# path to output to
dict_path = "D:/path.txt"

# script to output file
with open(dict_path, "w") as f:
    for idx, data in the_dict.items():
        print(idx, data, file=f)

输出的文件如下所示:

a no
c yes
b try again

它扩展了循环的打印函数

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()

修改sys. exe的值。Stdout将所有调用的目的地更改为打印。如果您使用另一种方法来更改打印的目的地,则会得到相同的结果。

你的bug在别的地方:

它可能在你为你的问题删除的代码中(filename从哪里来的调用打开?) 也可能是您没有等待数据被刷新:如果您在终端上打印,则在每换行后都会刷新数据,但如果您打印到文件中,则仅在stdout缓冲区满时才会刷新数据(在大多数系统上为4096字节)。