如何重定向'打印'输出到一个文件?

我想使用Python将打印重定向到一个.txt文件。我有一个for循环，它将打印每个.bam文件的输出，而我想将所有输出重定向到一个文件。所以我试着说:

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

在我剧本的开头。但是，我在.txt文件中什么也没有得到。我的剧本是:

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'

那么问题是什么呢?除了sys。stdout还有其他方法吗?

我需要我的结果看起来像:

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

当前回答

最简单的解决方案不是通过python;它穿过外壳。从文件的第一行(#!/usr/bin/python)，我猜您是在UNIX系统上。只需像平时一样使用print语句，在脚本中完全不要打开文件。当你运行文件时，而不是

./script.py

要运行该文件，请使用

./script.py > <filename>

您将<filename>替换为您希望输出进入的文件的名称。>令牌告诉(大多数)shell将stdout设置为以下令牌所描述的文件。

这里需要提到的一件重要的事情是，“script.py”需要被设置为可执行的，以便。/script.py能够运行。

所以在运行。/script.py之前，执行这个命令

Chmod a+x script.py (使脚本对所有用户都可执行)

2011-08-22 20:24:09

其他回答

它扩展了循环的打印函数

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()

2017-07-16 19:34:04

这是完美的:

import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()

现在hello将被写入test.txt文件。确保用close结束stdout，否则内容将不会保存在文件中

2015-06-30 12:15:25

Python 2或Python 3 API参考:

Print (*objects, sep=' '， end='\n'， file=sys. txt)stdout,冲洗= False) file参数必须是一个具有write(string)方法的对象;如果不存在或为None，则sys。将使用Stdout。由于打印参数被转换为文本字符串，print()不能用于二进制模式的文件对象。对于这些，使用file.write(…)代替。

由于文件对象通常包含write()方法，您所需要做的就是将一个文件对象传递到它的参数中。

写入/覆盖到文件

with open('file.txt', 'w') as f:
    print('hello world', file=f)

写入/追加到文件

with open('file.txt', 'a') as f:
    print('hello world', file=f)

2016-07-04 13:45:25

如果重定向stdout对您的问题有效，Gringo Suave的回答很好地演示了如何进行重定向。

为了让它更简单，我使用上下文管理器创建了一个版本，使用with语句实现了简洁的通用调用语法:

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

要使用它，你只需要执行以下操作(源自Suave的例子):

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

当模块以您不喜欢的方式使用它时，它对于选择性地重定向打印非常有用。唯一的缺点(在许多情况下这是解决问题的关键)是，如果想要多个具有不同stdout值的线程，它就不起作用，但这需要一种更好、更通用的方法:间接模块访问。你可以在这个问题的其他答案中看到它的实现。

2019-01-06 04:48:39

最明显的方法是打印到一个文件对象:

with open('out.txt', 'w') as f:
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x

不过，重定向stdout对我也有用。对于像这样的一次性脚本，它可能很好:

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print('i = ', i)

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

从Python 3.4开始，就有一个简单的上下文管理器可以在标准库中做到这一点:

from contextlib import redirect_stdout

with open('out.txt', 'w') as f:
    with redirect_stdout(f):
        print('data')

从shell本身向外部重定向是另一种选择，通常是更可取的:

./script.py > out.txt

其他问题:

你的脚本的第一个文件名是什么?我没有看到它被初始化。

我的第一个猜测是glob没有找到任何bamfile，因此for循环不会运行。检查文件夹是否存在，并在脚本中打印bamfiles。

同样，使用os.path.join和os.path.basename来操作路径和文件名。

2011-08-22 20:00:19

如何重定向'打印'输出到一个文件?

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