最简单的解决方案不是通过python;它穿过外壳。从文件的第一行(#!/usr/bin/python)，我猜您是在UNIX系统上。只需像平时一样使用print语句，在脚本中完全不要打开文件。当你运行文件时，而不是

./script.py

要运行该文件，请使用

./script.py > <filename>

您将<filename>替换为您希望输出进入的文件的名称。>令牌告诉(大多数)shell将stdout设置为以下令牌所描述的文件。

这里需要提到的一件重要的事情是，“script.py”需要被设置为可执行的，以便。/script.py能够运行。

所以在运行。/script.py之前，执行这个命令

Chmod a+x script.py (使脚本对所有用户都可执行)

你可以用file参数重定向打印(在python2中有>>操作符代替)。

f = open(filename,'w')
print('whatever', file=f) # Python 3.x
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x

在大多数情况下，最好只是正常地写入文件。

f.write('whatever')

或者，如果你有几个项目想用空格写，比如print:

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

最明显的方法是打印到一个文件对象:

with open('out.txt', 'w') as f:
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x

不过，重定向stdout对我也有用。对于像这样的一次性脚本，它可能很好:

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print('i = ', i)

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

从Python 3.4开始，就有一个简单的上下文管理器可以在标准库中做到这一点:

from contextlib import redirect_stdout

with open('out.txt', 'w') as f:
    with redirect_stdout(f):
        print('data')

从shell本身向外部重定向是另一种选择，通常是更可取的:

./script.py > out.txt

其他问题:

你的脚本的第一个文件名是什么?我没有看到它被初始化。

我的第一个猜测是glob没有找到任何bamfile，因此for循环不会运行。检查文件夹是否存在，并在脚本中打印bamfiles。

同样，使用os.path.join和os.path.basename来操作路径和文件名。

在python 3中，你可以重新赋值print:

#!/usr/bin/python3

def other_fn():
    #This will use the print function that's active when the function is called
    print("Printing from function")

file_name = "test.txt"
with open(file_name, "w+") as f_out:
    py_print = print #Need to use this to restore builtin print later, and to not induce recursion
   
    print = lambda out_str : py_print(out_str, file=f_out)
    
    #If you'd like, for completeness, you can include args+kwargs
    print = lambda *args, **kwargs : py_print(*args, file=f_out, **kwargs)
    
    print("Writing to %s" %(file_name))

    other_fn()  #Writes to file

    #Must restore builtin print, or you'll get 'I/O operation on closed file'
    #If you attempt to print after this block
    print = py_print

print("Printing to stdout")
other_fn() #Writes to console/stdout

注意，来自other_fn的print仅切换输出，因为print在全局作用域中被重新赋值。如果在函数中赋值print, other_fn中的print通常不受影响。如果我们想影响所有的打印调用，我们可以使用global关键字:

import builtins

def other_fn():
    #This will use the print function that's active when the function is called
    print("Printing from function")

def main():
    global print #Without this, other_fn will use builtins.print
    file_name = "test.txt"
    with open(file_name, "w+") as f_out:

        print = lambda *args, **kwargs : builtins.print(*args, file=f_out, **kwargs)

        print("Writing to %s" %(file_name))

        other_fn()  #Writes to file

        #Must restore builtin print, or you'll get 'I/O operation on closed file'
        #If you attempt to print after this block
        print = builtins.print

    print("Printing to stdout")
    other_fn() #Writes to console/stdout

就我个人而言，我更倾向于通过将输出文件描述符烘焙到一个新函数中来避免使用print函数的要求:

file_name = "myoutput.txt"
with open(file_name, "w+") as outfile:
    fprint = lambda pstring : print(pstring, file=outfile)
    print("Writing to stdout")
    fprint("Writing to %s" % (file_name))

如果您正在使用Linux，我建议您使用tee命令。实现如下所示:

python python_file.py | tee any_file_name.txt

如果您不想更改代码中的任何内容，我认为这可能是最好的解决方案。您也可以实现记录器，但您需要在代码中做一些更改。

不要使用打印，使用日志记录

您可以更改sys。Stdout指向文件，但这是一种相当笨拙且不灵活的处理此问题的方法。不要使用print，而是使用logging模块。

使用日志记录，您可以像打印stdout一样进行打印，也可以将输出写入文件。您甚至可以使用不同的消息级别(关键、错误、警告、信息、调试)，例如，只将主要问题打印到控制台，但仍然将次要代码操作记录到文件中。

一个简单的例子

导入日志记录，获取日志记录器，并设置处理级别:

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

如果你想打印到标准输出:

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

如果你也想写入一个文件(如果你只想写入一个文件，跳过最后一部分):

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

然后，无论你在哪里使用打印，请使用记录器方法之一:

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

要了解关于使用更高级日志功能的更多信息，请阅读Python文档中的优秀日志教程。