我想使用Python将打印重定向到一个.txt文件。我有一个for循环,它将打印每个.bam文件的输出,而我想将所有输出重定向到一个文件。所以我试着说:

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

在我剧本的开头。但是,我在.txt文件中什么也没有得到。 我的剧本是:

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'

那么问题是什么呢?除了sys。stdout还有其他方法吗?

我需要我的结果看起来像:

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

当前回答

最简单的解决方案不是通过python;它穿过外壳。从文件的第一行(#!/usr/bin/python),我猜您是在UNIX系统上。只需像平时一样使用print语句,在脚本中完全不要打开文件。当你运行文件时,而不是

./script.py

要运行该文件,请使用

./script.py > <filename>

您将<filename>替换为您希望输出进入的文件的名称。>令牌告诉(大多数)shell将stdout设置为以下令牌所描述的文件。

这里需要提到的一件重要的事情是,“script.py”需要被设置为可执行的,以便。/script.py能够运行。

所以在运行。/script.py之前,执行这个命令

Chmod a+x script.py (使脚本对所有用户都可执行)

其他回答

它扩展了循环的打印函数

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()

最明显的方法是打印到一个文件对象:

with open('out.txt', 'w') as f:
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x

不过,重定向stdout对我也有用。对于像这样的一次性脚本,它可能很好:

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print('i = ', i)

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

从Python 3.4开始,就有一个简单的上下文管理器可以在标准库中做到这一点:

from contextlib import redirect_stdout

with open('out.txt', 'w') as f:
    with redirect_stdout(f):
        print('data')

从shell本身向外部重定向是另一种选择,通常是更可取的:

./script.py > out.txt

其他问题:

你的脚本的第一个文件名是什么?我没有看到它被初始化。

我的第一个猜测是glob没有找到任何bamfile,因此for循环不会运行。检查文件夹是否存在,并在脚本中打印bamfiles。

同样,使用os.path.join和os.path.basename来操作路径和文件名。

我能够破解这个使用以下方法。它将使用这个打印函数而不是内置的打印函数,并将内容保存到一个文件中。

from __future__ import print_function
import builtins as __builtin__

log = open("log.txt", "a")

def print(*args):
    newLine = ""
    for item in args:
        newLine = newLine + str(item) + " "
    newLine = (
        newLine
        + """
"""
    )
    log.write(newLine)
    log.flush()
    __builtin__.print(*args)
    return

Python 2或Python 3 API参考:

Print (*objects, sep=' ', end='\n', file=sys. txt)stdout,冲洗= False) file参数必须是一个具有write(string)方法的对象;如果不存在或为None,则sys。将使用Stdout。由于打印参数被转换为文本字符串,print()不能用于二进制模式的文件对象。对于这些,使用file.write(…)代替。

由于文件对象通常包含write()方法,您所需要做的就是将一个文件对象传递到它的参数中。

写入/覆盖到文件

with open('file.txt', 'w') as f:
    print('hello world', file=f)

写入/追加到文件

with open('file.txt', 'a') as f:
    print('hello world', file=f)

这是我用来打印到文件/日志的另一种方法…修改内置的打印函数,使其记录到具有当前时间戳的temp目录中的文件,并打印到stdout。在脚本中这样做的唯一真正好处是不需要去修改现有的打印语句。

print('test')
test

复制原始打印函数到新变量

og_print = print
og_print('test2')
test2

覆盖现有的打印功能

def print(*msg):
    '''print and log!'''
    # import datetime for timestamps
    import datetime as dt
    # convert input arguments to strings for concatenation
    message = []
    for m in msg:
        message.append(str(m))
    message = ' '.join(message)
    # append to the log file
    with open('/tmp/test.log','a') as log:
        log.write(f'{dt.datetime.now()} | {message}\n')
    # print the message using the copy of the original print function to stdout
    og_print(message)
print('test3')
test3

显示文件

cat /tmp/test.log
2022-01-25 10:19:11.045062 | test3

删除文件

rm /tmp/test.log