我想使用Python将打印重定向到一个.txt文件。我有一个for循环,它将打印每个.bam文件的输出,而我想将所有输出重定向到一个文件。所以我试着说:

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

在我剧本的开头。但是,我在.txt文件中什么也没有得到。 我的剧本是:

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'

那么问题是什么呢?除了sys。stdout还有其他方法吗?

我需要我的结果看起来像:

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

当前回答

这是我用来打印到文件/日志的另一种方法…修改内置的打印函数,使其记录到具有当前时间戳的temp目录中的文件,并打印到stdout。在脚本中这样做的唯一真正好处是不需要去修改现有的打印语句。

print('test')
test

复制原始打印函数到新变量

og_print = print
og_print('test2')
test2

覆盖现有的打印功能

def print(*msg):
    '''print and log!'''
    # import datetime for timestamps
    import datetime as dt
    # convert input arguments to strings for concatenation
    message = []
    for m in msg:
        message.append(str(m))
    message = ' '.join(message)
    # append to the log file
    with open('/tmp/test.log','a') as log:
        log.write(f'{dt.datetime.now()} | {message}\n')
    # print the message using the copy of the original print function to stdout
    og_print(message)
print('test3')
test3

显示文件

cat /tmp/test.log
2022-01-25 10:19:11.045062 | test3

删除文件

rm /tmp/test.log

其他回答

在python 3中,你可以重新赋值print:

#!/usr/bin/python3

def other_fn():
    #This will use the print function that's active when the function is called
    print("Printing from function")

file_name = "test.txt"
with open(file_name, "w+") as f_out:
    py_print = print #Need to use this to restore builtin print later, and to not induce recursion
   
    print = lambda out_str : py_print(out_str, file=f_out)
    
    #If you'd like, for completeness, you can include args+kwargs
    print = lambda *args, **kwargs : py_print(*args, file=f_out, **kwargs)
    
    print("Writing to %s" %(file_name))

    other_fn()  #Writes to file

    #Must restore builtin print, or you'll get 'I/O operation on closed file'
    #If you attempt to print after this block
    print = py_print

print("Printing to stdout")
other_fn() #Writes to console/stdout

注意,来自other_fn的print仅切换输出,因为print在全局作用域中被重新赋值。如果在函数中赋值print, other_fn中的print通常不受影响。如果我们想影响所有的打印调用,我们可以使用global关键字:

import builtins

def other_fn():
    #This will use the print function that's active when the function is called
    print("Printing from function")

def main():
    global print #Without this, other_fn will use builtins.print
    file_name = "test.txt"
    with open(file_name, "w+") as f_out:

        print = lambda *args, **kwargs : builtins.print(*args, file=f_out, **kwargs)

        print("Writing to %s" %(file_name))

        other_fn()  #Writes to file

        #Must restore builtin print, or you'll get 'I/O operation on closed file'
        #If you attempt to print after this block
        print = builtins.print

    print("Printing to stdout")
    other_fn() #Writes to console/stdout

就我个人而言,我更倾向于通过将输出文件描述符烘焙到一个新函数中来避免使用print函数的要求:

file_name = "myoutput.txt"
with open(file_name, "w+") as outfile:
    fprint = lambda pstring : print(pstring, file=outfile)
    print("Writing to stdout")
    fprint("Writing to %s" % (file_name))

如果重定向stdout对您的问题有效,Gringo Suave的回答很好地演示了如何进行重定向。

为了让它更简单,我使用上下文管理器创建了一个版本,使用with语句实现了简洁的通用调用语法:

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

要使用它,你只需要执行以下操作(源自Suave的例子):

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

当模块以您不喜欢的方式使用它时,它对于选择性地重定向打印非常有用。唯一的缺点(在许多情况下这是解决问题的关键)是,如果想要多个具有不同stdout值的线程,它就不起作用,但这需要一种更好、更通用的方法:间接模块访问。你可以在这个问题的其他答案中看到它的实现。

不要使用打印,使用日志记录

您可以更改sys。Stdout指向文件,但这是一种相当笨拙且不灵活的处理此问题的方法。不要使用print,而是使用logging模块。

使用日志记录,您可以像打印stdout一样进行打印,也可以将输出写入文件。您甚至可以使用不同的消息级别(关键、错误、警告、信息、调试),例如,只将主要问题打印到控制台,但仍然将次要代码操作记录到文件中。

一个简单的例子

导入日志记录,获取日志记录器,并设置处理级别:

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

如果你想打印到标准输出:

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

如果你也想写入一个文件(如果你只想写入一个文件,跳过最后一部分):

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

然后,无论你在哪里使用打印,请使用记录器方法之一:

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

要了解关于使用更高级日志功能的更多信息,请阅读Python文档中的优秀日志教程。

修改sys. exe的值。Stdout将所有调用的目的地更改为打印。如果您使用另一种方法来更改打印的目的地,则会得到相同的结果。

你的bug在别的地方:

它可能在你为你的问题删除的代码中(filename从哪里来的调用打开?) 也可能是您没有等待数据被刷新:如果您在终端上打印,则在每换行后都会刷新数据,但如果您打印到文件中,则仅在stdout缓冲区满时才会刷新数据(在大多数系统上为4096字节)。

我在过去用来输出一些字典的东西如下:

# sample dictionary
the_dict = {'a': 'no', 'c': 'yes', 'b': 'try again'}

# path to output to
dict_path = "D:/path.txt"

# script to output file
with open(dict_path, "w") as f:
    for idx, data in the_dict.items():
        print(idx, data, file=f)

输出的文件如下所示:

a no
c yes
b try again