我能够破解这个使用以下方法。它将使用这个打印函数而不是内置的打印函数，并将内容保存到一个文件中。

from __future__ import print_function
import builtins as __builtin__

log = open("log.txt", "a")

def print(*args):
    newLine = ""
    for item in args:
        newLine = newLine + str(item) + " "
    newLine = (
        newLine
        + """
"""
    )
    log.write(newLine)
    log.flush()
    __builtin__.print(*args)
    return

你可能不喜欢这个答案，但我认为这是正确的答案。除非绝对必要，否则不要改变你的标准输出目标(也许你使用的库只输出到标准输出??这里显然不是这样)。

我认为作为一个好习惯，你应该提前准备好你的数据作为一个字符串，然后打开你的文件，并立即写入整个东西。这是因为输入/输出操作打开文件句柄的时间越长，该文件发生错误的可能性就越大(文件锁定错误、i/o错误等)。只要在一次操作中完成所有操作，就不会有什么时候可能出错的问题。

这里有一个例子:

out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    out_lines.append('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    out_lines.extend(linelist)
    out_lines.append('\n')

然后，当你收集了你的“数据线”，每个列表项一行，你可以用一些'\n'字符连接它们，使整个东西可输出;甚至可以将输出语句包装在with块中，以获得额外的安全性(即使出现错误，也会自动关闭输出句柄):

out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
    outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"

然而，如果你有很多数据要写，你可以一次写一块。我认为这与你的应用程序无关，但这里有另一种选择:

out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    outf.write('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    mydata = samtoolsin.stdout.read()
    outf.write(mydata)
outf.close()

你可以用file参数重定向打印(在python2中有>>操作符代替)。

f = open(filename,'w')
print('whatever', file=f) # Python 3.x
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x

在大多数情况下，最好只是正常地写入文件。

f.write('whatever')

或者，如果你有几个项目想用空格写，比如print:

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

它扩展了循环的打印函数

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()

修改sys. exe的值。Stdout将所有调用的目的地更改为打印。如果您使用另一种方法来更改打印的目的地，则会得到相同的结果。

你的bug在别的地方:

它可能在你为你的问题删除的代码中(filename从哪里来的调用打开?) 也可能是您没有等待数据被刷新:如果您在终端上打印，则在每换行后都会刷新数据，但如果您打印到文件中，则仅在stdout缓冲区满时才会刷新数据(在大多数系统上为4096字节)。

如果重定向stdout对您的问题有效，Gringo Suave的回答很好地演示了如何进行重定向。

为了让它更简单，我使用上下文管理器创建了一个版本，使用with语句实现了简洁的通用调用语法:

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

要使用它，你只需要执行以下操作(源自Suave的例子):

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

当模块以您不喜欢的方式使用它时，它对于选择性地重定向打印非常有用。唯一的缺点(在许多情况下这是解决问题的关键)是，如果想要多个具有不同stdout值的线程，它就不起作用，但这需要一种更好、更通用的方法:间接模块访问。你可以在这个问题的其他答案中看到它的实现。