我想使用Python将打印重定向到一个.txt文件。我有一个for循环,它将打印每个.bam文件的输出,而我想将所有输出重定向到一个文件。所以我试着说:

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

在我剧本的开头。但是,我在.txt文件中什么也没有得到。 我的剧本是:

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'

那么问题是什么呢?除了sys。stdout还有其他方法吗?

我需要我的结果看起来像:

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

当前回答

我能够破解这个使用以下方法。它将使用这个打印函数而不是内置的打印函数,并将内容保存到一个文件中。

from __future__ import print_function
import builtins as __builtin__

log = open("log.txt", "a")

def print(*args):
    newLine = ""
    for item in args:
        newLine = newLine + str(item) + " "
    newLine = (
        newLine
        + """
"""
    )
    log.write(newLine)
    log.flush()
    __builtin__.print(*args)
    return

其他回答

不要使用打印,使用日志记录

您可以更改sys。Stdout指向文件,但这是一种相当笨拙且不灵活的处理此问题的方法。不要使用print,而是使用logging模块。

使用日志记录,您可以像打印stdout一样进行打印,也可以将输出写入文件。您甚至可以使用不同的消息级别(关键、错误、警告、信息、调试),例如,只将主要问题打印到控制台,但仍然将次要代码操作记录到文件中。

一个简单的例子

导入日志记录,获取日志记录器,并设置处理级别:

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

如果你想打印到标准输出:

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

如果你也想写入一个文件(如果你只想写入一个文件,跳过最后一部分):

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

然后,无论你在哪里使用打印,请使用记录器方法之一:

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

要了解关于使用更高级日志功能的更多信息,请阅读Python文档中的优秀日志教程。

我能够破解这个使用以下方法。它将使用这个打印函数而不是内置的打印函数,并将内容保存到一个文件中。

from __future__ import print_function
import builtins as __builtin__

log = open("log.txt", "a")

def print(*args):
    newLine = ""
    for item in args:
        newLine = newLine + str(item) + " "
    newLine = (
        newLine
        + """
"""
    )
    log.write(newLine)
    log.flush()
    __builtin__.print(*args)
    return

最简单的解决方案不是通过python;它穿过外壳。从文件的第一行(#!/usr/bin/python),我猜您是在UNIX系统上。只需像平时一样使用print语句,在脚本中完全不要打开文件。当你运行文件时,而不是

./script.py

要运行该文件,请使用

./script.py > <filename>

您将<filename>替换为您希望输出进入的文件的名称。>令牌告诉(大多数)shell将stdout设置为以下令牌所描述的文件。

这里需要提到的一件重要的事情是,“script.py”需要被设置为可执行的,以便。/script.py能够运行。

所以在运行。/script.py之前,执行这个命令

Chmod a+x script.py (使脚本对所有用户都可执行)

我在过去用来输出一些字典的东西如下:

# sample dictionary
the_dict = {'a': 'no', 'c': 'yes', 'b': 'try again'}

# path to output to
dict_path = "D:/path.txt"

# script to output file
with open(dict_path, "w") as f:
    for idx, data in the_dict.items():
        print(idx, data, file=f)

输出的文件如下所示:

a no
c yes
b try again

修改sys. exe的值。Stdout将所有调用的目的地更改为打印。如果您使用另一种方法来更改打印的目的地,则会得到相同的结果。

你的bug在别的地方:

它可能在你为你的问题删除的代码中(filename从哪里来的调用打开?) 也可能是您没有等待数据被刷新:如果您在终端上打印,则在每换行后都会刷新数据,但如果您打印到文件中,则仅在stdout缓冲区满时才会刷新数据(在大多数系统上为4096字节)。