我想用IPython笔记本电脑来交互式分析我用Biopython的基因组图模块制作的一些基因组图。虽然有大量关于如何使用matplotlib在IPython笔记本中获得内联图形的文档,但GenomeDiagram使用ReportLab工具包,我认为IPython不支持该工具包。

然而,我在想,一种解决这个问题的方法是将绘图/基因组图写入一个文件,然后内联打开图像,结果会是这样的:

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

然而,我不知道如何做到这一点,也不知道这是否可行。那么有人知道IPython中是否可以打开/显示图像吗?


当前回答

如果您希望将映像从本地主机嵌入到ipython笔记本中,您可以执行以下操作:

首先:找到当前本地路径:

# show current directory
import os
cwd = os.getcwd()
cwd

例如,结果将是:

'C:\\Users\\lenovo\\Tutorials'

接下来,像下面这样嵌入你的图像:

from IPython.display import display
from PIL import Image

path="C:\\Users\\lenovo\\Tutorials\\Data_Science\\DS images\\your_image.jpeg"
display(Image.open(path))

确保您在jpg、jpeg或png中选择了正确的图像类型。

其他回答

如果试图在循环中以这种方式显示Image,则需要将Image构造函数包装在显示方法中。

from IPython.display import Image, display

listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
                    '/path/to/images/2.png']

for imageName in listOfImageNames:
    display(Image(filename=imageName))

通过这篇文章,你可以做到以下几点:

from IPython.display import Image
Image(filename='test.png') 

(官方文档)

你可以直接使用这个,不用进口PIL

from IPython.display import Image, display
    
    display(Image(base_image_path))
    

一个更干净的Python3版本,使用标准numpy, matplotlib和PIL。合并从URL打开的答案。

import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image
import numpy as np

pil_im = Image.open('image.png') #Take jpg + png
## Uncomment to open from URL
#import requests
#r = requests.get('https://www.vegvesen.no/public/webkamera/kamera?id=131206')
#pil_im = Image.open(BytesIO(r.content))
im_array = np.asarray(pil_im)
plt.imshow(im_array)
plt.show()

如果您希望将映像从本地主机嵌入到ipython笔记本中,您可以执行以下操作:

首先:找到当前本地路径:

# show current directory
import os
cwd = os.getcwd()
cwd

例如,结果将是:

'C:\\Users\\lenovo\\Tutorials'

接下来,像下面这样嵌入你的图像:

from IPython.display import display
from PIL import Image

path="C:\\Users\\lenovo\\Tutorials\\Data_Science\\DS images\\your_image.jpeg"
display(Image.open(path))

确保您在jpg、jpeg或png中选择了正确的图像类型。